Et на дисках что это: купить, продать и обменять машину

Какой допустимый вылет диска на автомобиле и на что влияет изменение ET

Нынче можно купить колёсные диски любого формата: и штампованные, и литые, и кованые. У каждого из них свой дизайн, диаметр, разболтовка, да и масса других параметров, среди которых вылет ET чуть ли не самый важный. Он влияет на безопасность и управляемость автомобиля, так что давайте поговорим немного на эту тему.

Содержание

Что такое вылет на дисках автомобиля и способы его определения

 

Offset (ET) — это расстояние от привалочной поверхности до осевой линии диска в боковой проекции. На рисунке это хорошо видно. Какое бы ни было изделие — кованое, литое или штампованное, этот показатель всегда присутствует на ободе или на крепёжной площадке.

Типовой вылет для определённой модели автомашины всегда обеспечивает нормальную нагрузку на ступичный узел и амортизаторы. Автомобиль с допустимым вылетом диска отличается тем, что колесо у него будет стоять как задумано: внутренняя часть не задевает элементы ходовой и кузова, а внешняя — незначительно задвинута за границу крыла машины.

Фактический параметр указан на диске в мм и выглядит как ETxx, где последние две цифры обозначают величину вылета. К примеру:

• ET42 — положительный.
• ET0 — нулевой.
• ET-15 — отрицательный.

Формула расчёта

Вылет можно подсчитать, пользуясь простой формулой:

ET=A-B/2

A — интервал между внутренней стороной диска и привалочной плоскостью
B — ширина диска.

Самостоятельно рассчитать ET, если нет никаких маркировок, вполне по силам даже неспециалисту:

• Произвести замер полной ширины диска, это число “B”. Полученную цифру разделить пополам.
• К внутреннему ободу приложить уровень или ровную планку. Измерить расстояние от привалочной плоскости до края обода, это будет цифра “A” по формуле. От неё нужно отнять полученный выше результат и будем иметь нужное значение. Всё, вот как нужно измерить вылет диска на машине.

Допустимые отклонения

Большинство автопроизводителей советуют придерживаться нулевых значений, их не стоит нарушать. Хотя, коррекция в пределах 10-15 мм вполне допустима, увеличение до 20 мм уже чревато негативными последствиями.

Для интересующихся будет интересна таблица допустимых отклонений вылета ET.

Диаметр шины	Ширина диска, дюйм	⠀⠀Оптимальный вылет, мм⠀⠀	Допустимые отклонения, мм⠀⠀⠀⠀⠀
R16	6,5	45	от 40 до 55
R16	7	48	от 40 до 55
R16	7,5	50	от 42 до 55
R17	7	52	от 42 до 55
R17	7,5	50	от 42 до 55
R17	8	48	от 48 до 52
R18	7	48	от 42 до 55
R18	7,5	48	от 42 до 55
R18	8	50	от 45 до 52
R19	7,5	48	от 45 до 55
R19	8	50	от 48 до 52
R20	7,5	48	45

Виды вылета диска

Нулевой

Его ещё называют нейтральным вылетом — центральная линия и расположение монтажной площадки диска совпадают. Нулевое смещение клеймят литерами ET0.

Приобретая комплект, всегда берите во внимание особенности ET. Не покупайте диски, обращая внимание только на их внешний вид, учитывайте вылет.

Консультируйтесь со знающими людьми или используйте таблицу вылета дисков — это позволит подобрать оптимальный вариант для вашей модели авто.

Положительный

Смещение, когда привалочная плоскость расположена перед центральной осью диска. Такой вылет можно часто наблюдать на машинах прошлого столетия, потому что у них ступица колеса расположена несколько дальше.

Отрицательный

Монтажная площадка при таком смещении расположена за центральной линией колеса — ближе к внутренней стороне. Визуально крепёжный участок утоплен вглубь диска. Обычно такие изделия зачастую имеют агрессивную форму с большим количеством изогнутых спиц.

