Мех коробка: Please Wait...

Содержание

Картер маховика (мех. коробка передач) Cummins 6ISBe 2831367

Кожух маховика механической коробки передач двигателя Cummins 6ISBe Артикул 2831367

5301685	Housing, Flywheel	1
2831367	Housing, Flywheel	1
4899132	Insert, Threaded	8
3089316	Screw, Hex Flange Head Cap	1
3332242	Screw, Hex Flange Head Cap	1
3900629	Screw, Hex Flange Head Cap	4	M8 X 1.25 X 16
3900634	Screw, Hex Flange Head Cap	2	M10 X 1.50 X 50
3900635	Screw, Hex Flange Head Cap	1	M10 X 1.50 X 60
3900679	Screw, Hex Flange Head Cap	2	M10 X 1.50 X 80
3902451	Screw, Hex Flange Head Cap	1	M12 X 1. 75 X 90
3903464	Screw, Hex Flange Head Cap	4	M10 X 1.50 X 40
3908095	Plate, Cover	1
3910248	Plug, O Ring	1
3910260	Seal, O Ring	1
3914177	Screw, Hex Flange Head Cap	6	M12 X 1.75 X 80
3922863	Screw, Hex Flange Head Cap	1	M10 X 1.50 X 110
5259499	Seal, Oil	1	Service as 4955566
4892239	Plate, Cover	1
4893494	Gasket, Cover Plate	1	Mechelen Part

	$Service Parts
3934486	Rr Crankseal Serv Kit	A/R
5259499	Seal, Oil	1	Service as 4955566
3904325	Tool, Seal Installation	1
3909409	Tool, Seal Installation	1

Двигатель Cummins серии ISB / ISD устанавливается на:

— Автобусе Higer KLQ-6885-Q;

— КамАЗ 6540 (300 л. с.), 53605 (285 л.с.), 4308 (245 л.с.), 65117 (300 л.с.), 5308 (285 л.с.),

4308-6064-79(С3)(245 л.с.), 4308 (210 л.с.), 43253 (210 л.с.), 4308 (185 л.с.), 43253 (185 л.с.),

65115 (300 л.с.), 45144 (285 л.с.), 65115 (285 л.с.), 43255 (185 л.с.)

— Грузовиках AVIA:

D60 / D75 / D80;

D85 / D90 / D100;

D110 / D120;

-ПАЗ-320402-05, ПАЗ-3237, ПАЗ «Вектор» междугородное исполнение (ПАЗ-4234-40%), ПАЗ-320412-05 (ПАЗ-4234-40%), КАВЗ-4235-32/12, КАВЗ-4235-33/13;

— КАВЗ-4238-02, КАВЗ-4238-05 (школьный)

-ЛиАЗ-525653-01 пригород, ЛиАЗ-525626-20 (школьный), ЛиАЗ-525653, ЛиАЗ-529353, ГолАЗ-ЛиАЗ-5256.58

-НефАЗ-5299-20-32, НефАЗ-5299-20-33, НефАЗ-5299-10-32, НефАЗ-5299-30-32, НефАЗ-5299-30-33, НефАЗ-5299-11-32, НефАЗ-5299-37-32, НефАЗ-5299-17-32, НефАЗ-5299-20-22, НефАЗ-5299-30-22

А так же на марках: Yutong, Golden Dragon, MAN, DongFeng, Волжанин, MAP3, Iveco, Avia, Баз, Zhong Tong итд.

MTN510514 Merten Мех Антрацит Коробка для открытого монтажа 1-я

Серия: MERTEN

Коллекция: System M

Цвет: Антрацит

Оттенок цвета (название от производителя): Антрацит

Тип товара: Рамка подъемная ЭУИ

Количество постов (мест): 1

Материал: Пластик

Вид/марка материала: Термопласт

Степень защиты (IP): IP20

Артикул: MTN510514

ETIM класс: EC000080

Тип поверхности: Глянцевый

Ориентация монтажа: Горизонтальн.

и вертикальн.

Защитное покрытие поверхности: Необработанная

Не содержит (без) галогенов: да

Тип комплектации: Корпус для накладного монтажа

Цвет по RAL: 7024

Доступно для покупки: 1

Пистолет мех, с глушителем, лазером, коробка

Купить Пистолет мех, с глушителем, лазером, коробка по низкой цене

Купить изделия для детей и детские игрушки по низкой цене с доставкой в Москве и по всей России, вы можете, если зарегистрируетесь в интернет-магазине Kidland. ru – для зарегистрированных пользователей магазин предоставляет дополнительные скидки.

Заказать Пистолет мех, с глушителем, лазером, коробка в интернет-магазине Kidland.ru

Рассмотрите фото и описание, которые имеются в каждой из предлагаемых позиций и закажите:

· на сайте – круглосуточно и без выходных;

· отправив заказ на e-mail: [email protected];

· позвонив нашим операторам с 10 до 19 в рабочие дни: 8 (985) 830-33-35.

Доставка или самовывоз Пистолет мех, с глушителем, лазером, коробка)

В Москве, Московской области, в Санкт-Петербурге и Ленинградской области вы можете заказать курьерскую доставку выбранного товара или самостоятельно забрать покупку из пунктов самовывоза – ознакомьтесь с ними на странице ссылка.

Если вы купили детские игрушки и товары из другого региона, возможности доставки для вас на странице https://kidland.ru/i_dostavka_i_oplata/ нашего сайта.

Наш магазин предлагает:
·        продажи от проверенных поставщиков;
·        наличие моделей на любой вкус;
·        возможность купить нужное изделие на заказ;
·        низкая стоимость и высокое качество предложенной продукции;
·        подробные фото и детальное описание ассортимента;
·        доставка до дома и пунктов самовывоза;
·        огромное число пунктов самовывоза по Москве и всей России;
·        специальные цены для зарегистрированных пользователей;
·        гарантия качества и возможность возврата товара.

Прием заказов на сайте осуществляется круглосуточно без выходных и праздников! Если необходима консультация специалистов, вы можете воспользоваться обратной связью или перезвонить в рабочее время.

Интернет-магазин Kidland.ru – это игрушки от проверенных производителей, недорого, с доставкой, гарантией и самого высокого качества.

Распознавание ДНК с помощью Fur: переосмысление консенсусной последовательности Fur Box

РЕФЕРАТ

Белки-репрессоры захвата железа (Fur) регулируют экспрессию генов гомеостаза железа в ответ на уровень внутриклеточного железа. В общем, белки Fur связываются с высокой аффинностью с инвертированной повторяющейся последовательностью длиной 19 п.о., известной как Fur box. Выравнивание 19 операторских сайтов, распознаваемых Bacillus subtilis Fur, выявило другой консервативный инвертированный повтор длиной 15 п.о. (7-1-7), дважды присутствующий в этой консенсусной последовательности из 19 п.о.Мы продемонстрировали с помощью анализов сдвига электрофоретической подвижности, что этот инвертированный повтор 7-1-7 содержит минимальный сайт узнавания для высокоаффинного связывания с помощью Fur.

Полученная пересмотренная консенсусная последовательность удивительно похожа на родственную последовательность инвертированного повтора 7-1-7, распознаваемую PerR, паралогом Fur. Наш анализ аффинности и стехиометрии связывания ДНК

B. subtilis Fur, вместе с новой интерпретацией ранее описанных исследований Escherichia coli Fur, поддерживает модель, в которой Fur-бокс длиной 19 пар оснований представляет собой перекрывающиеся сайты узнавания для двух Димеры меха связаны с противоположными сторонами спирали ДНК.Полученный в результате комплекс распознавания напоминает тот, который наблюдается для функционально родственного белка DtxR. Как и Fur, DtxR содержит ДНК-связывающий мотив спираль-поворот-спираль, распознает инвертированную повторяющуюся последовательность длиной 19 п.н. и имеет типичный след ДНКазы I ~ 30 п.н. Представляя аналогичный способ распознавания ДНК для Fur, мы можем учесть внутреннюю симметрию, отмеченную ранее внутри Fur box, тенденцию Fur распространяться в соседние области ДНК избирательным образом, а также наблюдаемые паттерны защиты ДНК.

против ферментных и химических зондов.

Escherichia coli Мех (репрессор захвата железа) является прототипом большого и растущего семейства металлорегуляторных белков (15). Хотя эти белки первоначально были признаны за их роль в координации экспрессии функций захвата железа в ответ на доступность железа, теперь стало понятно, что гомологи Fur могут также выполнять другие функции. Например, в Bacillus subtilis есть три гомолога Fur: репрессор захвата железа (Fur), репрессор захвата цинка (Zur) и репрессор пероксидного регулона (PerR) (5, 18).Все три белка требуют связанного иона двухвалентного металла для связывания ДНК; Мех реагирует in vivo на железо, Zur — на цинк, а PerR — на железо или марганец. Мы еще не обнаружили никаких примеров перекрестного распознавания ДНК-мишеней среди этих трех паралогов, что позволяет предположить, что они контролируют взаимоисключающие регулоны (22).

Молекулярная основа для распознавания ДНК с помощью фур была спорной. Исследования E. coli первоначально привели к предположению, что Fur распознает инвертированную повторяющуюся последовательность длиной 19 пар оснований, обозначенную Fur box (GATAATGATAATCATTATC) (12).Исследования, в которых использовались синтетические олигонуклеотиды, подтвердили, что этой последовательности достаточно для Fur-опосредованной репрессии (6). Более того, близкородственные последовательности обнаружены в Fur-регулируемых контрольных областях у множества организмов. Действительно, идеальная консенсусная последовательность Fur box связана с опероном бациллибактина (дигидроксибензоат) сидерофором ( dhb ) в B. subtilis и с высокой аффинностью связана с Fur (4, 31). Поиск генома B. subtilis с этой последовательностью выявил многочисленные опероны, связанные с известными или предполагаемыми функциями поглощения железа (21), многие из которых теперь, как известно, контролируются Fur (1).Точно так же поиск генома с использованием весовой матрицы, основанной на этой консенсусной последовательности из 19 пар оснований, выявил многочисленные, вероятно, регулируемые Fur опероны у нескольких видов протеобактерий (29).

Хотя доказательства, связывающие этот инвертированный повтор из 19 пар оснований с распознаванием Fur, довольно убедительны, трудно объяснить, как небольшой димерный ДНК-связывающий белок, такой как Fur, может взаимодействовать с такой протяженной операторной областью. Большинство белков, которые используют ДНК-связывающий мотив спираль-поворот-спираль (HTH), взаимодействуют с операторами длиной ближе к 12 п.н., чем к длине 19 п.н. (20).Точно так же степень взаимодействия Fur с ДНК, визуализированная с помощью отпечатка ДНКазы I, обычно составляет 30 п.н. и соответствует трем виткам спирали, а не ожидаемым двум виткам спирали. Наконец, гомологи Fur и Fur часто демонстрируют расширенные области связывания ДНК, особенно при более высоких концентрациях белка (27). Взаимосвязь между консенсусной последовательностью Fur box длиной 19 пар оснований и тенденцией Fur к полимеризации на ДНК не выяснена.

Пытаясь объяснить некоторые из этих необычных особенностей, Escolar et al. предложил альтернативный взгляд на взаимодействие Fur-ДНК (13). Они отметили, что меховой бокс длиной 19 пар оснований также можно рассматривать как повторение от головы до головы к хвосту простого гексамера GATAAT. В исследованиях, проведенных с синтетическими олигонуклеотидами, они продемонстрировали, что Fur прочно связывается с повторяющимися массивами гексамеров до тех пор, пока они содержат минимум три мотива GATAAT. Поэтому они предложили модель, в которой GATAAT является минимальной единицей распознавания меха. Согласно этой модели, симметричное ядро AT-AT внутри каждого гексамера потенциально может взаимодействовать с димерным белком Fur, и минимум три связанных димера связываются кооперативно вдоль ДНК с массивами повторяющихся последовательностей.Escolar et al. отметили, что этот способ связывания ДНК практически неизвестен среди прокариотических регуляторов и напоминает связывание белков, содержащих Zn finger, в эукариотических системах (13, 15).

Здесь мы предоставляем доказательства для пересмотренного взгляда на взаимодействия Fur-ДНК, в которых каждый Fur-бокс из 19 пар оснований соответствует двум перекрывающимся инвертированным повторам, каждый из которых связывает димер Fur. Эта модель была получена из выравнивания недавно охарактеризованных участков связывания ДНК для B. subtilis Fur (1) и замечательного сходства между выведенной консенсусной последовательностью и родственной последовательностью, распознаваемой PerR, паралогом Fur.Согласно этой модели, каждый димерный HTH-содержащий белок распознает последовательности в соседних основных бороздках. Два димера распознают последовательности, смещенные на 6 п.н., и поэтому предполагается, что они связывают ДНК с противоположных сторон. Очень похожее расположение было обнаружено в рентгеновских кристаллических структурах, определенных для комплексов DtxR, связанных с его операторными сайтами (30, 35).

МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

Очистка B. subtilis Меховой белок Меховой белок очищали после сверхэкспрессии в E.coli , как описано ранее (4). В изолированном виде белок Fur связывает сайты-мишени ДНК с высоким сродством (1) и содержит как цинк, так и железо (примерно 1 атом на мономер).

EMSA

Анализы сдвига электрофоретической подвижности (EMSA) проводили, как описано ранее (4). Вкратце, меченую ДНК (10 пМ) инкубировали с желаемой концентрацией очищенного меха. Связанную с белком ДНК и свободную ДНК разделяли электрофорезом в нативном полиакриламидном геле (PAGE), проводимым на 8% -ном полиакриламидном (19: 1, акриламид-бисакриламид) геле, электрофорезом при 160 В в течение 3 часов с последующей сушкой и воздействием на люминофорный экран. .Фрагменты ДНК имели длину 33 п.н. и получали путем мечения одной цепи и инкубации ее с двукратным избытком ее комплемента в течение 5 мин при 95 ° C с последующим медленным охлаждением до комнатной температуры.

Определение олигомеризации белка с помощью нативного PAGE

Молекулярные массы комплексов Fur-ДНК определяли для белка, связанного с фрагментами длиной 33 п.н., содержащими консенсусную последовательность 7-1-7 или классический Fur-бокс длиной 19 п.о. [(7- 1-7) ₂]. Это было сделано путем выполнения нативного PAGE, как описано Orchard и May (28), и с использованием набора для нативного PAGE (Sigma MW ND 500). Вкратце, реакционные смеси связывания, содержащие 500 нМ Fur (мономер) с целевой ДНК и маркерами молекулярной массы, анализировали на серии полиакриламидных гелей (5-10% полиакриламида; 19: 1), подвергнутых электрофорезу в трис-ацетатном буфере до тех пор, пока полосы бромфенолового синего фланкирующие дорожки для образцов доходили до дна гелей. Гели окрашивали кумасси синим и сушили, а затем экспонировали на люминофорном экране. Расстояния от верха геля до комплексов или белковых стандартов были измерены и разделены на расстояние, пройденное бромфеноловым синим для каждого геля, чтобы определить относительную подвижность ( R _f ).Логарифм R _f был нанесен на график в зависимости от концентрации геля для каждого комплекса и стандарта белка, и были получены наиболее подходящие линии. Затем отрицательные наклоны этих линий были нанесены на график зависимости от молекулярных масс белковых стандартов в двойном логарифмическом масштабе, и была получена линия наилучшего соответствия. Интерполяция графика с использованием наклонов линий комплексов белок-ДНК использовалась для определения приблизительных молекулярных масс комплексов.

РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ

Выравнивание B. subtilis Последовательности меховых коробочек. B. subtilis Fur, очищенный после сверхэкспрессии в E. coli , содержит как железо, так и цинк (неопубликованные данные) и связывается с высоким сродством с последовательностью Furbox в регуляторной области сидерофоров, производных от дигидроксибензоата ( dhb ) биосинтетический оперон (4). Этот участок идеально сочетается (19 остатков из 19) с классической коробкой из меха, что настоятельно предполагает, что B.subtilis Fur имеет селективность ДНК, аналогичную наблюдаемой для E. coli Fur. Действительно, поиск последовательности, в котором использовался классический Fur box из 19 пар оснований, выявил многочисленные кандидаты на регулируемые Fur опероны, многие из которых теперь подтверждены экспериментально (1). Однако др. Гены, аннотированные как вероятно кодирующие функции, связанные с транспортом железа, не связаны с сайтами, близкими к классическому Fur box.

Для дальнейшего определения последовательностей ДНК, необходимых для распознавания Fur, мы выполнили множественное выравнивание последовательностей 19 сайтов связывания Fur, идентифицированных с помощью профилирования мРНК на основе ДНК-микрочипов и подтвержденных с помощью футпринтинга ДНКазы I (1).Как отмечалось ранее, выровненные последовательности выявили сохранение коровой области длиной 15 пар оснований (повтор 7-1-7) вместо классического инвертированного повтора длиной 19 пар оснований (таблица 1). Escolar et al. (13) представили модель, в которой инвертированный повтор из 19 пар оснований рассматривается как три гексамера GATAAT в ориентации голова к голове к хвосту (6-6-1-6) (рис. 1). Ясно, что мотив гептамера 7-1-7, который мы предлагаем, тесно связан с мотивом гексамера, описанным этими авторами.

РИС. 1.

Сравнение моделей для объяснения консенсусной последовательности Fur box. (A) Fur-бокс классически определяется как инвертированная повторяющаяся последовательность из 19 пар оснований, первоначально предназначенная для связывания одного димера Fur. (B) Альтернативная точка зрения предполагает, что Fur связывается с повторяющимися массивами из трех или более копий гексамера GATAAT (13, 15). Согласно этой модели, классическая шкатулка для меха состоит из трех мотивов GATAAT в ряду «голова-голова-хвост» (6-6-1-6). (C) Мы предполагаем, что Fur-бокс из 19 пар оснований является результатом двух перекрывающихся повторов, инвертированных гептамером [(7-1-7) ₂], которые вместе определяют последовательность из 21 пар оснований.

ТАБЛИЦА 1.

Анализ встречающихся в природе коробок Fur

В большинстве случаев область ДНК, защищенная от переваривания ДНКазой I мехом, выходит за пределы сердцевинного 7-1-7 гептамерного повтора. Дополнительная защищенная область может иметь размер от 3 пар оснований до 14 пар оснований и более (1). Проверка выровненных последовательностей Fur box показала, что многие операторы имеют по крайней мере один перекрывающийся мотив 7-1-7 (таблица 1) со смещением на шесть оснований (либо слева, либо справа от последовательности, показанной в выравнивании). Присутствие двух перекрывающихся мотивов 7-1-7 [обозначенных (7-1-7) ₂] генерирует классическую консенсусную последовательность Fur из 19 пар оснований (фиг. 1C). Например, первые шесть операторов в таблице 1 имеют совпадения по крайней мере пяти из шести остатков с дополнительными основаниями в левом перекрывающемся мотиве, и, как следствие, центральное основание мотива 7-1-7, показанное в выравнивании представляет собой C, соответствующий консервативному C в перекрывающемся слева мотиве 7-1-7. Сходным образом операторы yxeB и yfmC , по-видимому, имеют перекрывающиеся справа мотивы и ожидаемый центральный остаток G в выровненном мотиве 7-1-7 (Таблица 1).Наконец, примерно половина выровненных сайтов-операторов не имеет очевидных перекрывающихся повторов гептамера (менее четырех из шести совпадений с дополнительными фланкирующими основаниями) и могут представлять сайты, которые имеют только один мотив 7-1-7. Для этих сайтов нет очевидной сохранности центрального основания в мотиве 7-1-7. Обратите внимание, что все эти сайты защищены всего лишь 10 нМ Fur и, следовательно, представляют собой сайты связывания с высоким сродством (1).

Мотив гептамера 7-1-7 представляет собой минимальную единицу распознавания для мехового переплета.

Для определения минимальных последовательностей, необходимых для распознавания Fur, мы синтезировали серию ДНК-олигонуклеотидов, содержащих либо консенсусный Fur-бокс [(7-1-7) ₂], либо один гептамерный повтор (7-1-7) , или родственные гексамерные последовательности в прямой (два 6-мерных) или инвертированной (6-1-6) ориентации (таблица 2). В качестве контроля мы также протестировали неспецифический фрагмент ДНК и олигонуклеотиды, содержащие один гептамер или один гексамер. Каждую из этих последовательностей инкубировали с очищенным B.subtilis Fur, и связанные комплексы разделяли с помощью нативного PAGE в EMSA. Fur не может связываться с олигонуклеотидами, содержащими одиночные 6-мерные или 7-мерные повторы, или с неспецифическим фрагментом и только слабо связывается с сайтом с двумя 6-мерами (фиг. 2 и данные не показаны). Это согласуется с результатами, полученными для E. coli Fur (13).

РИС. 2.

Связывание меха B. subtilis с модельными олигонуклеотидными субстратами. Конечные концентрации белка Fur (мономера) в реакционных смесях составляли 0, 1, 10, 100, 500 и 1000 нМ на панелях с шестью дорожками (закрашенные треугольники) и 0, 10, 50, 75, 100, 200 нМ. 500 и 1000 нМ в панелях с восемью полосами (заштрихованные треугольники).Для облегчения сравнения между экспериментами дорожки, содержащие 100 нМ меха (мономер), обозначены кружками. (A) Связывание белка Fur с олигонуклеотидами, содержащими одну или две копии гексамерного мотива GATAAT. (B) Сравнение связывания белка Fur с субстратами 6-1-6, 7-1-7 и (7-1-7) ₂. Неспецифический фрагмент ДНК (нс) (см. Таблицу 2) был включен в качестве контроля либо с 1 мкМ Fur (полоса +), либо без добавления Fur (полоса -). (C) Влияние дополнительных фланкирующих оснований на образование комплекса с меньшей подвижностью (см. Таблицу 2 для резюме).Обратите внимание, что эти исследования не проводились параллельно с теми, результаты которых показаны на панели B, поэтому абсолютное сродство нельзя сравнивать.

ТАБЛИЦА 2.

Модельные олигонуклеотидные субстраты

Результаты EMSA показывают, что Fur связывается с аналогичной аффинностью либо с классическим Fur-боксом длиной 19 пар оснований [(7-1-7) ₂], либо с одиночным 7-1-7 гептамерный повтор (рис. 2Б). В этом эксперименте примерно половина максимального связывания была достигнута с 100 нМ белка Fur. Напротив, Fur со значительно пониженной аффинностью связывается с инвертированным повторением 6-1-6.Эти результаты предполагают, что мотив 7-1-7 является минимальной единицей, необходимой для высокоаффинного распознавания Fur. Сопоставимые олигонуклеотиды не были включены в предыдущий анализ Escolar et al. (13).

Стехиометрия комплексов Fur-ДНК.

Вторым поразительным открытием, сделанным в экспериментах с EMSA, является разница в подвижности между комплексами, образованными с мотивом 7-1-7, и участками Fur box из 19 пар оснований [(7-1-7) ₂] Рис. 2Б). В то время как оператор 7-1-7 дает единственную полосу с меньшей подвижностью, которую мы интерпретируем как связывание одного олигомера Fur с инвертированным повтором 7-1-7, блок Fur из 19 пар оснований дает две полосы.Это согласуется с предположением, что классический Fur-бокс из 19 пар оснований на самом деле представляет собой два перекрывающихся 7-1-7 гептамерных повтора [(7-1-7) ₂], которые связывают Fur на противоположных сторонах спирали ДНК.

Чтобы исследовать минимальные требования к последовательности для образования полосы с меньшей подвижностью, мы протестировали серию олигонуклеотидов, содержащих дополнительные консенсусные основания по обе стороны от стержневого элемента 7-1-7 (таблица 2). Увеличение одного повтора сайта 7-1-7 для получения последовательности 8-1-7 привело к полосе с меньшей подвижностью с 1 мкМ белка, но не с белком 500 нМ (рис.2С). Этот комплекс с меньшей подвижностью также образовывался с последовательностью 8-1-8, и комплекс с меньшей подвижностью был доминирующим видом, присутствующим с 1 мкМ белка Fur. Если последовательности повторов удлиняются с образованием инвертированного повтора 9-1-9, аффинность возрастает еще больше. В этом случае комплекс с меньшей подвижностью впервые проявился в реакциях со 100 нМ белка Fur. Предположительно это происходило из-за связывания одного олигомера Fur с центральным мотивом 7-1-7 и второго олигомера с любым из двух несовершенных мотивов, смещенных либо влево, либо вправо.Обратите внимание, что в целом существует хорошая корреляция между присутствием второго, перекрывающегося повтора 7-1-7 и появлением комплекса с меньшей подвижностью (таблица 2). Эти результаты согласуются с идеей, что связывание дополнительного олигомера Fur требует перекрывающихся сайтов со значительным соответствием основной консенсусной последовательности.

Для определения стехиометрии комплексов, образованных между Fur и сайтами 7-1-7 и (7-1-7) ₂, мы измерили их кажущуюся молекулярную массу, анализируя подвижность комплексов во время нативного PAGE, выполненного с гелями. с различной концентрацией полиакриламида (28).При сравнении со стандартами глобулярного белка комплекс между Fur и фрагментом 7-1-7 имел кажущуюся молекулярную массу 58 кДа, что близко согласуется с ожидаемой массой 54 кДа, рассчитанной для димера Fur, связанного с 33- олигонуклеотид ДНК п.н. (рис. 3). Напротив, комплекс между Fur и фрагментом (7-1-7) ₂ имел кажущуюся массу 97 кДа, что сопоставимо с ожидаемой массой 89 кДа, рассчитанной для двух димеров Fur, связанных с ДНК. В обоих случаях интерполированные молекулярные массы комплексов Fur-ДНК были несколько выше, чем значения, рассчитанные из сумм отдельных компонентов, возможно, из-за того, что комплексы белок-ДНК имеют другую форму, чем используемые стандарты глобулярных белков.Аналогичным образом, когда стехиометрия комплекса Lrp-ДНК была определена этим методом, была также получена завышенная оценка на 8 кДа (11). Эти результаты подтверждают идею о том, что сайт 7-1-7 связывает один димер Fur, в то время как ( 7-1-7) ₂ сайт связывает два димера.

РИС. 3.

Определение стехиометрии комплексов Fur-ДНК с помощью нативного PAGE. (A) Логарифмы относительной подвижности Fur-ДНК и маркерных белков (по сравнению с подвижностью бромфенолового синего) как функции концентрации полиакриламида.В качестве комплексов использовали Fur- (7-1-7) (□) и Fur — [(7-1-7) ₂] (○). В качестве маркерных белков использовались карбоангидраза (), α-лактальбумин (▪), димер бычьего сывороточного альбумина (•), мономер бычьего сывороточного альбумина () и яичный альбумин (). (B) Определение кажущейся молекулярной массы комплексов Fur- (7-1-7) и Fur — [(7-1-7) ₂]. Отрицательные наклоны линий подвижности на панели A были нанесены на график в зависимости от молекулярных масс белковых стандартов (закрашенные символы), а кажущиеся массы комплексов Fur-ДНК (открытые символы) были определены путем интерполяции.

Связывание меха с естественными участками 7-1-7 и (7-1-7)

₂.

Хотя мы первоначально получили консенсусную последовательность 7-1-7 путем сопоставления встречающихся в природе операторов для Fur (таблица 1) (1), тем не менее ясно, что многие из этих операторов также соответствуют более длинной консенсусной последовательности Fur box длиной 19 пар оснований. и поэтому, вероятно, будут (7-1-7) ₂ сайтов. Чтобы определить, взаимодействует ли Fur с различной стехиометрией с встречающимися в природе представителями классов 7-1-7 и (7-1-7) ₂, мы синтезировали олигонуклеотиды, содержащие последовательности операторов dhb и feu соответственно. .Оператор feu совпадает с консенсусной последовательностью 7-1-7 в 13 из 14 положений, но соответствует более длинной последовательности Fur box длиной 19 пар оснований только в 13 из 19 положений. При анализе с помощью EMSA препараты показали те же структуры полос, что и последовательности модели 7-1-7 и (7-1-7) ₂, полученные в результате выравнивания (фиг. 4B). Мы пришли к выводу, что два димера Fur распознают область оператора dhb , в то время как один димер связывает оператор feu . Изучение структуры полос в эксперименте dhb показало, что занятость двух сайтов приводит к незначительной, если вообще какой-либо, очевидной кооперативности; легко наблюдаются комплексы, соответствующие как одному, так и двум связанным димерам. Отметим также, что сайт feu лишен центральной пары оснований G · C, обычно обнаруживаемой в перекрывающихся массивах 7-1-7 мотивов. В общем, сохранение этого центрального положения в мотиве 7-1-7 коррелирует с присутствием перекрывающегося мотива 7-1-7 (Таблица 1).

РИС. 4.

Привязка меха к естественным участкам операторов. (A) Последовательности верхних цепей олигонуклеотидов ДНК, представляющих субстраты dhb , feuA и Per box. (B) Fur связывается с операторами dhbA и feu с сопоставимым сродством, но образует комплекс с меньшей мобильностью только с оператором dhb .(C) Мех связывается с субстратом 7-1-7, но не распознает тесно связанную последовательность Per box.

Мех не распознает мотив 7-1-7 на коробку.

В свете открытия, что Fur взаимодействует с высоким сродством с мотивом последовательности 7-1-7, интересно рассмотреть особенности, которые могут отличать коробки Per от коробок Fur. PerR на 31% идентичен Fur, а также является димерным, зависимым от ионов металлов ДНК-связывающим белком (5). В предыдущей работе мы и другие сотрудники идентифицировали в общей сложности девять ящиков Per, признанных PerR (3, 8, 9, 16, 23).Выравнивание этих последовательностей подтверждает наше первоначальное предположение, что PerR распознает мотив инвертированного повтора 7-1-7, TTATAATnATTATAA (рис. 4A). Подобно Fur, PerR часто связывается с протяженными участками, фланкирующими эту коровую последовательность. Связывание оказывается селективным по отношению к последовательности; при более высоких концентрациях PerR связывание ДНК может распространяться однонаправленно относительно этого ядра (23).

Сравнение согласованных коробок Fur и Per показывает замечательное сходство: два гептамера идентичны в шести из семи позиций.Действительно, сходство между блоками Fur и Per затрудняет отнесение генов к тому или иному регулону на основе геномных поисков. Например, мы первоначально предположили, что ykvW может быть членом регулона Fur на основании присутствия Fur box-кандидата в регуляторной области (22). Теперь ясно, что ykvW (теперь называемый zosA ) на самом деле является членом регулона PerR (17). Здесь мы обнаружили, что Fur не распознает Per box (рис. 4C). Точно так же PerR тесно связывается с консенсусным блоком Per, но не распознает связанный блок Fur (данные не показаны).Эти результаты согласуются с анализами in vivo, в которых использовались как репортерные слияния lacZ , так и полногеномное транскрипционное профилирование. Нам еще предстоит найти ген, который напрямую регулируется как Fur, так и PerR в B. subtilis .

Сравнение структуры предлагаемого комплекса Fur-ДНК со структурой комплексов DtxR-ДНК.