Михаил Первушин

Автолюбитель со стажем

Любители тюнинга должны помнить, что при чересчур больших значениях смещения есть риск превышения давления на ступицу и ось. В критических случаях всё может закончиться поломкой деталей.

Как и на что влияет вылет диска ET на стандартном автомобиле

Преобразование этого параметра играет чуть ли не основную роль при тюнинге внешнего вида машины. Чаще всего имеются в виду те случаи, когда смещение уменьшают, и колесо отодвигается наружу от ступичного узла. Последствия такого решения не всегда проходят бесследно:

• Повышенная нагрузка на подшипники ступицы ведёт к снижению их срока службы.
• Возможно появление дискомфорта и вибрации при управлении автомобилем, потому что первоначальное положение рулевой оси изменится.
• Нарушение технических норм эксплуатации покрышек приводит к неравномерному износу и сокращает срок их эксплуатации.
• Увеличение вылета диска транспортного средства, что значит уменьшение интервала между колёсами одной оси, однозначно снизит его курсовую устойчивость.
• Нарушение распределения нагрузки сокращает эксплуатационный срок узлов подвески, в некоторых случаях дело может закончиться поломкой пружины или амортизатора.

Антон Трамель

Инженер-технолог

Стоит отметить, что плачевные последствия возможны только при нарушении технических возможностей автомашины. Небольшой вылет колёс разрешается большинством производителей, однако серьёзные отклонения от нормы могут привести к перечисленным последствиям.

Возможно ли не меняя диск, изменить его вылет

Это возможно, но следует учесть сопряжённые с этим риски. В автомагазинах сейчас предлагают проставки всевозможных размеров, с помощью которых можно корректировать типовой ET автомобиля. Их задача — заметно уменьшить интервал между центром диска и ступицей, чем смещает положительный выступ в отрицательную сторону.

Возможно, что после монтажа проставки, полностью крепёжные болты не получится вкрутить в ступицу, т.е. колёса надёжно не зафиксируются. Как быть? Есть два варианта решения задачи:

1. Воспользоваться длинными болтами.
2. Преобразовать болтовое соединение на шпилечное, используя комплект для модернизации шпильки.

Фактически от энтузиаста тюнинга автомобиля требуется знать вылет диска и что это значит в плане дальнейшей эксплуатации, оценить все риски.

Выводы

На форумах бывалые автомобилисты пишут, что нет ничего страшного, когда меняешь выступ. Мол, преждевременный износ подшипников и других узлов ходовой практически такой же, как и со стандартными дисками. Собственно, это так, но такие понятия не стоит применять ко всем моделям авто, тем более к тем, которые сошли с конвейера в последние годы.

Существенно менять вылет не рекомендуется, иначе не избежать проблем с подвеской машины и её ходовой. Также возможны нарушения и дискомфорт при управляемости ТС. Обладателям новых авто не нужно забывать о гарантии — после любого тюнинга все обязательства производителя перед покупателем обнуляются.

 

Какой вылет диска лучше

Статьи › Заказать › Где заказать диски на авто

В — ширина диска. ET — вылет диска (Чем меньше вылет, тем больше диск будет выступать снаружи автомобиля. И наоборот, чем больше значения вылета, тем глубже будет «утоплен» диск внутрь автомобиля.)

1. Как выбрать правильный вылет диска
2. Чем меньше ет тем больше вылет
3. Какой вылет диска допускается
4. Что будет если взять диски с большим вылетом
5. Что будет если не совпадает вылет диска
6. Можно ли ставить диски с меньшим вылетом
7. Что такое вылет ЕТ 50
8. Что означает вылет 35
9. Можно ли менять вылет
10. Что такое ЕТ 20
11. Что такое ет45 на дисках
12. Как диски влияют на расход
13. Что зависит от вылета диска
14. Почему нельзя ставить большие диски
15. Можно ли ставить диски с другим вылетом
16. Как понять какой вылет диска
17. Как ширина диска влияет на вылет
18. Как понять подходит ли диск на авто

Как выбрать правильный вылет диска

Для вычисления вылета используется следующая формула: ET=A-B/2, где: a — расстояние между внутренней плоскостью диска, и плоскостью приложения диска к ступице, b — общая ширина диска. Исходя из этой формулы следует, что вылет диска может быть положительным, нулевым и отрицательным.

Чем меньше ет тем больше вылет

В — ширина диска. ET — вылет диска (Чем меньше вылет, тем больше диск будет выступать снаружи автомобиля. И наоборот, чем больше значения вылета, тем глубже будет «утоплен» диск внутрь автомобиля.)

Какой вылет диска допускается

Отклонения от нормы и возможные риски

«Авторитетные» специалисты уверенно заявляют, что допустимое отклонение вылета диска не должно превышать 10–15 миллиметров. Такой вылет диска будет соответствовать рекомендациям производителя для автомобиля определенной марки, модели и комплектации.

Что будет если взять диски с большим вылетом

Именно поэтому, если мы поставим колеса с большим вылетом, колеса расположатся ближе к продольной оси автомобиля. Колея машины при этом уменьшится. Так что, если хотите обеспечить своей машине «широкорасставленную поступь», вылет колес нужно, наоборот, уменьшить.

Что будет если не совпадает вылет диска

Расстояние ЕТ зависит от принятой производителем ширины диска. Отклонение вылета от установленного производителем вызывает смещение средней линии и оси подвески, что приводит к ухудшению управляемости, ускоренному износу элементов подвески и деталей рулевого управления.

Можно ли ставить диски с меньшим вылетом

Допускается уменьшение вылета до 5-7 мм, например установка дисков с вылетом 40-42 не приведет ни к каким последствиям, однако большее уменьшение вылета чревато тем что вылезшие колеса начнут задевать за крылья автомобиля.

Что такое вылет ЕТ 50

Вылет (ET) колеса — это расстояние от воображаемого центра диска до привалочной плоскости, т.

Что означает вылет 35

ET35 — вылет диска в мм., т. е. размер между посадочной (привалочной) плоскостью диска колеса, прилегающей к ступице автомобиля, и воображаемой плоскостью симметрии обода.

Можно ли менять вылет

Многие думают, что чем больше вылет диска, тем колесо будет больше выступать наружу машины. Но на самом деле наоборот. Чем меньше вылет, тем больше колесо будет сдвигаться наружу автомобиля. Однако, незначительное — не более чем на 5-7 мм — изменение вылета считается допустимым.

Что такое ЕТ 20

ЕТ-20 — отрицательный вылет, 20 миллиметров.

Что такое ет45 на дисках

Если стоит отметка ЕТ45, то это показывает положительный вылет диска. Если стоит указатель в виде ЕТ0, то он означает нулевой вылет диска. Ну а если видим отметку ЕТ-15, то это говорит о том, что имеем дело с отрицательным вылетом диска.

Как диски влияют на расход

Увеличивая размер диска, Вы автоматически увеличиваете размеры покрышек, а значит, вес авто возрастает, что приводит к большему расходу топлива. Лучше устанавливать рекомендуемые производителем диски и шины.

Что зависит от вылета диска

От вылета диска напрямую зависят безопасность, управляемость и срок службы некоторых компонентов автомобиля.

Почему нельзя ставить большие диски

Чем вредна установка больших дисков? Прежде всего диски большего диаметра, как правило, имеют больший вес — а следовательно, растет неподрессоренная масса. Более тяжелое колесо сложнее раскрутить двигателю — то есть, расход топлива станет выше, а динамика — хуже.

Можно ли ставить диски с другим вылетом

Стандартный вылет задается производителем, ни в коем случае его нельзя увеличивать относительно стандартного, т. е. если у вас должны стоять диски с вылетом 46 то покупка дисков с вылетом, например, 50 приведет к тому, что колесо еще больше утопится вовнутрь и станет задевать тормозные агрегаты автомобиля.

Как понять какой вылет диска

Что такое вылет диска

Понять, что перед вами параметр вылета, можно по маркировке ЕТ/OFFSET (einpresstiefe — глубина вставки). Цифровое значение указывается в миллиметрах. К примеру, если на ободе указан параметр ЕТ42, это означает, что диск имеет положительный вылет в 42 миллиметра.