DtxR является репрессором дифтерийного токсина Corynebacterium diphtheriae и, как и Fur, функционирует как Fe (II) -зависимый репрессор биосинтеза сидерофоров и транспортных функций (26, 33).Первоначальная идентификация Fur как репрессора захвата железа в E. coli и DtxR как аналогичного белка в C. diphtheriae привела к предположению, что эти два белка могут контролировать функции захвата железа в грамотрицательных и грамположительных клонах. , соответственно. Реальная ситуация намного сложнее: белки семейства Fur и DtxR контролируют функции, отличные от гомеостаза железа, и оба широко распространены среди бактерий (гомологи DtxR также обнаруживаются у некоторых архей [2]).Например, и B. subtilis , и Staphylococcus aureus содержат три различных гомолога Fur (Fur, PerR и Zur), а также Mn (II) -чувствительный гомолог DtxR (MntR) (22).

На уровне первичной аминокислотной последовательности семейства Fur и DtxR не очень похожи и часто предполагается, что они возникли независимо. Однако оба белка являются димерными, HTH-содержащими ДНК-связывающими белками, которые, как полагают, относятся к одному и тому же суперсемейству регуляторов (суперсемейство CAP / LexA) (19, 25).Хотя DtxR был предметом многочисленных структурных исследований, проведенных с помощью рентгеновской кристаллографии, структура еще не описана ни для одного члена семейства Fur. Таким образом, взаимосвязь между этими семействами белков остается неясной. Однако есть очевидное сходство. Оба содержат аминоконцевой ДНК-связывающий домен, связанный с металл-связывающим доменом, и оба связывают два иона металла на мономер (15, 26).

Сходство между Fur и DtxR становится еще более очевидным, если учесть структуру сайтов операторов.Оба белка распознают операторы, первоначально определенные как инвертированные повторяющиеся последовательности длиной 19 п.н., что приводит к типичному следу ДНКазы I ~ 30 п.н. Оператор DtxR теперь рассматривается как два перекрывающихся инвертированных повтора со смещением симметрии 7-0-7 на 5 п.н. (30, 35). Таким образом, распознавание ДНК с помощью DtxR опосредуется двумя белками, которые связываются с противоположными сторонами спирали ДНК (рис. 5). Распознавание ДНК опосредуется как прямыми контактами между аминокислотами и краями оснований в большой бороздке (прямое считывание), так и контактами с фосфатно-сахарным остовом (непрямое считывание) (7).

РИС. 5.

Сравнение предложенного комплекса Fur-ДНК с комплексом DtxR-ДНК. (A) Два перекрывающихся мотива гептамера 7-1-7, которые генерируют классический сайт связывания Fur box из 19 пар оснований. (B) Два перекрывающихся несовершенных инвертированных повтора, которые генерируют сайт связывания длиной 19 пар оснований для DtxR (адаптировано из ссылки 7). Критические контакты для распознавания белок-ДНК включают взаимодействие DtxR Gln43 (треугольники) с указанными парами оснований G · C и взаимодействие метильной группы тимина с парой Ser37-Pro39 (кружки) (адаптировано из ссылки 7).(C) Модель комплекса, образованного между DtxR и операторной ДНК, иллюстрирующая роль двух димеров DtxR в распознавании.

Основания, наиболее важные для взаимодействия белок-ДНК, могут быть определены разными способами. Для DtxR сравнение 21 сайта связывания DtxR, отобранного in vitro, позволило идентифицировать консенсусную последовательность T (A / T) AGGTTAG (G / C) CTAACCT (A / T) A длиной 19 пар оснований (32). Аналогичный паттерн консервации был отмечен при выравнивании естественных сайтов связывания DtxR (7). Анализ выровненных сайтов связывания Fur из E.coli также выявила консенсусную последовательность инвертированного повтора длиной 19 пар оснований. Однако утверждалось, что эта область на самом деле представляет собой массив из трех гексамеров и что каждый гексамер GATAAT представляет собой сайт взаимодействия для димера Fur (15).

Наши результаты предполагают, что комплексы Fur-ДНК могут быть структурно подобными комплексам, описанным для DtxR. В самом деле, изучение подробных анализов следов, представленных для E. coli Fur (ДНКаза I, гидроксильный радикал и отсутствующий тимин), подтверждает модель, в которой Fur взаимодействует с обеими сторонами спирали ДНК.Например, в исследованиях, в которых используются синтетические гексамерные повторы, связывание с мехом сильно снижено в матрицах, лишенных остатков тимина с интервалами 6 п.н. Примечательно, что DtxR также связывается с остатками тимина с одинаковой периодичностью за счет гидрофобных взаимодействий между Ser37, Pro39 и метильной группой тимина (7). Предлагаемая здесь модель может также учитывать задокументированную склонность Fur (и гомологов Fur, таких как PerR) связываться с протяженными участками ДНК. Подобно тому, как два димера могут связываться с противоположными сторонами спирали, чтобы составлять консенсусную последовательность из 19 п.н., можно предположить, что три димера связываются с ДНК с образованием расширенной защищенной области, содержащей дополнительные 6 п.н.Действительно, именно такое расположение было замечено в нескольких комплексах Fur-ДНК (10, 14).

Резюме.

Мы предполагаем, что члены семейства репрессорных белков Fur связываются с коровой последовательностью, состоящей из инвертированного гептамерного повтора длиной 15 пар оснований. Эта модель представляет собой значительную переработку предыдущих моделей, включая как исходное предположение, что каждый инвертированный повтор длиной 19 п.н. представляет сайт связывания одного димера (12), так и пересмотренную модель, в которой Fur распознает повторяющиеся массивы GATAAT (13, 15). .Понимание точной природы комплекса Fur-ДНК должно быть полезным для продолжающихся усилий по определению регулонов Fur с помощью биоинформатических подходов. Например, анализ регулона Fur в Shewanella oneidensis показал, что многие очевидные гены-мишени не содержат вышестоящую последовательность со статистически значимым совпадением с консенсусной последовательностью Fur из 19 пар оснований (например, наилучшее соответствие менее 10 из 19 остатков) (34). Другие исследователи пытались идентифицировать последовательности Fur box, предшествующие генам, регулируемым железом, путем поиска повторяющихся массивов ATAAT (24).Мы предполагаем, что более подходящие стратегии могут включать поиск перекрывающихся инвертированных повторов 7-1-7. Поскольку два таких повтора регенерируют классическую консенсусную последовательность из 19 пар оснований, а Fur часто связывается с несколькими перекрывающимися сайтами, поиск с использованием классической консенсусной последовательности из 19 пар оснований, вероятно, по-прежнему будет полезен для анализа бактериальных геномов (1, 29).

БЛАГОДАРНОСТИ

Мы благодарим сотрудников лаборатории J.D.H. за полезные обсуждения по поводу этой работы.

Работа поддержана грантом MCB-9983656 Национального научного фонда.

СНОСКИ

Получено 20 мая 2002 г.
Принято 26 июля 2002 г.

СПРАВОЧНИКИ

1.↵
Ван, Р. Е и Дж. Д. Хельманн. Глобальный анализ Bacillus subtilis Fur регулона и стимулятора железного голодания. Мол. Microbiol., В печати.
2.↵
Белл, С.Д., С. С. Кэрнс, Р. Л. Робсон и С. П. Джексон. 1999. Регуляция транскрипции оперона архей in vivo и in vitro. Мол. Cell4 : 971-982.
3.↵
Bsat, N. , L. Chen, and J. D. Helmann. 1996. Мутация оперона Bacillus subtilis алкилгидропероксидредуктазы ( ahpCF ) выявляет компенсаторные взаимодействия между генами стресса перекисью водорода. J. Bacteriol. 178 : 6579-6586.
4.↵
Bsat, N., and J. D. Helmann. 1999. Взаимодействие Bacillus subtilis Fur (репрессор захвата железа) с оператором dhb in vitro и in vivo. J. Bacteriol. 181 : 4299-4307.
5.↵
Bsat, N., A. Herbig, L. Casillas-Martinez, P. Setlow и J. D. Helmann. 1998. Bacillus subtilis содержит несколько гомологов Fur: идентификация репрессоров захвата железа (Fur) и пероксидного регулона (PerR).Мол. Microbiol.29 : 189-198.
6.↵
Calderwood, S. B., and J. J. Mekalanos. 1988. Подтверждение сайта оператора Fur путем встраивания синтетического олигонуклеотида в плазмиду слияния оперонов. J. Bacteriol.170 : 1015-1017.
7.
Чен, С. С., А. Уайт, Дж. Лав, Дж. Р. Мерфи и Д. Ринг. 2000. Метильные группы тиминовых оснований важны для распознавания нуклеиновых кислот DtxR.Биохимия39 : 10397-10407.
8.↵
Chen, L., and J. D. Helmann. 1995. Bacillus subtilis MrgA является гомологом Dps (PexB): данные о металлорегуляции гена окислительного стресса. Мол. Microbiol.18 : 295-300.
9.↵
Чен Л., Л. Керамати и Дж. Д. Хельманн. 1995. Координированная регуляция генов пероксидного стресса Bacillus subtilis перекисью водорода и ионами металлов.Proc. Natl. Акад. Sci. USA92 : 8190-8194.
10.
Кристофферсен, К. А., Т. Дж. Брикман, И. Хук-Барнард и М. А. Макинтош. 2001. Регуляторная архитектура регулируемой железом области двунаправленного промотора fepD-ybdA в Escherichia coli . J. Bacteriol. 183 : 2059-2070.
11.↵
Цуй Ю., М. А. Мидкифф, К. Ван и Дж. М. Кальво. 1996. Чувствительный к лейцину регуляторный белок (Lrp) из Escherichia coli .Стехиометрия и минимальные требования для связывания с ДНК. J. Biol. Chem.271 : 6611-6617.
12.↵
de Lorenzo, V., S. Wee, M. Herrero, and J. B. Neilands. 1987. Операторные последовательности оперона аэробактина плазмиды ColV-K30, связывающей репрессор регуляции захвата железа ( fur ). J. Bacteriol. 169 : 2624-2630.
13.↵
Escolar, L., J. Perez-Martin, and V. de Lorenzo. 1998 г.Связывание репрессора Fur (регулятор захвата железа) Escherichia coli с массивами последовательности GATAAT. J. Mol. Биол. 283 : 537-547.
14.
Escolar, L., J. Perez-Martin и V. de Lorenzo. 2000. Свидетельства необычно длинного оператора репрессора fur в промоторе аэробактина Escherichia coli . J. Biol. Chem. 275 : 24709-24714.
15.↵
Escolar, L., Х. Перес-Мартин и В. де Лоренцо. 1999. Открытие железного ящика: транскрипционная металлорегуляция с помощью белка Fur. J. Bacteriol. 181 : 6223-6229.
16.
Fuangthong, M., A. F. Herbig, N. Bsat, and J. D. Helmann. 2002. Регулирование генов Bacillus subtilis fur и perR с помощью PerR: не все члены регулона PerR индуцируются пероксидом. J. Bacteriol. 184 : 3276-3286.
17.↵
Gaballa, A., and J. D. Helmann. 2002. Идентификация пероксид-индуцированной АТФазы P-типа показывает важную роль цинка как антиоксиданта в Bacillus subtilis . Мол. Microbiol.45 : 997-1005.
18.↵
Gaballa, A., and J. D. Helmann. 1998. Идентификация цинк-специфического металлорегуляторного белка Zur, контролирующего опероны транспорта цинка в Bacillus subtilis . J. Bacteriol. 180 : 5815-5821.
19.↵
Гонсалес де Передо, А., К. Сен-Пьер, Ж. М. Латур, И. Мишо-Соре и Э. Форест. 2001. Конформационные изменения белка регуляции захвата железа при активации металлов и связывании ДНК; первое свидетельство структурной гомологии с репрессором дифтерийного токсина. J. Mol. Биол.310 : 83-91.
20.↵
Harrison, S.C., and A.K. Aggarwal. 1990. Распознавание ДНК белками с мотивом спираль-поворот-спираль.Анну. Rev. Biochem.59 : 933-969.
21.↵
Helmann, J. D. 1997. Регулирование катионов металлов у грамположительных бактерий, с. 45-76. В С. Сильвер и У. Уолден (ред.), Ионы металлов в регуляции генов. Chapman & Hall, New York, N.Y.
22.5
Herbig, A., and J. D. Helmann. 2002. Поглощение ионов металлов и окислительный стресс, стр. 405-414. В А.Л. Соненшейн, Дж. А. Хох, Р.Losick (ed.), Bacillus subtilis и его ближайшие родственники, 2-е изд. ASM Press, Вашингтон, округ Колумбия, ,
,
, 23. №
, , , Хербиг, А.Ф., и Дж. Д. Хельманн. 2001. Роль ионов металлов и перекиси водорода в модулировании взаимодействия репрессора пероксидного регулона Bacillus subtilis PerR с операторной ДНК. Мол. Microbiol.41 : 849-859.
24.↵
Hoffmann, T., A. Schutz, M. Brosius, A.Волкер, У. Волкер и Э. Бремер. 2002. Ограничение железа, вызванное высокой соленостью, у Bacillus subtilis . J. Bacteriol. 184 : 718-727.
25.↵
Holm, L., C. Sander, H. Rüterjans, M. Schnarr, R. Fogh, R. Boelens, and R. Kaptein. 1994. Репрессор LexA и регулятор захвата железа из Escherichia coli : новые члены суперсемейства CAP-подобных ДНК-связывающих доменов. Protein Eng.7 : 1449-1453.
26.↵
Холмс, Р. К. 2000. Биология и молекулярная эпидемиология дифтерийного токсина и гена tox . J Infect. Диск 181 (Дополнение 1) : S156-S167.
27.↵
Ле Кам, Э., Д. Фрешон, М. Барре, А. Фуркад и Э. Делен. 1994. Наблюдение за связыванием и полимеризацией репрессора Fur на ДНК, содержащей оператор, с помощью электронного и атомно-силового микроскопов. Proc. Natl. Акад. Sci. USA91 : 11816-11820.
28.↵
Орчард, К. и Г. Э. Мэй. 1993. Метод на основе EMSA для определения молекулярной массы комплекса белок-ДНК. Nucleic Acids Res.21 : 3335-3336.
29. №
Панина Е.М., Миронов А.А., Гельфанд М.С. 2001. Сравнительный анализ регулонов FUR у гамма-протеобактерий. Nucleic Acids Res.29 : 5195-5206.
30.↵
Pohl, E., Р. К. Холмс и В. Г. Холмс. 1999. Кристаллическая структура комплекса ДНК-репрессор дифтерийного токсина, активированного кобальтом, выявляет связывающий металл Sh4-подобный домен. J. Mol. Биол. 292 : 653-667.
31.↵
Роуленд Б. М. и Х. В. Табер. 1996. Дубликаты генов изохоризматсинтазы Bacillus subtilis : регуляция и участие в биосинтезе менахинона и 2,3-дигидроксибензоата. J. Bacteriol. 178 : 854-861.
32.↵
Tao, X., and J. R. Murphy. 1994. Определение минимальной существенной нуклеотидной последовательности для связывания репрессора дифтерии tox путем селекции аффинности in vitro. Proc. Natl. Акад. Sci. USA91 : 9646-9650.
33.
Тао, X., Н. Ширинг, Х. Й. Цзэн, Д. Ринг и Дж. Р. Мерфи. 1994. Железо, DtxR и регуляция экспрессии дифтерийного токсина. Мол. Microbiol.14 : 191-197.
34.↵
Thompson, DK, AS Beliaev, CS Giometti, SL Tollaksen, T. Khare, DP Lies, KH Nealson, H. Lim, J. Yates III, CC Brandt, JM Tiedje, and J Чжоу. 2002. Транскрипционный и протеомный анализ мутанта регулятора захвата железа (Fur) Shewanella oneidensis : возможное участие Fur в энергетическом метаболизме, регуляции транскрипции и окислительном стрессе. Прил. Environ. Microbiol.68 : 881-892.
35.↵
Уайт, А., Х. Динг, Дж. К. Вандер-Спек, Дж. Р. Мерфи и Д. Ринг. 1998. Структура комплекса репрессор дифтерийного токсина, активируемого ионами металла, и оператор токсина. Nature394 : 502-506.