Как ширина диска влияет на вылет

Чем больше значение ширины диска, тем меньше вылет и наоборот. Диаметр центральной ступицы диска может быть больше, то есть диск может быть универсальным и требовать центровочных (переходных) колец.

Как понять подходит ли диск на авто

Диаметр диска можно найти на маркировке боковины покрышки, которая, для примера, выглядит так: 205/55 R16. Число, которое стоит после буквы R и обозначает диаметр диска в дюймах. Также диаметр может быть написан на внутренней маркировке диска, рядом с шириной.

A Околопланетный диск вокруг PDS70c

NASA/ADS

Околопланетный диск вокруг PDS70c

• Бенисти, Мириам
;
• Бэ, Джехан
;
• Факкини, Стефано
;
• Кеплер, Мириам
;
• Тиг, Ричард
;
• Изелла, Андреа
;
• Куртович, Николя Т.
;
• Перес, Лаура М.
;
• Сьерра, Анибал
;
• Эндрюс, Шон М.
;
• Карпентер, Джон
;
• Чекала, Ян
;
• Доминик, Карстен
;
• Хеннинг, Томас
;
• Менар, Франсуа
;
• Пинилья, Паола
;
• Зурло, Алиса

Аннотация

PDS 70 — это уникальная система, в которой две протопланеты, PDS 70 b и c, были обнаружены в обедненной пылью полости их диска на расстоянии ~ 22 и 34 а. е., соответственно, с помощью прямой визуализации в инфракрасном диапазоне длин волн. Последующее обнаружение планет в линии Hα указывает на то, что они все еще аккрецируют материал через околопланетные диски. В этом письме мы представляем новые наблюдения излучения континуума пыли на 855 мкм с высоким угловым разрешением (~ 20 мсек. дуги, 2,3 а. Наши наблюдения подтверждают наличие компактного источника излучения, совмещенного с PDS 70 c, пространственно удаленного от околозвездного диска и менее протяженного, чем ~1,2 а.е. по радиусу, близкому к ожидаемому радиусу усечения околопланетного диска на третьем радиуса холма. Излучение вокруг PDS 70 c имеет пиковую интенсивность ~86 ± 16 мкЯн пучка

-1 , что соответствует массе пыли ~0,031 M _⊕ или ~0,007 M _⊕ , при условии, что она состоит только из зерен размером 1 мкм или 1 мм соответственно. Мы также обнаруживаем протяженное непрерывное излучение с низкой поверхностной яркостью внутри резонатора вблизи PDS 70 b. Мы наблюдаем оптически тонкий внутренний диск в пределах 18 а.е. от звезды с излучением, которое может быть результатом мелких зерен микронного размера, перенесенных из внешнего диска по орбитам b и c. Кроме того, мы обнаруживаем, что внешний диск превращается в узкое яркое кольцо со слабым внутренним плечом.

Публикация:

Астрофизический журнал

Дата публикации:

июль 2021

DOI:

10.3847/2041-8213/ac0f83

архив:

архив: 2108.07123

Биб-код:

2021ApJ. ..916L…2B

Ключевые слова:

• Протопланетные диски;
• 1300;
• Астрофизика — Земная и планетарная астрофизика;
• Астрофизика — Солнечная и звездная астрофизика

Электронная печать:

Письма ApJ, в печати

CD-HIT: ускорение для кластеризации данных секвенирования следующего поколения | Биоинформатика

Журнальная статья

Лимин Фу,

Лимин Фу

Ищите другие работы этого автора на:

Оксфордский академический

пабмед

Google Scholar

Бейфан Ню,

Бейфан Ню

Ищите другие работы этого автора на:

Оксфордский академический

пабмед

Google Scholar

Чжэнвэй Чжу,

Чжэнвэй Чжу

Ищите другие работы этого автора на:

Оксфордский академический

пабмед

Google Scholar

Ситао Ву,

Ситао Ву

Ищите другие работы этого автора на:

Оксфордский академический

пабмед

Google Scholar

Вейчжун Ли

Вэйчжун Ли

Ищите другие работы этого автора на:

Оксфордский академический

пабмед

Google Scholar

Примечания автора

Биоинформатика , том 28, выпуск 23, декабрь 2012 г. , страницы 3150–3152, https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts565

Опубликовано:

11 октября 2012 г.