Регулятор поглощения железа (Fur) и доступность железа контролируют выработку и созревание антибактериального пептида микроцина E492

Abstract

Микроцин E492 представляет собой порообразующий бактериоцин с токсической активностью против Enterobacteriaceae , который подвергается агрегации амилоида в качестве механизма, регулирующего его токсичность.Чтобы быть активным, он требует посттрансляционного присоединения к С-концу гликозилированного производного энтерохелина (сальмохелина), процесс осуществляется белками MceC, MceI и MceJ, кодируемыми в кластере генов MccE492. И микроцин E492, и сальмохелин предположительно играют роль в вирулентности бактериального патогена Klebsiella pneumoniae . Кроме того, энтерохелин вырабатывается в результате низкой доступности железа, а его синтез контролируется глобальным регулятором железа Fur.Поскольку производство активного микроцина E492 зависит от биосинтеза энтерохелина, оба процесса могут координироваться. В этой работе мы исследовали роль Fur в экспрессии генов созревания микроцина E492 mceCJI . mceC не был , регламентированный компанией Fur, как это происходит с его гомологом iroB в Salmonella enterica . Мы продемонстрировали, что mceJI вместе с ранее не охарактеризованным геном mceX транскрибируются как одна мРНК, и что Fur связывает in vivo с коробкой Fur, расположенной перед единицей mceX — mceJI .Также мы установили, что экспрессия этих генов снижается в условиях высокой доступности железа, в то время как этот эффект отменяется на фоне Δ fur . Кроме того, наши результаты показали, что MceX действует как негативный регулятор экспрессии структурного гена микроцина E492, связывая его синтез с железозависимой регуляторной цепью. Следовательно, сверхэкспрессия fur или mceX приводила к значительному снижению антибактериальной активности клеток, продуцирующих микроцин E492. В совокупности эти результаты показывают, что как экспрессия генов созревания микроцина E492 mceJI , так и MceX, негативный регулятор синтеза микроцина E492, координируются с продукцией энтерохелина Fur в зависимости от уровней железа в среде.

Образец цитирования: Marcoleta AE, Gutiérrez-Cortez S, Hurtado F, Argandoña Y, Corsini G, Monasterio O и др. (2018) Регулятор поглощения железа (Fur) и доступность железа контролируют выработку и созревание антибактериального пептида микроцина E492.PLoS ONE 13 (8): e0200835. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0200835

Редактор: Эрик Каскалес, Национальный центр научных исследований, Университет Экс-Марсель, ФРАНЦИЯ

Поступила: 5 марта 2018 г .; Одобрена: 22 мая 2018 г .; Опубликован: 2 августа 2018 г.

Авторские права: © 2018 Marcoleta et al. Это статья в открытом доступе, распространяемая в соответствии с условиями лицензии Creative Commons Attribution License, которая разрешает неограниченное использование, распространение и воспроизведение на любом носителе при условии указания автора и источника.

Доступность данных: Все соответствующие данные находятся в документе и его файлах с вспомогательной информацией.

Финансирование: Эта работа была поддержана грантами 1100141 и 1140430, предоставленными Национальным фондом дезарролло китайского и технологического (FONDECYT).

Конкурирующие интересы: Авторы заявили, что никаких конкурирующих интересов не существует.

Введение

Микроцин E492 (MccE492) представляет собой порообразующий бактериоцин массой ~ 8 кДа, который продуцируется и выделяется Klebsiella pneumoniae RYC492 [1-2].Среди своих свойств MccE492 обладает антибактериальной активностью против Enterobacteriaceae , индуцирует апоптоз в некоторых линиях опухолевых клеток человека и формирует амилоидные волокна как механизм, регулирующий его активность [3-5]. После синтеза он подвергается посттрансляционной модификации (созреванию) за счет присоединения к С-концу гликозилированных производных энтерохелина (сальмохелина), сидерофор, широко используемый Enterobacteriaceae . Добавление этой части важно для антибактериальной активности, поскольку она опосредует распознавание токсина и интернализацию в периплазму рецепторами катехолата железа (III) FepA, Fiu и Cir, расположенными на внешней мембране клеток-мишеней [6-8].Хотя это не было продемонстрировано экспериментально, было высказано предположение, что продукция MccE492 и сальмохелина поможет превзойти другие бактерии во время колонизации окружающей среды, лишенной железа, такой как ткани млекопитающих. Более того, было обнаружено, что гены, участвующие в продукции этих молекул, широко распространены среди гипервирулентных K . pneumoniae штаммов [9–11] и, таким образом, вероятно, играют роль в патогенезе этого вида, недавно объявленного неотложным признаком патогена из-за его гипервирулентности и множественной лекарственной устойчивости (см. Обзор [12–13]).

Генетические детерминанты продукции активного MccE492 сгруппированы в кластер генов размером ~ 13 т.п.н., который был клонирован и изучен в E . coli [14]. Он включает (среди прочего) гены mceA и mceB , кодирующие пептид MccE492 и его иммунный белок, соответственно; mceH и mceG , кодирующие специальный транспортер ABC и его вспомогательный белок, и mceC , mceJ и mceI , продукты которых участвуют в созревании MccE492; мутанты по любому из генов созревания продуцируют неактивный MccE492 [15-17].Белок MceC представляет собой гликозилтрансферазу из 370 аминокислот, которая катализирует присоединение фрагментов глюкозы к энтерохелину, образуя сальмохелин [16]. Белки MceJ и MceI собираются в комплекс, который катализирует ковалентное присоединение сальмохелина к С-концевому концу (серин 84) MccE492 [16,18].

Бактериям, как и большинству живых форм, необходимо двухвалентное железо (Fe ²⁺) для осуществления многих метаболических процессов. Следовательно, один из первых защитных барьеров хозяина против патогенных инфекций состоит из специализированных белков, которые связывают этот питательный микроэлемент, снижая его биодоступность. В ответ бактерии разработали опосредованные сидерофором системы захвата железа, чтобы обойти эту стратегию защиты хозяина [19,20]. В E . coli , белок регулятора захвата железа (Fur) — это шедевр, регулирующий клеточные уровни Fe ²⁺ [19,21–22]. Fur действует в основном как репрессор транскрипции и определяет доступность внутриклеточного железа: на высоких уровнях Fe ²⁺ действует как ко-репрессор, образуя комплекс Fur-Fe ²⁺, который связывается с последовательностью длиной 19 пар оснований, обозначенной Fur box, обычно располагается в промоторной области генов, регулируемых железом [23,24-25].Напротив, при низких уровнях Fe ²⁺ комплекс Fur-Fe ²⁺ разбирается, очищая промоторную область и обеспечивая экспрессию гена. Fur-опосредованная регуляция контролирует экспрессию более 90 генов [26], включая некоторые факторы вирулентности, такие как гемолизин и шига-подобный токсин, а также детерминанты, кодирующие синтез энтерохелина [24,27–28]. Поскольку на предшественники посттрансляционной модификации MccE492 влияет доступность сидерофоров и, следовательно, процесс поглощения железа, вероятно, что метаболизм железа играет роль в регуляции созревания MccE492.В этом отношении предыдущая работа показала, что для активной продукции MccE492 обязательно требуется энтерохелин в качестве субстрата [17]. Также известно, что ген iro B, кодирующий гомолог MceC в Salmonella , имеет Fur-бокс в своей промоторной области, который позволяет Fur-опосредованную и зависимую от железа регуляцию его экспрессии [20,29–30]. Хотя эти факты предполагают, что процесс созревания MccE492 связан с метаболизмом железа, прямое влияние Fur и доступности железа на экспрессию генетических детерминант MccE492 не изучалось.В этой работе мы установили, что в отличие от своего гомолога iroB , mceC не регулируется Fur. Мы охарактеризовали промоторную область генов созревания mceJI и обнаружили, что они транскрибируются как полицистронная мРНК вместе с небольшой открытой рамкой считывания, названной mceX , расположенной выше mceJ . Промоторная область, управляющая экспрессией этой транскрипционной единицы, содержит Fur-бокс, перекрывающий сайт начала транскрипции, который связывает Fur-регулятор in vivo .Используя репортерные слияния lacZ , мы предоставили доказательства, указывающие на то, что экспрессия mceX и mceJI подавляется повышением концентрации железа в Fur-зависимом механизме, и мы установили, что MceX действует как негативный регулятор mceBA . единица, связывающая экспрессию белка MccE492 со схемой регуляции железа. Следовательно, избыточная экспрессия fur или mceX приводила к значительному снижению антибактериальной активности клеток, продуцирующих MccE492, поддерживая тесную связь между обоими регуляторами и биосинтезом и созреванием этого бактериоцина.

Материалы и методы

Бактериальные штаммы и плазмиды

Бактериальные штаммы и плазмиды, использованные в этой работе, описаны в таблицах 1 и 2 соответственно.

Условия роста

Бактериальный рост выполняли путем разбавления в 1000–2000 раз ночной культуры в среде M9 с добавлением цитрата и глюкозы (2 г / л каждого) или в бульоне Лурия (LB, Difco) и инкубации при 37 ° C со встряхиванием (180 об / мин. ). При необходимости использовали антибиотики в следующих концентрациях: ампициллин (Amp) 100 мкг / мл, канамицин (Kan) 50 мкг / мл, тетрациклин (Tc) 50 мкг / мл, хлорамфеникол (Cm) 50 мкг / мл.

Методы рекомбинантной ДНК

Экстракция ДНК

, лигирование, расщепление рестрикционными ферментами и другие стандартные процедуры, не подробно описанные в дальнейшем, были выполнены в соответствии со стандартными протоколами [31] и инструкциями производителя. E . coli штамм DH5α использовали для поддержания и размножения конструкций ДНК.

Анализ активности MccE492 на планшетах

Определение антибактериальной активности в планшетах проводили, смешивая аликвоту 0.3 мл ~ 1 x 107 клеток / мл E . Индикаторный штамм coli с 3 мл мягкого агара M9 (0,7% мас. / Об. Агар) и нанесение на чашки, содержащие среду M9 с добавлением глюкозы и цитрата. Антибактериальная активность MccE492 определялась по образованию ореолов ингибирования роста. Площадь ореола была измерена (в квадратных пикселях) с помощью программного обеспечения ImageJ [32], а затем нормализована до эталонных условий. Газон чувствительный Е . coli BL21 (DE3) обычно использовали в качестве индикаторного штамма.

In silico идентификация регуляторных элементов перед генами созревания

Поиск промоутера выполнялся с использованием приложения BPROM, общедоступного по адресу http://linux1.softberry.com [33].

Экстракция РНК

Экстракцию

РНК проводили, как описано ранее [34], с небольшими модификациями. Вкратце, объем бактериальной культуры, соответствующий OD ₆₀₀ = 4,0, смешивали с 1/5 объема раствора для остановки холода (5% фенол в этаноле), энергично встряхивали, замораживали в жидком азоте и хранили при -80 ° C до обработка. Образцы размораживали на льду и центрифугировали в течение 10 минут при 17000 x g (4 ° C). После удаления супернатанта бактериальный осадок суспендировали в 1 мл TRIzol (Ambion), и смесь переносили в пробирку для разделения фаз PLHG (Phase Lock Heavy Gel, Eppendorf). Затем 400 мкл CH ₃ Cl добавляли в пробирку, энергично перемешивая в течение 10 с, инкубировали при комнатной температуре в течение 5 минут и центрифугировали 1 минуту при 17000 x g для разделения фаз. Водную фазу помещали в свежую пробирку, добавляли 1 объем изопропанола и смесь инкубировали 30 мин при комнатной температуре.После центрифугирования (30 мин, 17000 x g) осадок промывали 350 мкл 75% этанола, а затем растворяли в воде с наночастицами. Концентрацию и чистоту РНК (соотношение A ₂₆₀ / A ₂₈₀) определяли с использованием спектрофотометра Nanodrop (Thermo Scientific).

ОТ-ПЦР

Перед синтезом кДНК образцы общей РНК обрабатывали ДНКазой I (Fermentas) в соответствии с протоколом производителя. После инкубации ДНКазу I удаляли экстракцией 1 объемом P: C: I (фенол / хлороформ / изоамиловый спирт, 25: 24: 1 об. / Об.), А затем осаждали РНК, добавляя 1/10 объемов 3M ацетата натрия. (pH 5.7) и 4 объема 100% этанола и инкубируют 1 ч на льду. После центрифугирования супернатант удаляли, а осадок один раз промывали 75% этанолом и растворяли в воде с наночастицами.

Реакции обратной транскрипции проводили с использованием обратной транскриптазы SuperScript III (Life Technologies), следуя инструкциям производителя. Каждую реакцию готовили с 2 мкг полной РНК, свободной от ДНК, и 2 пмоль соответствующего праймера. Реакции отрицательного контроля проводили с заменой обратной транскриптазы наночистой водой.После синтеза первой цепи образцы инкубировали с 1 ед. РНКазы H (Invitrogen) в течение 20 мин (37 ° C) и хранили при -20 ° C до использования. ПЦР-амплификацию проводили с 2 мкл каждой приготовленной кДНК, 1X буфер для полимеразы Taq , 0,25 мМ dNTP, 0,5 пмоль каждого конкретного праймера и 0,025 ед. Полимеразы Taq . Для амплификации mceX / mceJI использовались праймеры JVO-5475 / JVO5476 ( mceX ), JVO-5475 / JVO-5477 ( mceX — mceJ ) и JVO-5478/5478 миллионов долларов США — миллионов долларов США ).Температурный профиль для циклов амплификации составлял 95 ° C / 10 мин, 35 x (95 ° C / 40 с, 57 ° C / 40 с, 72 ° C / 45 с), 72 ° C / 10 мин. Продукты амплификации выявляли электрофорезом в 2% агарозном геле и окрашиванием бромидом этидия.

Анализ 5 ’RACE

Определение сайта начала транскрипции для транскрипционной единицы mceX / mceJI с помощью анализа 5 ’RACE проводили в соответствии с общей стратегией, описанной Урбаном и Фогелем [35]. Вкратце, тотальную РНК экстрагировали из культур с поздней экспоненциальной стадией E . coli VCS257, несущая плазмиду pJAM229, выращенная в минимальной среде M9 с добавлением глюкозы / цитрата (OD ₆₀₀ = 0,8). Загрязняющую ДНК удаляли обработкой ДНКазой I (как описано в методе ОТ-ПЦР). Затем 12 мкг РНК, свободной от ДНК, смешивали с 10 мкл буфера 10X TAP и водой, свободной от РНКазы, до получения общего объема 98 мкл. Эту смесь разделили на две пробирки, затем к одной добавили 10 единиц TAP (Epicenter Technologies) и к контролю добавили эквивалентный объем воды.Образцы инкубировали при 37 ° C в течение 30 мин. После инкубации добавляли 300 пмоль адаптера РНК A4 (см. Таблицу 3), и смесь РНК дополнительно очищали экстракцией P: C: I и осаждением этанолом. Затем осадок РНК суспендировали в воде, свободной от РНКазы, и лигирование РНК-адаптера выполняли с использованием 40 ЕД РНК-лигазы Т4 (New England Biolabs), следуя инструкциям производителя. После второго раунда экстракции P: C: I и осаждения этанолом полученную РНК использовали для синтеза кДНК, как описано в разделе о методе ОТ-ПЦР, с использованием 100 пмоль случайных гексамеров в качестве праймеров.ПЦР-амплификацию с кДНК, полученной выше, проводили с использованием праймеров JVO-5476 ( mceX ) и JVO-5477 ( mceJ ) в сочетании со специфическим праймером, направленным на адаптер РНК A4 (JVO-0366). ПЦР-ампликоны дополнительно визуализировали с помощью электрофореза в 2% агарозном геле. Для анализа последовательности выбранные полосы ДНК вырезали из геля, очищали с помощью набора Quickspin (Qiagen) и клонировали в pCR4®-TOPO®, следуя рекомендациям производителя. Секвенирование проводили с использованием универсальных праймеров M13F и M13R.