История статьи

Получен:

27 июня 2012 г.

Полученная ревизия:

31 августа 2012 г.

Принято:

12 сентября 2012 г.

Опубликовано:

11 октября 2012

Фильтр поиска панели навигации БиоинформатикаЭтот выпускЖурналы по биоинформатикеБиоинформатика и вычислительная биологияКнигиЖурналыOxford Academic Мобильный телефон Введите поисковый запрос

Закрыть

Фильтр поиска панели навигации БиоинформатикаЭтот выпускЖурналы по биоинформатикеБиоинформатика и вычислительная биологияКнигиЖурналыOxford Academic Введите поисковый запрос

Advanced Search

Abstract

Резюме: CD-HIT — широко используемая программа для кластеризации биологических последовательностей с целью уменьшения избыточности последовательностей и повышения эффективности других анализов последовательностей. В ответ на быстрое увеличение объема данных секвенирования, создаваемых технологиями секвенирования следующего поколения, мы разработали новую программу CD-HIT, ускоренную с помощью новой стратегии распараллеливания и некоторых других методов, позволяющих эффективно кластеризовать такие наборы данных. Наши тесты продемонстрировали очень хорошее ускорение, полученное за счет распараллеливания до ∼24 ядер, и квазилинейное ускорение до ∼8 ядер. Усовершенствованный CD-HIT способен обрабатывать очень большие наборы данных за гораздо меньшее время, чем предыдущие версии.

Доступность: http://cd-hit.org.

Контактное лицо: [email protected]

Дополнительная информация: Дополнительные данные доступны по адресу Биоинформатика онлайн.

1 ВВЕДЕНИЕ

Анализ последовательности играет решающую роль в вычислительной биологии. С развитием технологий секвенирования следующего поколения объем доступных данных секвенирования растет в геометрической прогрессии. Удаление избыточности из таких данных с помощью кластеризации может иметь решающее значение для уменьшения объема памяти, времени вычислений и шумовых помех в некоторых методах анализа и т. д.

CD-HIT первоначально был разработан для кластеризации белковых последовательностей для создания эталонных баз данных с уменьшенной избыточностью (Li et al. , 2001), а затем был расширен для поддержки кластеризации нуклеотидных последовательностей (Li and Godzik, 2006). С момента своего выпуска CD-HIT стал очень широко использоваться для самых разных приложений, начиная от создания неизбыточных наборов данных (Suzek et al. , 2007), классификаций семейств белков (Yooseph et al. , 2008), идентификация артефакта (Niu и др. , 2010), аннотацию метагеномики (Sun et al. , 2011), анализ РНК (Loong and Mishra, 2007), различные прогнозные исследования (Rubinstein and Fiser, 2008).

В связи с тем, что данные секвенирования быстро растут в общедоступных репозиториях данных, а также в отдельных лабораториях, существует большой спрос на усовершенствованный CD-HIT с большей эффективностью. В ответ на такой спрос мы разработали эту расширенную и распараллеленную версию CD-HIT, чтобы использовать тот факт, что многоядерные машины стали очень распространены в обычных лабораториях.

Процедура распараллеливания на основе компьютерного кластера для CD-HIT была предложена в Suzek et al. (2007 г.), хотя и не полностью распараллелен, эта процедура обеспечивает хорошее ускорение с использованием компьютерного кластера. Поскольку компьютерные кластеры не так легко доступны, как многоядерные машины, здесь мы предлагаем альтернативный метод распараллеливания, который предполагает модель с общей памятью и хорошо работает на многоядерных машинах.