Тесты на титрование меха (FurTA)

Обнаружение связывания Fur in vivo с предполагаемыми коробками Fur проводили с использованием анализа FurTA, описанного ранее [36]. Вкратце E . Штамм coli h2717, несущий хромосомную копию Fur-регулируемого промотора fhuF , слитого с геном lacZ , трансформировали многокопийными плазмидами, несущими тестируемые сегменты ДНК. Полученные штаммы затем помещали в чашки с агаром MacConkey с добавлением 60 мкМ FeSO ₄ и инкубировали в течение ночи при 37 ° C.Окраска колоний от оранжевого до красного указывает на то, что тестируемый сегмент ДНК имеет функциональный меховой бокс, который может изолировать мех, предотвращая его связывание с промотором fhuF и обеспечивая экспрессию гена lacZ , что приводит к окрашиванию колоний. .

Конструкции pFurC, pFurD, pFurE, pFurX, pXH и pHF, содержащие отдельные области тестируемого кластера генов MccE492, были созданы путем амплификации каждой области с помощью ПЦР с использованием ДНК-полимеразы Pfu и клонирования ампликонов в Eco RV-сайте pACYC184. .Для создания pFurC фрагмент размером 346 п.н. амплифицировали с использованием праймеров FurC и PEC. pFurD был сконструирован путем клонирования фрагмента длиной 268 п.н., амплифицированного с использованием праймеров FurD и PED. pFurE был сконструирован путем клонирования фрагмента размером 240 п.н., амплифицированного с использованием праймеров PEE и FurE2. pFurX был сконструирован путем клонирования фрагмента длиной 237 п.н., амплифицированного с использованием праймеров FurX и PEX. pXH был сконструирован путем клонирования в pACYC184 фрагмента ДНК размером 3,5 т.п.н., амплифицированного с помощью ПЦР с использованием праймеров mceXReFW1 и mceHReRV1. Наконец, для создания pHG фрагмент размером 3,7 т.п.н. амплифицировали с помощью ПЦР с использованием праймеров mceHReFW1 и mceFReFW1.

Конструирование репортерных сплавов

lacZ Слияния

LacZ были сконструированы путем амплификации с помощью ПЦР желаемой области генетического кластера MccE492 с использованием праймеров, содержащих сайты рестрикции Fse I или Not I, а затем лигирование их с каркасом pACYC184 и с геном lacZ , амплифицированным из pPelican. плазмиду с использованием праймеров LacZ-Pelic-F и LacZ-Pelic-R. Гены mceBA , mceC и mceJI (включая область размером ~ 500 п.н. перед стартовым кодоном) были амплифицированы с использованием pJAM229 в качестве матричной ДНК и праймеров Mcc-Fus-F и Mcc-Fus-R ( mceBA ), C-Fus-F и C-Fus-R ( mceC ) или JI229-Fus-F и JI229-Fus-R ( mceJI ).Таким образом, мы получили плазмиды p mceBA ’-‘ lacZ , p mceC ’-‘ lacZ и p mceJI ’-‘ lacZ . Альтернативно, праймеры JI434-Fus-F / JI229-Fus-R были использованы для создания плазмиды p mceJI ΔTSS’- ‘ lacZ . p mceX ’-‘ lacZ , был сконструирован с использованием метода инвертированной ПЦР, начиная с p mceJI ’-‘ lacZ . Вкратце, дивергентные праймеры для ПЦР mceX-Fus-R и JVO5481 (фосфорилированные на своем 5 ’конце) и высокоточная полимераза Phusion (New England Biolabs) использовали для ПЦР-амплификации области поддерживаемой плазмиды.Затем матричную плазмиду удаляли расщеплением Dpn I, а продукт ПЦР самолигировали и трансформировали в TOP10 E . coli клеток. p mceJ 17’- ‘ lac Z был получен через службу мутагенеза, предлагаемую Genscript Inc., начиная с p mceJI ’-’lacZ.

Конструкция плазмиды p15A-

fur и pT5- mceX

Для клонирования IPTG-индуцируемой экспрессионной кассеты Fur в плазмиде, совместимой с pMccE492 или pJAM434 (позволяющей продуцировать MccE492 с разной степенью антибактериальной активности), фрагмент ПЦР размером ~ 2,5 т.п.н., содержащий эту кассету, и lacI ^q (lac-репрессор) амплифицировали из pFur с использованием праймеров LACLG_ASKA_F и LACLQ2_ASKA_R и клонировали в EcoRV-сайте pACYC184, разрушая ген устойчивости к тетрациклину.Для создания pT5- mceX была сконструирована и синтезирована кассета экспрессии (Genscript Inc.). Эта кассета содержит консенсусные последовательности, определяющие промотор Т5, сайт связывания рибосомы, кодирующую область mceX и терминатор Т5. После синтеза кассету субклонировали в остов плазмиды p33AM, кодирующий репрессор LacI ^q.

Определение активности β-галактозидазы

Используемый метод был аналогичен методу, первоначально описанному Миллером [37].Для каждого образца около 2 мл бактериальной культуры собирали в предварительно охлажденную пробирку, измеряли оптическую плотность при 600 нм и среду удаляли центрифугированием. Бактериальные осадки хранили при -80 ° C до обработки. Для определения активности осадки клеток оттаивали на льду и ресуспендировали в 1 мл Z-буфера (60 мМ Na ₂ HPO ₄, 40 мМ NaH ₂ PO ₄ · 2H ₂ O, 10 мМ KCl , 1 мМ MgSO ₄ · 7H ₂ O, 50 мМ β-меркаптоэтанола), инкубировали при 30 ° C в течение 5 мин, а затем 200 мкл ONPG (4 мг / мл в Z-буфере без β-меркаптоэтанола) добавлен стартовый счетчик времени реакции.Когда наблюдался сильный желтый цвет (OD ₄₂₀ = 0,1–0,5), реакцию останавливали, добавляя 500 мкл 1 М Na ₂ CO ₃, и записывали время, прошедшее с начальной точки. Образцы центрифугировали при 17000 x g в течение 2 минут и измеряли оптическую плотность супернатанта при 420 нм. Активность β-галактозидазы, выраженная в единицах Миллера, рассчитывалась по следующей формуле:

Подготовка белковых экстрактов, SDS-PAGE и иммуноблот

Для препаратов экстракции общего белка количество клеток, эквивалентное OD ₆₀₀ = 1, собирали в предварительно охлажденную пробирку центрифугированием при 17000 x g в течение 2 минут (4 ° C).Гранулы суспендировали в 100 мкл 1X загрузочного буфера (63 мМ Трис-HCl, 10% глицерина, 2% SDS, 0,0025% бромфенолового синего, 5% -меркаптоэтанола, pH 6,8). Перед электрофорезным анализом образцы нагревали до 95 ° C в течение 5 мин. 10 мкл экстрактов анализировали с помощью SDS-PAGE в 15% полиакриламидном геле. Визуализацию белковых полос проводили с помощью обычных процедур окрашивания кумасси синим G25. В качестве альтернативы белки переносили из геля на нитроцеллюлозную мембрану с использованием блока переноса для блоттинга, заполненного буфером для переноса (25 мМ трис-HCl, 190 мМ глицин, 20% метанол), применяя постоянный ток 400 мА в течение 90 мин.Обнаружение иммуноблоттинга выполняли, как сообщалось ранее [17], с использованием антитела против His (Santa Cruz Biotechnology) или антитела против GroEL (Sigma), если требуется, и вторичного антитела, связанного с пероксидазой (Pierce).

Статистический анализ

Статистический анализ для оценки значимости различий, наблюдаемых из наборов данных, показанных на фиг. 3 и 4, был выполнен с использованием двустороннего дисперсионного анализа с использованием теста множественного сравнения Сидака для оценки соответствующих пар условий.Для рисунков 5 и 6 использовался односторонний дисперсионный анализ с тестом множественного сравнения Бонферрони. Все расчеты проводились с помощью программы Graphpad Prism 6.

Результаты

Мотивы, связывающие мех, присутствуют в промоторной области генов созревания микроцина E492

Чтобы оценить возможную Fur-зависимую регуляцию кластера генов MccE492, мы выполнили поиск in-silico предполагаемых мотивов связывания Fur. Используя консенсусную последовательность GATAATGATAATCATTATC, ранее описанную для E . coli [24,38], мы идентифицировали предполагаемые Fur-боксы перед генами mceC , mceD , mceE и mceX (рис. 1A и 1B, красные прямоугольники; рис. 1C). В предыдущей работе мы определили, что гены mceC , mceD и mceE транскрибируются как моноцистронные мРНК, и были определены их сайты начала транскрипции (TSS) [15]. Было обнаружено, что предполагаемые последовательности связывания Fur для этих генов перекрывают промоторный элемент -10 в случае mceE и между -10 и стартовым кодоном для обоих, mceC и mceD .Эти три местоположения совместимы с Fur-боксами, присутствующими в вышестоящих регионах уже охарактеризованных Fur-регулируемых генов [38–39]. С другой стороны, поскольку mceX TSS ранее не был идентифицирован, он был определен в этой работе (рис. 2), что указывает на то, что предполагаемый бокс Fur расположен между -10 и стартовым кодоном этого гена (рис. 1B).

Рис. 1. Функциональные коробки меха расположены выше генов созревания микроцина E492 mceJI .

(A) Анализ последовательности выявил присутствие предполагаемых Fur-боксов в кластере генов MccE492 (красные прямоугольники).Сплошные серые сегменты представляют области кластера, которые были клонированы в соответствующей плазмиде, перечисленной слева, и которые использовались в анализах FurTA, показанных на (D). (B) Нуклеотидная последовательность 5 ’вышележащих областей генов mceC , mceD , mceE и mceX . Экспериментально определенный сайт начала транскрипции для каждого гена обозначен как «+1», а промоторные элементы -35 и -10 показаны зеленым. Выявленные предполагаемые коробки с мехом заштрихованы красным.(C) Соответствие нуклеотидной последовательности Fur-боксов, идентифицированных в промоторных областях генов mce C, mceD , mceE и mceX , а также консенсусной последовательности, ранее определенной для E . кишечная палочка . Каждому нуклеотидному основанию был присвоен свой цвет. Процент идентичности каждой коробки Fur с консенсусной последовательностью показан в скобках. Наиболее консервативные положения нуклеотидов E . coli консенсус отмечены звездочками.(D) Результаты анализа FurTA для E . coli Репортерный штамм h2717, трансформированный одной из плазмид, перечисленных в (A), или контрольными плазмидами pHC79 и pACYC184. Красная окраска после выращивания на чашках с агаром MacConkey с добавлением железа указывает на связывание с мехом in vivo .

https://doi.org/10.1371/journal.pone.0200835.g001

Рис. 2. Гены mceX , mceJ и mceI транскрибируются как одна мРНК с промотора, расположенного выше mceX . Коробка меховая.

(A) ОТ-ПЦР обнаружение полицистронной мРНК, содержащей mceX , mceJ и mceI . КДНК получали из общей РНК E . coli клеток, трансформированных pJAM229. Ампликоны, происходящие от каждой пары праймеров, представлены на схеме синими пунктирными линиями и отмечены белыми стрелками в соответствующем срезе геля. Тотальную РНК, не подвергнутую обратной транскрипции, использовали в качестве отрицательного контроля (-), а плазмиду pJAM229 использовали в качестве положительного контроля (+).(B) Анализ 5 ’RACE для определения сайта начала транскрипции единицы mceX / mceJI . Использовали два праймера (синие стрелки), один гибридизировался с mceX , а другой — с mceJ . Полоса 147–190 п.н. была обогащена после обработки TAP при использовании праймера mceX (оранжевая стрелка). Полосы, не обогащенные после обработки TAP, также наблюдались с использованием праймеров mceX или mceJ (белые стрелки). Тотальную РНК, не подвергшуюся обратной транскрипции, использовали в качестве отрицательного контроля (-).(C) Две репортерные конструкции были получены путем слияния lacZ с последним кодоном гена mceI . Конструкция mceJI ’-‘ lacZ имеет гавани mceJ , mceX и расположенный выше по течению регион (включая TSS). Конструкция mceJIΔTSS ’-« lacZ »идентична конструкции mceJI’ — «lacZ », за исключением отсутствия области (заштрихованной красным), содержащей промотор mceX и часть его кодирующей области. (D) активность β-галактозидазы измеряли в E . coli клеток трансформировали каждым из репортерных слияний и выращивали до различной оптической плотности. Планки погрешностей соответствуют стандартному отклонению 3 независимых экспериментов.

https://doi.org/10.1371/journal.pone.0200835.g002

Чтобы получить информацию о функциональности предполагаемых ящиков меха, идентифицированных внутри генетического кластера MccE492, мы оценили их способность связывать мех in vivo с использованием Метод титрования меха (FurTA) описан ранее [36].Для этого сегмент ДНК, содержащий один или несколько тестируемых Fur-боксов, клонировали в многокопийную плазмиду, а затем трансформировали в репортерный штамм h2717, несущий хромосомно-кодируемое слияние промотора fhu F (регулируется Fur ) и ген lac Z. Когда этот репортерный штамм трансформируют плазмидой, несущей функциональный бокс Fur, Fur титруют с промотора fhu F. Следовательно, экспрессируется lacZ , и колонии визуализируются как красные при выращивании на чашках с агаром MacConkey с добавлением железа.Если в анализируемом сегменте ДНК отсутствует функциональный связывающий элемент Fur, экспрессия lacZ остается подавленной, и трансформированный репортерный штамм не окрашивается в красный цвет. Сплошные серые линии на рис. 1А представляют сегменты ДНК из кластера MccE49, которые были клонированы и трансформированы в репортерный штамм h2717, некоторые из них несут предполагаемые блоки Fur (красные квадраты). После выращивания на чашках с агаром MacConkey с добавлением железа оценивали красную окраску штаммов, несущих каждый сегмент (рис. 1D).Только сегменты, несущие коробки Fur, расположенные в межгенной области mce E / mce X, показали, что связывают Fur in vivo . Не наблюдалось красной окраски ни с пустыми плазмидными векторами (pACYC184 и pHC79), ни с плазмидами, несущими сегменты ДНК из других областей кластера MccE492, включая те, которые содержат предполагаемые блоки Fur, расположенные выше генов mce C и mce D. . Таким образом, регулятор Fur связывает in vivo с областью выше mce X, что предполагает роль этого регулятора в контроле экспрессии mceX и, возможно, mceJI .Соответственно, выравнивание Fur-боксов, идентифицированных в генетическом кластере MccE492, показало, что mceX и mceE Fur-боксы показали наивысшую идентичность с консенсусом E . coli последовательность (рис. 1C). Более того, mceX Fur box показал 100% консервативность в положениях нуклеотидов, которые, как предполагается, являются наиболее важными для связывания регулятора Fur в Fur-репрессированных генах [25].