2 МЕТОДЫ

По сути, CD-HIT представляет собой жадный инкрементный алгоритм, который начинает с самой длинной входной последовательности в качестве первого представителя кластера, а затем обрабатывает оставшиеся последовательности от длинных к коротким, чтобы классифицировать каждую последовательность как избыточную или репрезентативную последовательность на основе по своему сходству с существующими представителями. Сходства оцениваются путем обычного подсчета слов с использованием таблиц индексации и подсчета слов для фильтрации ненужных выравниваний последовательностей, которые используются для вычисления точного сходства. В следующих разделах мы опишем методы, используемые для ускорения CD-HIT.

2.1 Упрощение

Для поддержки полного распараллеливания основные шаги CD-HIT были упрощены до двух ключевых процедур: процедуры проверки и процедуры кластеризации. Используя эти две процедуры, алгоритму требуется не более двух таблиц слов без необходимости выгрузки их на диск, что было необходимо в исходном CD-HIT из-за использования нескольких таблиц для больших наборов данных.

При наличии таблицы слов процедура проверки проверяет каждую из оставшихся последовательностей по таблице и определяет, является ли она избыточной последовательностью. Процедура кластеризации окончательно определяет статус последовательности, и если она классифицируется как репрезентативная последовательность, она используется для обновления таблицы слов. Более подробное описание с иллюстрациями доступно в разделе 1.2 «Дополнительный материал» и «Дополнительные данные».

2.2 Распараллеливание

Учитывая T потоков или ядер, основная идея нашего нового метода распараллеливания состоит в использовании двух таблиц слов и использовании T −1 потоков для запуска нескольких процедур проверки с использованием одной таблицы слов (неизменяемой проверочной таблицы). ), а оставшийся поток для запуска одной процедуры кластеризации с использованием другой таблицы (изменяемой таблицы кластеризации) параллельно. Из-за последовательных характеристик CD-HIT потребуется правильно сгруппировать входные последовательности и переключить таблицы слов, чтобы гарантировать правильность распараллеливания.

Это достигается разделением каждого раунда вычислений на два этапа. Первый этап заключается в выполнении T процедур проверки группы последовательностей, определенной для этого раунда вычислений, с использованием таблицы слов (проверочной таблицы) из предыдущего раунда. Затем на втором этапе будет использоваться дополнительная и пустая таблица слов (таблица кластеризации) для запуска процедуры кластеризации в одном потоке на текущей группе последовательностей, и в то же время оставшиеся потоки T −1 будут выполнять несколько процедур проверки на остальные последовательности.

Поскольку процедура кластеризации может завершиться до или после процедур проверки, используется правильное планирование, чтобы гарантировать, что все потоки активны большую часть времени. В конце каждого раунда таблица кластеризации становится проверочной таблицей следующего раунда, а проверочная таблица этого раунда очищается и становится таблицей кластеризации следующего раунда. Более подробная информация, включая подробное описание, иллюстрации, псевдокоды и т. д., доступна в дополнительных материалах (разделы 1.3–1.5).

2.3 Другие усовершенствования

Помимо распараллеливания, новый CD-HIT включает в себя другие усовершенствования, такие как более быстрое чтение файлов, улучшенную оценку порога фильтрации, более эффективный подсчет слов и улучшенную оценку полосы выравнивания и т. д. Новая оценка порога фильтрации немного больше. точным и может отфильтровывать больше ненужных выравниваний. Теперь подсчет слов выполняется более эффективно для входных наборов данных с высокой избыточностью за счет сохранения меньшего массива подсчета для представителей попаданий вместо полного массива подсчета для каждого представителя. Улучшенная оценка полосы выравнивания может найти более узкую полосу для полосового выравнивания.

2.4 Реализация

Этот усовершенствованный CD-HIT реализован на языке программирования C++ и использует OpenMP (http://www.openmp.org) для распараллеливания. Параллельная конструкция OpenMP используется для выполнения процедур проверки и кластеризации в нескольких потоках с динамическим планированием. Для разных потоков выделяются разные буферы вычислительных данных. Таблица контрольных слов является неизменной и используется несколькими потоками.