Организация транскрипционных единиц, содержащих гены созревания микроцина E492

В предыдущей работе с использованием плазмиды pJAM434 был сделан вывод, что гены созревания mceJI транскрибируются вместе с генами экспорта mceGH [15,40].Однако в последнее время было отмечено, что pJAM434 содержит мутантную версию кластера генов MccE492 с инвертированным фрагментом Xho I размером 6,8 т.п.н. по сравнению с ориентацией дикого типа (рассмотрено в [3] и подтверждено после K pneumoniae секвенирование генома RYC492 [41]). Эта инверсия отделяет гены mceJI от их естественной 5 ’вышележащей области, которая содержит по крайней мере две особенности: mceX и коробку Fur, расположенную перед mceX , идентифицированную в этом исследовании.Следовательно, было необходимо пересмотреть структуру транскрипционной единицы mceJI и ее промоторной области. Вероятно, если бы гены созревания mceJI были транскрибированы вместе с mceX , идентифицированный функциональный Fur box будет контролировать экспрессию всех из них. При поиске in silico не было обнаружено предполагаемых промоторных элементов в области между mceX и mceJ , в то время как предполагаемые элементы -10 / -35 были обнаружены в области 47-86 п.н. выше стартового кодона mceX . .Чтобы продемонстрировать важность этой области в управлении транскрипцией mceX и ее возможном связывании с mceJI , мы сначала провели поиск такой полицистронной мРНК с помощью анализа RT-PCR (рис. 2A). Для этой цели суммарную РНК экстрагировали из E . Хозяин coli , трансформированный плазмидой pJAM229, содержащей кластер генов продуцирования микроцина (в ориентации дикого типа ), которую использовали для синтеза кДНК путем обратной транскрипции.Затем с использованием различных наборов олигонуклеотидных праймеров, направленных на mceX , mceJ и mceI , мы смогли амплифицировать сегменты кДНК, несущие части как mceX / mceJ , так и mceI / mcoding областей. . Результаты, показанные на фиг. 2A, показывают, что mceX транскрибируется, и транскрипт распространяется вниз по течению, включая кодирующие области mceJ и mceI .

Затем мы определили сайт начала транскрипции мРНК mceX — mceJI , используя стратегию 5’RACE [35].В этом методе первичные транскрипты могут быть обогащены процессированными или деградированными мРНК с использованием пирофосфатазы табачной кислоты (TAP), которая гидролизует трифосфатный фрагмент, присутствующий только в первичных транскриптах, с образованием 5′-фосфатного конца, который позволяет лигировать Адаптер РНК известной последовательности к этой мРНК. После лигирования адаптера РНК ретранскрибируется с использованием случайных гексамеров, и полученные кДНК используются в качестве матрицы для амплификации ПЦР с адаптером-направленным праймером и вторым праймером, специфичным для транскрипта, TSS которого определяется.ПЦР-ампликоны разделяются электрофорезом в агарозном геле, и первичный транскрипт может быть идентифицирован как полоса, которая обогащается после обработки ТАР. Эта положительная полоса очищается и секвенируется, определяя первое основание рядом с адаптером (соответствующее TSS). Эксперимент проводился с РНК, выделенной из E . coli трансформировали pJAM229 с использованием двух праймеров: один гибридизирует 86 п.н. перед предполагаемым стартовым кодоном mceX , а другой 253 п.н. ниже стартового кодона mceJ (рис. 2В, вверху).После ПЦР-амплификации и гель-электрофореза наблюдалась пара полос для праймеров mceX и mceJ (рис. 2B, внизу). Среди них ампликон длиной 147–190 пар оснований, происходящий из праймера mceX (оранжевая стрелка), был обогащен после обработки TAP и считался положительным для анализа 5’RACE. Анализ последовательности этой полосы показал, что TSS соответствует «A», 42 п.н. выше стартового кодона mceX и 288 п.н. выше стартового кодона mceJ (фиг. 1B).Исходя из этого, выведенные сайты -10 и -35 напоминают консенсус α ⁷⁰ для этих элементов и находятся рядом с положением, предсказанным биоинформатически. С праймером mceJ мы наблюдали слабую полосу размером 500-700 п.о., которая соответствует ожидаемому расстоянию до mceX TSS, описанного выше (563 п.о.). Неожиданно оказалось, что эта полоса отрицательна для обогащения ТАП. Этот результат можно объяснить как следствие большого размера ампликона, что нежелательно для оценки TSS с помощью этого метода [34].Второй ампликон, также очень слабый, был получен с праймером mceJ и может считаться положительным по обогащению TAP. Это указывает на возможность второго TSS, расположенного в кодирующей области mceJ . Однако ни предполагаемые последовательности связывания рибосом, ни сайты начала трансляции не могут быть идентифицированы ниже этого предполагаемого TSS.

Для оценки функциональности предполагаемого вторичного TSS и проверки TSS mceX , идентифицированного как первичный стартовый сайт, мы построили два репортерных слияния: mceJI ‘-‘ lacZ и mceJIΔTSS ‘-‘ lacZ (рис. 2C). .Первый содержит сегмент ДНК, содержащий 490 п.н. перед стартовым кодоном mceJ (включая первичный TSS, Fur box и mceX ), ген mceJ и lacZ , слитый с последним кодоном mceI . Последний имеет те же элементы, за исключением делеции, которая начинается на 189 п.н. выше стартового кодона mceJ , устраняя почти половину кодирующей области mceX , блок Fur и первичный TSS. Обе конструкции трансформировали в E . coli и активность LacZ измеряли по росту бактерий в качестве меры экспрессии mceX / mceJI (рис. 2D). Здесь уровни экспрессии этих генов снизились почти до предела обнаружения на всех фазах роста, когда область, включающая первичный TSS, была удалена. Эти данные подтверждают, что TSS mceX является первичным сайтом начала транскрипции для единицы mceX — mceJI , и что предполагаемый вторичный TSS малоактивен в наших экспериментальных условиях.

Взятые вместе, эти результаты демонстрируют, что mceX и гены созревания mceJI транскрибируются совместно с общим TSS, расположенным выше функционального Fur-бокса.

Экспрессия

mceX и mceJI , но не mceC , регулируется доступностью железа через мехзависимый механизм

Чтобы исследовать роль доступности железа и меха в регуляции экспрессии mceX и mceJI , мы построили репортерные слияния mceX ’-‘ lacZ и mceJ17 ’-‘ lacZ .Первый включает промоторную область mceX (включая первичный TSS и Fur-бокс) и lacZ , слитый с последним кодоном кодирующей области mceX (рис. 3A), тогда как последний включает промотор и кодирующую область mceX и lacZ слились с семнадцатым кодоном mceJ (рис. 3B). Ячейки Е . coli MC4100 или его производный штамм Δ fur h2941, были трансформированы слияниями mceX ‘-‘ lacZ или mceJ17 ‘-‘ lacZ (клонировано в p mceX lacZ ‘- и p mceJ17 ‘-‘ lacZ соответственно).Активность LacZ измеряли во время роста бактерий при депривации железа (100 мкМ 2,2’-бипиридил, BIP) или при высокой доступности железа (10 мкМ FeSO ₄) (фиг. 3). Оба слияния показали сходный паттерн экспрессии в штамме дикого типа с более высокой активностью LacZ в присутствии хелатора железа BIP. В присутствии железа такая активность снижалась до ~ 70% в ранней экспоненциальной фазе роста и до ~ 55-60% в поздней экспоненциальной и стационарной фазах. Напротив, репрессивный эффект железа на экспрессию обоих репортерных слияний не наблюдался в Fur-дефектном штамме (рис. 3), что дает дополнительные доказательства роли этого регулятора в железо-опосредованном контроле mceX — mceJI. Экспрессия гена .Кроме того, сверхэкспрессия Fur приводила к значительному снижению репортерной активности как в штаммах wt, так и в Δ fur (не показано).

Рис. 3. Экспрессия генов созревания mceX и микроцина E492 mceJI регулируется наличием меха и железа.

wt и Δ мех E . клеток coli , трансформированных репортерами p mceX ‘-‘ lacZ (A) или p mceJ17 ‘-‘ lacZ (B), выращивали в среде M9 с добавлением 100 мкМ 2,2′- Бипиридил (низкая доступность железа) или 10 мкМ FeSO ₄ (высокая доступность железа).Активность β-галактозидазы (выраженная в единицах Миллера) измеряли на разных фазах роста (ранняя экспоненциальная, OD ₆₀₀ = 0,4–0,6; поздняя экспоненциальная, OD ₆₀₀ = 0,9-1,1; стационарная, OD ₆₀₀ = 1,9. –2,1). На схемах конструкции оранжевый кружок представляет экспериментально определенный сайт начала транскрипции, а красный квадрат представляет собой функциональный блок Fur. Планки погрешностей представляют собой стандартное отклонение между 6 независимыми экспериментами. *** P <0.001, **** P <0,0001, нс: не имеет значения.

https://doi.org/10.1371/journal.pone.0200835.g003

Предыдущие сообщения продемонстрировали, что экспрессия iroB , гомолога mceC , регулируется Fur [29,42]. Хотя предполагаемый меховой ящик с 58% идентичностью с E . Было обнаружено, что консенсус coli перекрывает элемент -10 промоторной области mceC , анализы Fur-TA показали, что этот элемент не может связывать Fur in vivo (рис. 1D).Однако эти анализы не являются количественными, и нельзя исключать возможность низкоаффинного связывания Fur с Fur box mceC . Чтобы подтвердить, что Fur не регулирует экспрессию гена mceC , мы трансформировали штаммы wt и Δ fur конструкцией, содержащей lacZ , слитый с последним кодоном гена mceC ( mceC ‘-‘ lacZ ), измеряя активность β-галактозидазы в процессе роста (S1 фиг.). Экспрессия mceC оставалась неизменной на разных стадиях роста как у штаммов wt , так и у Δ fur , и активность, измеренная в соответствующих хозяевах, не показала значимых различий.Таким образом, мы заключаем, что Fur не регулирует экспрессию mceC , вероятно, потому, что он неспособен связываться с предполагаемым mceC Fur box in vivo .

MceX является регулятором, который действует, подавляя экспрессию структурного гена MccE492 и его белка иммунитета

Результаты, представленные выше, показывают, что ранее не охарактеризованный ген mceX транслируется, и что его экспрессия модулируется доступностью железа в Fur-зависимом механизме.Однако его роль в производстве MccE492 неизвестна. Согласно прогнозу in-silico , MceX будет иметь лейциновую молнию и один трансмембранный домен, который также присутствует в его гомологе MchX (68% сходства) из системы microcin h57 (Mcch57) [43]. Функция MchX также неизвестна, и его генетическая организация в системе Mcch57 отличается от MccE492: в то время как в Mcch57 ген mchX кодируется в опероне, содержащем структурные гены и гены иммунитета mchBI , в MccE492 находится в оперон, кодирующий гены созревания mceJI .Было продемонстрировано, что экспрессия mchX находится под Fur репрессией [6] и может действовать как регулятор экспрессии структурного гена Mcch57 [43]. Учитывая сходство между MceX и MchX, мы оценили, действует ли MceX, регулируя экспрессию структурного гена MccE492 mceA . Ранее мы показали, что mceA и mceB образуют единую транскрипционную единицу ( mceBA ), где перекрываются 14 нуклеотидов обеих кодирующих областей, и какой промотор расположен выше mceB [40].Чтобы исследовать влияние железа и MceX на экспрессию этой транскрипционной единицы, мы сконструировали репортерный гибрид mceBA ‘-‘ lacZ , состоящий из промоторной области mceBA и LacZ, слитого с последней аминокислотой. остаток белка MceA. Таким образом, экспрессия этого слияния зависит главным образом от единичного промотора и сайта связывания рибосомы (RBS) mceA . Сначала мы оценили, оказывает ли доступность железа прямое влияние на экспрессию mceBA , измеряя активность LacZ дикого типа или Δ fur E .Клетки coli , несущие слияние mceBA ’-‘ lacZ , при депривации железа или при высокой доступности железа (рис. 4A). В соответствии с отсутствием функционального Fur-бокса в его промоторной области (рис. 1), экспрессия mceBA оказалась независимой от доступности железа и присутствия регулятора Fur.

Рис. 4. MceX отрицательно регулирует экспрессию структурного гена микроцина E492.

(A) wt и Δ fur E . клеток coli , трансформированных репортером p mceBA ‘-‘ lacZ , выращивали в среде M9 с добавлением 100 мкМ 2,2′-бипиридила (низкая доступность железа) или 10 мкМ FeSO ₄ (высокая доступность железа) . Активность β-галактозидазы (выраженная в единицах Миллера) измеряли на разных фазах роста (ранняя экспоненциальная, OD ₆₀₀ = 0,4–0,6; поздняя экспоненциальная, OD ₆₀₀ = 0,9–1,1; стационарная, OD ₆₀₀ = 1,9–1,9–2). 2.1). На схеме конструкции оранжевый кружок представляет ранее определенный сайт начала транскрипции.(B) Дикий тип E . Клетки coli трансформировали pT5- mceX (что обеспечивает индуцируемую IPTG экспрессию MceX) или плазмидой остова pUC57 в качестве отрицательного контроля. Активность выражали как процент активности β-галактозидазы после индукции по отношению к отрицательному контролю. Планки погрешностей представляют собой стандартное отклонение между 6 независимыми экспериментами. *** P <0,001, **** P <0,0001, нс: не значимо.

https: // doi.org / 10.1371 / journal.pone.0200835.g004

Затем мы оценили прямое влияние MceX на выражение слияния. Для этого мы трансформировали E дикого типа. клеток coli , несущих p mceBA ’-‘ lacZ с pT5- mceX , совместимой плазмидой, которая обеспечивает индуцируемую IPTG экспрессию mceX . Активность LacZ измеряли через 2, 4 и 8 ч после индукции и сравнивали с таковой, зарегистрированной для E . клеток coli , несущих p mceBA ’-‘ lacZ плюс контрольную плазмиду (фиг. 4B).Сверхэкспрессия MceX приводила к значительному снижению уровней LacZ во все время оценки, указывая на то, что этот белок эффективно действует как негативный регулятор экспрессии mceBA .

Fur и MceX модулируют антибактериальную активность

E . coli клеток, несущих производственные системы MccE492
Результаты, описанные выше, продемонстрировали, что экспрессия генов mceX и mceJI подавляется увеличением концентрации железа по Fur-зависимому механизму.Токсическая активность MccE492 требует посттрансляционного присоединения сальмохелиноподобной части в реакции, катализируемой продуктами гена MceJI. Следовательно, сверхэкспрессия Fur должна приводить к снижению антибактериальной активности E . coli клеток, продуцирующих MccE492. Чтобы проверить эту гипотезу, мы сконструировали плазмиду p15A- fur , производную pACYC184, несущую 6XHis-меченный ген fur под контролем промотора Т5. Эта плазмида обеспечивает индуцируемую IPTG экспрессию Fur и совместима с pMccE492.Дикий тип E . Клетки coli , несущие pMccE492, трансформировали либо p15A- fur , либо pACYC184 (контроль). После трансформации мы подтвердили сверхэкспрессию Fur в клетках, несущих плазмиду p15A- fur , выращивая их в жидкой среде до экспоненциальной фазы и индуцируя экспрессию с помощью IPTG. Экстракты общего белка были приготовлены через 3 и 24 часа индукции и проанализированы с помощью SDS-PAGE (фиг. 5A). Полоса белка ~ 17 кДа, совместимая с ранее определенной молекулярной массой Fur (16.8 кДа) [44–45], был обогащен образцами, обработанными IPTG. Иммуноблот-анализ с использованием антитела против 6XHis-tag подтвердил, что обогащенная полоса соответствует белку Fur, экспрессируемому из p15A- fur . Хотя в гораздо меньшей степени, этот белок также был обнаружен в неиндуцированных образцах, что указывает на некоторую неплотную экспрессию промотора Т5 (более очевидную через 24 часа после индукции).
Рис. 5. Сверхэкспрессия меха снижает антибактериальную активность E . coli клеток, несущих кластер генов для продукции микроцина E492.
E . coli клеток, несущих pMccE492 (позволяющих продуцировать активный MccE492), трансформировали p15A- fur (управляя сверхэкспрессией Fur, несущего His-tag) или pACYC184 (контроль). (A) Два репрезентативных клона клеток, содержащих p15A- fur , выращивали в среде М9 отдельно или с добавлением IPTG (1 мМ), и экстракты общего белка получали через 3 и 24 часа роста. SDS-PAGE анализ экстрактов с последующим окрашиванием кумасси синим выявил полосу белка ~ 17 кДа, в значительной степени обогащенную клетками, выращенными в присутствии IPTG (черная стрелка).Иммуноблоттинг с использованием антитела против His подтвердил индукцию экспрессии Fur в присутствии IPTG, хотя базальная экспрессия была обнаружена через 24 часа роста в отсутствие индуктора. (B) Антибактериальная активность E . клеток coli , продуцирующих MccE492, трансформированных p15A- fur или контрольной плазмидой (pACYC184). Антибактериальную активность измеряли как функцию площади ореола ингибирования роста над слоем чувствительного штамма в среде M9 с добавлением IPTG, а затем нормализовали до значения, полученного в контрольных условиях (остов плазмиды).Планки погрешностей показывают стандартное отклонение от 40 измерений, выполненных для каждого условия. *** P <0,001.
https://doi.org/10.1371/journal.pone.0200835.g005
Чтобы проверить влияние сверхэкспрессии Fur на активность MccE492, несколько колоний каждого штамма (несущие pMccE492 плюс p15A- fur или контрольную плазмиду) были вонзили в газон с верхним агаром MccE492-чувствительный E . coli клеток в присутствии IPTG. После инкубации в течение ночи при 37 ° C антибактериальную активность измеряли как функцию площади ореолов ингибирования роста, создаваемых каждой колонией (фиг. 5B).Антибактериальная активность была значительно снижена в клетках, сверхэкспрессирующих Fur, по сравнению с клетками, несущими контрольную плазмиду. Эти результаты показывают, что Fur ингибирует продукцию зрелого MccE492, и это можно объяснить, по крайней мере частично, подавлением экспрессии mceJI .
Вторая регуляторная цепь, связывающая производство MccE492 и доступность железа, будет результатом действия MceX на экспрессию единицы mceBA . Таким образом, мы проверили влияние сверхэкспрессии MceX на продукцию активного MccE492.С этой целью мы преобразовали E . coli , несущие системы продуцирования MccE492 pMccE492 или pJAM434, с совместимой плазмидой pT5- mceX . pMccE492 содержит все гены, необходимые для продукции активного MccE492, присутствующего в K . pneumoniae хромосома RYC492, продуцирующая высокую активность этого микроцина. С другой стороны, pJAM434 также позволяет продуцировать активный MccE492, но из-за инверсии сегмента ДНК, содержащего mceX и гены созревания, производит усеченную версию MceX и низкую экспрессию других генов, что приводит к плохой продуцирующий штамм [17].Клетки, трансформированные каждой парой плазмид (pT5- mceX плюс pMccE492 или pJAM434), наносили на чашки с агаром с добавлением IPTG, содержащие лужайку MccE492-чувствительного штамма. Антибактериальную активность измеряли как функцию площади ореолов ингибирования роста, генерируемых каждой колонией, которая была нормализована по активности, зарегистрированной для контрольной плазмиды в каждом случае (фиг. 6). Сверхэкспрессия MceX в клетках, несущих pMccE492, вызвала небольшое снижение антибактериальной активности (незначительное), предполагая, что белка MceX, продуцируемого из pMccE492 дикого типа, достаточно для репрессивного эффекта и, таким образом, маскирует эффект белка, экспрессированного из индуцибельного плазмида pT5- mceX .Напротив, когда MceX сверхэкспрессируется в клетках, несущих систему pJAM434 (несущих разрушенную копию mceX ), мы наблюдали значительное снижение антибактериальной активности по сравнению с клетками, трансформированными контрольной плазмидой. Эти результаты согласуются с ролью MceX в подавлении экспрессии структурного гена MccE492.
Рис. 6. Сверхэкспрессия MceX снижает антибактериальную активность E . coli клеток, несущих кластер генов для продукции микроцина E492.
E . Клетки coli , несущие pMccE492 (вес, желтый) или pJAM434 (плохо продуцирующий, зеленый), трансформировали pT5- mceX (управляя сверхэкспрессией MceX) или pUC57 (контроль). Антибактериальную активность измеряли как функцию площади ореола подавления роста над слоем чувствительного штамма в среде M9 с добавлением IPTG и нормализовали к значению, полученному в контрольных условиях для каждого случая. Планки погрешностей показывают стандартное отклонение от 40 измерений, выполненных для каждого условия.** P <0,01, нс: не значимо.
https://doi.org/10.1371/journal.pone.0200835.g006
Обсуждение
Доказательства, представленные в этом исследовании, указывают на то, что метаболизм железа и созревание MccE492 являются процессами, координируемыми координированно. Экспрессия двух основных компонентов посттрансляционной модификации MccE492, MceJ и MceI, и, таким образом, количество продуцируемого активного MccE492 модулируется в ответ на доступность железа за счет действия регулятора поглощения трехвалентного железа Fur.Более того, наши результаты показывают, что поступление железа также оказывает косвенный контроль экспрессии структурного гена MccE492 через действие негативного регулятора MceX.
Несмотря на это, схема была изучена в E . Хозяин coli и продуцирующий кластер MccE492 были первоначально выделены из штамма Klebsiella pneumoniae , различные свидетельства подтверждают, что выводы, полученные здесь, также будут действительными для Klebsiella .Во-первых, несколько примеров Fur-регулируемых генов, включая некоторые, связанные со сборкой фимбрий 3-го типа и биосинтезом капсулярных полисахаридов, были описаны в различных изолятах Klebsiella pneumoniae [46-50]. Кроме того, поиск гена fur в K . Геном pneumoniae RYC492 [41] показал, что присутствует полноразмерная кодирующая область fur . Эта ORF кодирует белок Fur из 150 аминокислот с 96% идентичностью E . coli Fur (148 аминокислот). Высокий уровень идентичности совместим с привязкой E . coli и K . pneumoniae Мех к тем же элементам ДНК.
Поиск ящиков меха вдоль генетического кластера MccE492 выявил присутствие нескольких предполагаемых элементов ДНК с более чем 50% идентичностью с E . coli Fur box консенсус, расположенный в промоторной области генов mceC , mceD , mceE и mceX / mceJI .Однако анализы FurTA показали, что только коробки Fur из межгенной области между mceE и mceX связывают Fur in vivo . Это коррелирует с тем фактом, что коробки mceE и mceX показали самую высокую идентичность с E . coli консенсус (68% и 74% соответственно), в то время как те из генов mceC и mceD показали 58% и 63% идентичности, соответственно. Кроме того, mceX Fur box содержит все восемь наиболее консервативных оснований, определенных для этого сайта связывания, которые, как предполагается, являются основными детерминантами связывания регулятора Fur в E . coli [25, 51].
Исследования RT-PCR продемонстрировали, что транскрипция генов mceJI связана с mceX и, таким образом, регулируется Fur через mceX Fur box. Это первое исследование, подтверждающее экспрессию этой ORF, которая имеет гомологи в других кодируемых хромосомами системах микроцинов [6,43]. Используя слияния LacZ , мы подтвердили, что эта ORF транслируется и что ее сверхэкспрессия привела к значительному снижению экспрессии генов mceBA .Чтобы дополнительно подтвердить, что снижение активности LacZ, наблюдаемое после сверхпродукции MceX, не связано с титрованием механизмов транскрипции / трансляции при сверхэкспрессии любого гена, мы попробовали влияние сверхэкспрессии MceX на его собственный синтез, и мы не обнаружили никаких результатов. эффект (S2 Рис). Более того, мы показали, что сверхэкспрессия MceX снижает антимикробную активность MccE492-продуцирующего E . coli клеток. Роль MceX согласуется с функцией MchX (гомолог MceX в системе микроцина h57), который, как предполагалось, регулирует структурный ген Mcch57.Здесь mchX имеет функциональный Fur-бокс в своей промоторной области, который обеспечивает Fur-зависимую репрессию этого гена при высоких концентрациях железа [6]. Это было предложено как объяснение того, почему активное производство Mcch57 является низким, когда железа много. Однако в этой системе mchX , по-видимому, совместно транскрибируется с непосредственно расположенными ниже генами mchI и mchB , кодирующими иммунитет к микроцину h57 и белок бактериоцин, соответственно [43]. Гены посттрансляционной модификации mchC и mchD (82% и 95% сходства с mceJ и mceI соответственно) лежат на 270 п.н. ниже mchB .Нарушение гена mchX вставками транспозонов вызвало снижение активности Mcch57. Хотя механизм, лежащий в основе такого эффекта, напрямую не изучался, на основе анализа нескольких мутантов было предложено, что i) mchX транскрибируется по крайней мере с одним геном, который участвует в продукции Mcch57, поэтому вставка транспозона в mchX нарушает поток транскрипции через нижестоящие гены и / или ii) MchX выполняет регуляторную роль, действуя как активатор некоторых генов продуцирования Mcch57 и индуцируя собственную экспрессию [43].Следовательно, зависимая от железа Fur-опосредованная репрессия транскрипции mchX должна вызывать снижение активности Mcch57 путем подавления по крайней мере гена mchB . Поскольку экспрессия катехоловых рецепторов сильно индуцируется при низком уровне железа, Патцер и соавторы [6] предположили, что индукция продукции Mcch57 в условиях низкого содержания железа может быть механизмом отбора против бактерий, конкурирующих за один и тот же сидерофор. Однако для того, чтобы этот механизм был эффективным, продукция активного Mcch57 при низких концентрациях железа должна требовать также активации генов созревания, как было продемонстрировано в системе MccE492.Соответственно, регуляторный эффект уровней железа и Fur на экспрессию генов созревания Mcch57 нельзя игнорировать, поскольку возможно, что полицистронный транскрипт, содержащий mchXIB , выходит за рамки включения генов mchC и mchD , помещая их под контроль мчХ Ящик меховой.
Что касается гена созревания mceC , хотя предполагаемый бокс Fur был идентифицирован в его промоторной области, анализ FurTA отклонил in vivo связывание этого регулятора.Соответственно, профиль конститутивной экспрессии наблюдали с использованием слияния mceC ’-‘ lacZ , и никаких различий не наблюдалось при сравнении уровней экспрессии на фоне wt и Δ fur . Напротив, уровни железа (за счет действия Fur) регулируют экспрессию mceC , гомолога iroB из Salmonella enterica [29]. Это указывает на различную эволюционную историю генов гликозилтрансфераз из iroBCDEN и генов, содержащихся в кластерах продукции хромосомных микроцинов, где эта функция не регулируется с помощью Fur, как продемонстрировано для MccE492 (это исследование) и Mcch57 [6].Конститутивная экспрессия mceC указывает на то, что продукция сальмохелиноподобных молекул, начиная с энтерохелина, доступна на всех стадиях роста. Это, вероятно, означает конкурентное преимущество для клеток, несущих систему продукции MccE492, поскольку сальмохелин ускользает от связывающего железо белка липокалина, присутствующего в сыворотке крови млекопитающих, который связывает и нейтрализует энтерохелин [20]. В этой строке предыдущие свидетельства указывают на то, что сальмохелин и / или MccE492, вероятно, играют роль в K . pneumoniae патогенез. Во-первых, детерминанты продукции этих молекул были тесно связаны с гипервирулентными штаммами [9–10]. Во-вторых, продуцирующий кластер MccE492 формирует часть нестабильного и, возможно, мобилизуемого геномного острова (несущего предполагаемое происхождение конъюгированного переноса), который в высокой степени ассоциировался со штаммами, выделенными из абсцессов печени [11]. В соответствии с этим в недавней работе мы показали, что K . pneumoniae RYC492 (несущий кластер продукции Mcc492 в своей хромосоме) является высоко вирулентным для личинок рыбок данио и моделей инфекции Dictyostelium discoideum [52].Кроме того, было показано, что гипервирулентные изоляты K1 несут более высокую частоту генов, связанных с производством сальмохелина, среди этнически разнородной популяции, оцениваемой в рамках клинического исследования «Антибиотики для Klebsiella синдром абсцесса печени» (A-KLASS) в Сингапуре [53] . Более того, продукция сидерофоров сальмохелина и иерсиниабактина и его взаимодействие с липокалином 2 определили репликативную нишу Klebsiella pneumoniae на модели пневмонии мышей [54].Однако другие данные, изучающие репертуар сидерофоров этого вида, показали, что аэробактин, но не иерсиниабактин, сальмохелин или энтеробактин, является определяющим для роста и выживания гипервирулентного K . pneumoniae ex vivo и in vivo [55]. Таким образом, необходимо провести дополнительные исследования, чтобы понять вклад продукции MccE492 и сальмохелина в патогенез этого вида.
С другой стороны, тесты FurTA показали, что существует функциональный Fur-бокс в промоторной области mceE .Значение предполагаемой Fur-опосредованной регуляции гена mceE неясно, поскольку функция белка MceE остается не охарактеризованной. Однако некоторые подсказки возникают из анализа его аминокислотной последовательности. С-концевая часть MceE в некоторой степени идентична MchS4, белку, кодируемому в системе Mcch57, который способствует продукции энтерохелина посредством неизвестного механизма [56]. Следовательно, возможно, что некоторые компоненты систем продуцирования микроцинов, такие как MceE, обеспечивают адекватное поступление энтерохелина для участия в качестве субстрата для созревания микроцина.