3 РЕЗУЛЬТАТЫ

Чтобы увидеть, насколько улучшилась производительность, мы протестировали новый CD-HIT (V4. 6) и старый CD-HIT (V3.1.2) на наборах данных, включая два набора данных о последовательностях белков: SWISS-PROT (~0,4 млн последовательностей), NR (~12 млн последовательностей) и два набора данных последовательностей ДНК: HumanGut (MH0002, ~23 млн прочтений; Qin и др. , 2010) и TwinStudy (SRP000319, ~8 млн чтений; Turnbaugh et al. , 2009). Наборы данных SWISS-PROT и NR были загружены с NCBI (ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/FASTA/) 20 октября 2010 г. Мы также сравнили CD-HIT с аналогичной программой UCLUST. (V5.1.221) от Эдгара (2010). Эти тесты проводились на сервере Debian Linux с четырьмя 12-ядерными процессорами AMD Opteron 6172. По возможности для разных программ использовались эквивалентные параметры. Подробная информация и дополнительные тесты доступны в дополнительном материале 2.

В таблице 1 сравнивается эффективность расширенного CD-HIT с предыдущей версией CD-HIT и последней версией UCLUST. Результаты показывают, что новый CD-HIT без использования многоядерности значительно более эффективен, чем старый, а также сравним или более эффективен, чем UCLUST. При использовании нескольких ядер новый CD-HIT намного эффективнее любого из них. Чтобы проверить эффективность распараллеливания в новом CD-HIT, полные наборы данных были сгруппированы с использованием разного количества ядер. Ускорение по времени показано на рис. 1, что указывает на то, что распараллеливание обеспечивает хорошее ускорение до ∼24 ядер с квазилинейным ускорением до ∼8 ядер. Помимо улучшения скорости, новый CD-HIT также имеет лучшее качество кластеризации, чем старые CD-HIT и UCLUST (дополнительный материал и таблица S2).

Рис. 1.

Открыть в новой вкладке Скачать слайд

Оценка распараллеливания CD-HIT: ускорение вычислительного времени по отношению к количеству используемых ядер ЦП

Таблица 1.

Сравнение с предыдущими CD-HIT и UCLUST

Набор данных .	CD-HIT3 (мин.) .	CD-HIT4 (мин.) .	CD-HIT4 (8 ядер) (мин. ) .	UCLUST5 (мин) .
Swissprot	80	58	12	15
NR	44	22	6	46
Twinstudy	47	19	4	56
HumanGut	494	42	8	214

Dataset .	CD-HIT3 (мин.) .	CD-HIT4 (мин.) .	CD-HIT4 (8 ядер) (мин.) .	UCLUST5 (мин) .
Swissprot	80	58	12	15
NR	44	22	6	46
Twinstudy	47	19	4	56
Humangut	494	42	8	214

214 214

99 214. , 1 млн прочтений TwinStudy и 4 млн прочтений HumanGut используются в этом сравнении.

Открыть в новой вкладке

Таблица 1.

Сравнение с предыдущими CD-HIT и UCLUST

Набор данных .	CD-HIT3 (мин.) .	CD-HIT4 (мин.) .	CD-HIT4 (8 ядер) (мин.) .	UCLUST5 (мин) .
Swissprot	80	58	12	15
NR	44	22	6	46
Twinstudy	47	19	4	56
HumanGut	494	42	8	214

Dataset .	CD-HIT3 (мин. ) .	CD-HIT4 (мин.) .	CD-HIT4 (8 ядер) (мин.) .	UCLUST5 (мин) .
Swissprot	80	58	12	15
NR	44	22	6	46
Twinstudy	47	19	4	56
Humangut	494	42	8	214

Uclust5 Free Version не может работать на полном NR, и S, So Muts Dates Dates Dates, So Sealles, S, So Secuters Dates, So Sealles, So Sealles, S, So Muts Sealles, So Secuters, и Seallens, Seist Sealles, и Seallens SextEd и Sult Cust Socet. В этом сравнении используются TwinStudy и 4 млн прочтений HumanGut.

Открыть в новой вкладке

4 ВЫВОДЫ

В этом примечании по применению мы представили усовершенствованный CD-HIT, который был ускорен за счет нового метода распараллеливания и нескольких других улучшений. Мы протестировали и продемонстрировали, что этот новый CD-HIT может обеспечить значительное ускорение по сравнению с предыдущим CD-HIT с использованием одного ядра, а его ускорение с помощью многоядерного компьютера может хорошо масштабироваться до разумного количества ядер. Кластеризация больших наборов данных, которая обычно выполняется в течение нескольких дней, теперь может выполняться за несколько часов на многоядерных компьютерах. Мы считаем, что этот усовершенствованный CD-HIT найдет больше применений при обработке данных секвенирования нового поколения.

Финансирование : Это исследование было поддержано премией Национального института здравоохранения R01RR025030 от Национального центра исследовательских ресурсов и наградой R01HG005978 от Национального исследовательского института генома человека.

Конфликт интересов : не объявлено.

Ссылки

Эдгар

RC

.

Поиск и кластеризация на порядки быстрее, чем BLAST

, 

Биоинформатика

, 

2010

, том.

26

(стр.

2460

—

2461

)

,

Godzik

A

.

Cd-hit: быстрая программа для кластеризации и сравнения больших наборов белковых или нуклеотидных последовательностей

22

 (стр. 

1658

—

1659

)

, и др.

Кластеризация высоко гомологичных последовательностей для уменьшения размера больших белковых баз данных

17

(стр.

282

—

283

)

Loong

SNK

,

Mishra

SK

.

Уникальная укладка микроРНК-предшественников: количественные данные и значение для идентификации de novo

,

РНК

,

2007

, том.

13

 (стр.

170

—

187

)

, и др.

Искусственные и естественные дубликаты метагеномных данных при пиросеквенировании

11

стр.

187

 

и др.

Каталог микробных генов кишечника человека, составленный с помощью метагеномного секвенирования

464

(стр.

59

—

65

)

Рубинштейн

R

,

Fiser

A

.

Прогнозирование связности дисульфидных связей в белках с помощью анализа коррелированных мутаций

, 

Биоинформатика

,

2008

, том.

24

 (стр.

498

—

504

)

, и др.

Киберинфраструктура сообщества для передовых исследований и анализа микробной экологии: ресурс CAMERA

, 

Nucleic Acids Res.

,

2011

, том.

39

 (стр. 

D546

—

D551

)

Сузек

BE

и др.

UniRef: полные и неизбыточные эталонные кластеры UniProt

23

 (стр. 

1282

—

1288

)

Turnbaugh

9 0004 al.

Основной микробиом кишечника у тучных и худых близнецов

,

Природа

,

2009

, том.

457

 (стр.

480

—

484

)

Yooseph

S

4 et al.

Идентификация генов и классификация белков в микробных метагеномных последовательностях с помощью инкрементной кластеризации

9

стр.

182

 

Примечания автора

^† Текущий адрес: Факультет генетики Пенсильванского университета, Филадельфия, Пенсильвания.

Заместитель редактора: Inanc Birol

© The Author, 2012. Опубликовано Oxford University Press.

Это статья в открытом доступе, распространяемая в соответствии с лицензией Creative Commons Attribution License (http://creativecommons.org/licenses/by/3.0/), которая разрешает неограниченное повторное использование, распространение и воспроизведение на любом носителе при условии, что оригинальная работа правильно цитируется.

Скачать все слайды

Дополнительные данные

Дополнительные данные

192160_Supplementary_Data — zip файл

Реклама

Цитаты

Просмотры

28,117

9 Альтметрика Дополнительная информация о метриках

Оповещения по электронной почте

Оповещение об активности статьи

Предварительные уведомления о статьях

Оповещение о новой проблеме

Оповещение о текущей проблеме

Получайте эксклюзивные предложения и обновления от Oxford Academic

Ссылки на статьи по телефону

• Последний

• Самые читаемые

• Самые цитируемые

Не найдено совпадений для настроенного запроса.