Чтобы рассмотреть влияние меха на активное производство MccE492, мы сначала попытались сравнить активное производство MccE492 на фоне wt и Δ fur . Однако несколько попыток не удалось получить клетки Δ fur , трансформированные системами pMccE492 или pJAM229, и мы смогли осуществить трансформацию только с помощью pJAM434, низкопродуцирующего варианта. Это предполагает, что избыточная экспрессия mceJI в отсутствие Fur может быть вредной или токсичной для клеток, продуцирующих MccE492.По этой причине мы попробовали обратное, то есть оценить эффект сверхэкспрессии fur на активную продукцию MccE492. Эти результаты показали, что сверхэкспрессия fur приводила к снижению антибактериальной активности клеток, продуцирующих MccE492. Эти результаты согласуются с выводами Вассилиадиса и др. . [57], которые сообщили об отсутствии продукции зрелого MccE492 при высоких уровнях железа. Этот эффект теперь можно объяснить вкладом по крайней мере двух регуляторных путей.Во-первых, как показано в этой работе, в присутствии железа Fur действует напрямую, подавляя экспрессию генов созревания mceJI , поэтому будет продуцироваться менее зрелый микроцин. Кроме того, при высоких уровнях железа Fur ингибирует биосинтез энтерохелина, связываясь с Fur-боксами, расположенными в промоторе нескольких генов этого пути, и вызывая их репрессию [26,58]. Другими более отдаленными примерами Fur и железо-опосредованной регуляции продукции микроцинов являются колицин V [59] и MccJ25 [60].Депривация железа вызывает продукцию MccJ25, но исследования на меховом фоне все еще демонстрируют некоторую репрессию железом [60]. В случае колицина V транскрипция двух расходящихся оперонов, содержащих гены, необходимые для его продукции, репрессируется с помощью Fur в условиях высоких уровней железа (обзор в [61]). Экспрессия этих генов индуцируется в конце экспоненциальной фазы роста в результате сопутствующего истощения запасов железа [62]. Интересно, что колицин V также требует, чтобы рецептор сидерофоров Cir пересекал внешнюю мембрану, чтобы проявить свой токсический эффект, подтверждая гипотезу о том, что индукция активной продукции микроцина при низких уровнях железа связана с уничтожением бактерий, конкурирующих за одни и те же сидерофоры, как было предложено Патцером и соавторами. [6].
В целом, доказательства, представленные в этой работе, подтверждают модель цепи регуляции железа, контролирующей продукцию, созревание и вероятное образование амилоида MccE492, как показано на рис. 7. Когда железа мало (рис. 7A), Fur-Fe ²⁺ отсутствует. доступны комплексы, которые могут действовать как репрессоры. Следовательно, Fur не может связывать Fur-боксы, расположенные в промоторах нескольких генов, участвующих в синтезе энтерохелина ( энт генов; «1» на схемах фиг. 7A и 7B), что делает возможным их экспрессию и, таким образом, получение высокой количества энтерохелина.Впоследствии конститутивно экспрессируемый белок MceC катализирует гликозилирование энтерохелина, продуцирующего сальмохелин. Кроме того, Fur неспособен репрессировать гены mceX / mceJI («2» на схемах фиг. 7A и 7B), и, таким образом, MceJ и MceI могут катализировать присоединение сальмохелина к молекулам MccE492. Гены экспорта mceHG являются частью этого оперона и, следовательно, транскрибируются с того же промотора, но также и с независимого промотора, расположенного выше mceH [15], поэтому экспорт MccE492 не является ограничивающим шагом.Кроме того, регулятор MceX снижает экспрессию генов mceBA («3» на схемах фиг. 7A и 7B), ограничивая продукцию незрелого MccE492. В этом сценарии экспортируется высокая доля модифицированного (активного) MccE492, который затем может проникать в периплазму клеток-мишеней через рецепторы катехоловых сидерофоров и оказывать свое токсическое действие. Напротив, при избытке железа (рис. 7B) комплексы Fur-Fe ²⁺ связываются с меховыми коробками генов ent и mceX / mceJI , снижая их экспрессию.Таким образом, наблюдается низкая продукция энтерохелина и сальмохелина и плохой процесс созревания MccE492. Кроме того, низкая экспрессия негативного регулятора MceX допускает более высокую экспрессию предшественника MccE492. Следовательно, в основном экспортируется немодифицированный MccE492, который не распознается рецепторами сидерофоров и, таким образом, не вызывает токсического эффекта. Как было показано ранее, модифицированные формы MccE492 имеют пониженную склонность к агрегации по сравнению с немодифицированным пептидом, который является высокоамилоидогенным in vitro [5].Таким образом, возможно, что содержание железа накладывает двойной отрицательный контроль антибактериальной активности MccE492. Во-первых, не благоприятствуя процессу созревания, а во-вторых, увеличивая продукцию предшественника MccE492 и, следовательно, соотношение немодифицированных / модифицированных форм, что, в свою очередь, увеличивает склонность к образованию амилоида. Это может быть способом ускорения инактивации токсинов в ответ на увеличение содержания железа.
Рис. 7. Модель регуляторной цепи железа, контролирующей продукцию, созревание и антибактериальную активность микроцина E492.
(A) При низкой доступности железа репрессорные комплексы Fur-Fe ²⁺ недоступны для связывания Fur box, расположенного в промоторах генов, участвующих в синтезе энтерохелина (1) и mceX / mceJI гены (2). Таким образом, продуцируются большие количества энтерохелина и сальмохелина, а белки MceJI катализируют присоединение сальмохелина к пептиду MccE492 (созревание). Кроме того, регулятор MceX частично репрессирует гены mceBA (3), ограничивая продукцию незрелого MccE492.В этой ситуации экспортируется высокая доля модифицированного MccE492, который может проникать в клетки-мишени через рецепторы катехолидерофоров, что приводит к высокой антибактериальной активности. Производство большого количества модифицированного MccE492, вероятно, препятствует его агрегации амилоида, предотвращая инактивацию токсина. (B) При высокой доступности железа комплексы Fur-Fe ²⁺ репрессируют гены ent и mceX / mceJI , вызывая низкую продукцию энтерохелина и сальмохелина, плохой процесс созревания MccE492 и высвобождение отрицательной регуляции, осуществляемой MceX в отношении генов mceBA , что делает возможной более высокую экспрессию предшественника MccE492.Следовательно, в основном экспортируется немодифицированный MccE492, который не распознается рецепторами сидерофоров и, таким образом, не вызывает токсического эффекта. Высокая доля немодифицированного MccE492, вероятно, способствует его агрегации в амилоидные волокна и, таким образом, потере антибактериальной активности. Схема включает упрощенное представление фактической организации генов и .
https://doi.org/10.1371/journal.pone.0200835.g007
Вспомогательная информация
S1 Рис.Мех не регулирует экспрессию
mceC .
E . Клетки coli wt и Δ fur трансформировали репортерным слиянием последнего кодона mceC и lacZ ( mceC ’-‘ lacZ ) и выращивали в среде M9. Оптическая плотность при 600 нм (A) и активность β-галактозидазы (B) были измерены для каждого условия в разное время и в разные фазы роста (ранняя экспонента, OD ₆₀₀ = 0,40–0.6; Поздняя экспонента, OD ₆₀₀ = 0,9–1,1; Стационарный, OD ₆₀₀ = 1,9–2,1). Планки погрешностей соответствуют стандартному отклонению трех независимых экспериментов.
https://doi.org/10.1371/journal.pone.0200835.s001
(PDF)
S2 Фиг. Влияние сверхэкспрессии MceX на активность LacZ клеток, несущих слияние
mceX ’-‘ lacZ .
E . Клетки coli , несущие плазмиду, несущую ген lacZ, слитый с первым кодоном mceX , трансформировали совместимой плазмидой pT5- mceX , обеспечивая индуцируемую IPTG экспрессию mceX .Активность LacZ измеряли для клеток, растущих в присутствии 1 мМ IPTG или без IPTG, на разных фазах роста. Сверхэкспрессия mceX не влияла на активность LacZ слияния mceX ’-‘ lacZ . Планки погрешностей соответствуют стандартному отклонению трех независимых экспериментов.
https://doi.org/10.1371/journal.pone.0200835.s002
(PDF)
Благодарности
Эта работа была поддержана грантами 1100141 и 1140430 от Fondo Nacional de Desarrollo Científico y Tecnológico (FONDECYT).Мы очень благодарны доктору Й. Фогелю (Университет Вюрцбурга, Германия) за получение S.G-C. в своей лаборатории, где он провел определения 5´RACE. Мы также благодарим Беатрис Гонсалес за создание pMccE492. С. Гутьеррес-Кортес получил докторскую стипендию DAAD, и его пребывание в лаборатории доктора Фогеля также финансировалось DAAD.
Ссылки
1. de Lorenzo V. Выделение и характеристика микроцина E492 из Klebsiella pneumoniae . Arch Microbiol.1984. 139: 72–75. pmid: 6385903
2. Lagos R, Wilkens M, Vergara C, Cecchi X, Monasterio O. Микроцин E492 образует ионные каналы в фосфолипидных двухслойных мембранах. FEBS Lett. 1993. 321: 145–148. pmid: 7682973
3. Lagos R, Tello M, Mercado G, García V, Monasterio O. Антибактериальные и противоопухолевые свойства микроцина E492, порообразующего бактериоцина. Curr Pharm Biotechnol. 2009; 10: 74–85. pmid: 191
4. Bieler S, Estrada L, Lagos R, Baeza M, Castilla J, Soto C.Образование амилоида модулирует биологическую активность бактериального белка. J Biol Chem. 2005; 280: 26880–26885. pmid: 155
5. Marcoleta A, Marín M, Mercado G, Valpuesta JM, Monasterio O, Lagos R. Образование амилоида Microcin E492 задерживается посттрансляционной модификацией. J Bacteriol. 2013; 195: 3995–4004. pmid: 23836864
6. Патцер С.И., Бакеро М.Р., Браво Д., Морено Ф., Хантке К. Детерминанты колицина G, H и X кодируют микроцины M и h57, которые могут использовать рецепторы катехолатных сидерофоров FepA, Cir, Fiu и IroN.Микробиология. 2003. 149: 2557–2570. pmid: 12949180
7. Hantke K, Nicholson G, Rabsch W., Winkelmann G. Салмохелины, сидерофоры Salmonella enterica и уропатогенные штаммы Escherichia coli распознаются рецептором внешней мембраны IroN. Proc Natl Acad Sci USA 2003; 100: 3677–3682. pmid: 12655053
8. Strahsburger E, Baeza M, Monasterio O, Lagos R. Совместное поглощение микроцина E492 рецепторами FepA, Fiu и Cir и ингибирование сидерофором энтерохелином и его димерными и тримерными продуктами гидролиза.Антимикробные агенты Chemother 2005; 49: 3083–3086. pmid: 15980406
9. Holt KE, Wertheim H, Zadoks RN, Baker S, Whitehouse CA, Dance D, et al. Геномный анализ разнообразия, структуры популяции, вирулентности и устойчивости к противомикробным препаратам у Klebsiella pneumoniae , неотложной угрозы общественному здоровью. Proc Natl Acad Sci U S. A. 2015; 112 (27): E3574–81. pmid: 26100894
10. Струве С., Роу С.С., Стеггер М., Штальхут С.Г., Хансен Д.С., Энгельталер Д.М. и др.Картирование эволюции гипервирулентности Klebsiella pneumoniae . MBio 2015; 6 (4): e00630. pmid: 26199326
11. Marcoleta AE, Berríos-Pastén C, Nuñez G, Monasterio O, Lagos R. Klebsiella pneumoniae тДНК аспарагина являются горячими точками интеграции для различных геномных островов, кодирующих детерминанты продукции микроцина E492 и другие предполагаемые факторы вирулентности, присутствующие в гипервирулентных штаммах. Front Microbiol. 2016; 7: 849. pmid: 27375573
12. Клегг С., Мерфи CN. Эпидемиология и вирулентность Klebsiella pneumoniae . Microbiol Spectrum 2016; 4: UTI-0005-2012.
13. Paczosa MK., Mecsas J. Klebsiella pneumoniae : переход в нападение с сильной защитой. Microbiol Mol Biol Rev.2016; 80: 629–661. pmid: 27307579
14. Вилкенс М., Вильянуэва Дж. Э., Кофре Дж., Чнайдерман Дж., Лагос Р. Клонирование и экспрессия в Escherichia coli генетических детерминант продукции и иммунитета к микроцину E492 из Klebsiella pneumoniae .J. Bacteriol. 1997; 179: 4789–4794. pmid:
66
15. Lagos R, Baeza M, Corsini G, Hetz C, Strahsburger E, Castillo JA, Monasterio O. Структура, организация и характеристика кластера генов, участвующих в производстве микроцина E492, каналообразующего бактериоцина. Мол. Microbiol. 2001; 42: 229–243. pmid: 11679081
16. Нолан Э.М., Фишбах М.А., Коглин А., Уолш СТ. Биосинтетическая адаптация микроцина E492m: посттрансляционная модификация дает антибактериальный конъюгат сидерофор-пептид.J Am Chem Soc. 2007; 129: 14336–14347. pmid: 17973380
17. Mercado G, Tello M, Marín M, Monasterio O, Lagos R. Производство in vivo микроцина E492 с антибактериальной активностью зависит от сальмохелина и EntF. J Bacteriol. 2008; 190: 5464–5471. pmid: 18502859
18. Нолан Э.М., Уолш СТ. Исследование MceIJ-катализируемой посттрансляционной модификации С-конца микроцина E492: связывание рибосомных и нерибосомных пептидов с образованием антибиотиков типа «троянский конь».Биохимия. 2008; 47: 9289–9299. pmid: 186
19. Эндрюс С.К., Робинсон А.К., Родригес-Хинонес Ф. Бактериальный гомеостаз железа. FEMS Microbiol Rev.2003; 27: 215–237. pmid: 12829269
20. Фишбах М.А., Линь Х., Лю Д.Р., Уолш К.Т. Как патогенные бактерии избегают саботажа млекопитающих в битве за железо. Nat Chem Biol. 2006; 2: 132–138. pmid: 16485005
21. Хантке К. Регуляция железа и металлов у бактерий. Curr Opin Microbiol 2001; 4: 172–177.pmid: 11282473
22. Филлат МФ. Суперсемейство FUR (регулятор захвата железа): разнообразие и универсальность ключевых регуляторов транскрипции. Arch Biochem Biophys. 2013; 546: 41–52.
23. Багг А., Нейландс Дж. Б. Белок регуляции захвата железа действует как репрессор, используя железо (II) в качестве кофактора для связывания оператора оперона транспорта железа в Escherichia coli . Биохимия. 1987; 26: 5471–5477. pmid: 2823881
24. Эсколар Л., Перес-Мартин Дж., Де Лоренцо В.Связывание репрессора меха (регулятор захвата железа) Escherichia coli с массивами последовательности GATAAT. Дж. Мол Биол 1998; 283: 537–547. pmid: 9784364
25. Chen Z, Lewis KA, Shultzaberger RK, Ляхов IG, Zheng M, Doan B, Storz G, Schneider TD. Обнаружение кластеров сайтов связывания меха в Escherichia coli с помощью моделей теории информации. Nucleic Acids Res. 2007. 35: 6762–6777. pmid: 173
26. МакХью Дж.П., Родригес-Хинонес Ф., Абдул-Теграни Х., Свистуненко Д.А., Пул Р.К., Купер К.Э., Эндрюс СК.Глобальная железозависимая регуляция гена в Escherichia coli . Новый механизм гомеостаза железа. J Biol Chem 2003; 278: 29478–29486. pmid: 12746439
27. Колдервуд С.Б., Мекаланос Дж. Дж. Железная регуляция экспрессии Shiga-подобного токсина в Escherichia coli опосредуется локусом fur. J Bacteriol 1987; 169: 4759–4764. pmid: 3308853
28. Le Cam E, Frechon D, Barray M, Fourcade A, Delain E. Наблюдение за связыванием и полимеризацией репрессора Fur на ДНК, содержащей оператора, с помощью электронного и атомно-силового микроскопов.Proc Natl Acad Sci USA 1994; 91: 11816–11820. pmid: 79
29. Баумлер А.Дж., Цолис Р.М., ван дер Фельден А.В., Стойилькович И., Аник С., Хеффрон Ф. Идентификация нового регулируемого железом локуса Salmonella Typhi. Ген 1996; 183: 207–213. pmid: 8996108
30. Фишбах М.А., Линь Х., Лю Д.Р., Уолш К.Т. In vitro характеристика IroB, патоген-ассоциированной С-гликозилтрансферазы. Proc Natl Acad Sci USA 2005; 102: 571–576. pmid: 15598734
31.Сэмбрук Дж. И Рассел Д. Молекулярное клонирование: лабораторное руководство. 3-е изд. Нью-Йорк: Лаборатория Колд Спринг Харбор Пресс; 2001.
32. Шнайдер CA, Rasband WS, Eliceiri KW. NIH Image to ImageJ: 25 лет анализа изображений. Нат методы. 2012; 9: 671–675. pmid: 22⁴
33. Соловьев В., Саламов А. Автоматическая аннотация микробных геномов и метагеномных последовательностей. В: Ли Р. У., редактор. Метагеномика и ее приложения в сельском хозяйстве, биомедицине и экологических исследованиях.Издательство Nova Science; 2011. С. 61–78.
34. Герхарт Э., Вагнер Х., Фогель Дж. Подходы к идентификации новых не-мессенджеров РНК в бактериях и к исследованию их биологических функций: функциональный анализ идентифицированных не-мРНК. В: Hartmann RK, Bindereif A, Schön A и Westhof E, редакторы. Справочник по биохимии РНК. Вайнхайм, Германия: Wiley-VCH Verlag GmbH; 2008.
35. Урбан Дж. Х., Фогель Дж. Контроль трансляции и распознавание цели с помощью малых РНК Escherichia coli in vivo .Nucleic Acids Res. 2007; 35: 1018–1037. pmid: 17264113
36. Стоилькович И., Баумлер А.Дж., Хантке К. Меховой регулон у грамотрицательных бактерий. Идентификация и характеристика новых регулируемых железом генов Escherichia coli методом титрования шерсти. J Mol Biol. 1994; 236: 531–545. pmid: 8107138
37. Миллер Дж. Краткий курс бактериальной генетики. Нью-Йорк: Лаборатория Колд Спринг Харбор Пресс; 1992. С. 71–74.
38. Лундриган М, Каднер Р.Нуклеотидная последовательность гена рецептора ферриэнтерохелина FepA в Escherichia coli . J Biol Chem. 1986; 261: 10797–10801. pmid: 3015941
39. де Лоренцо В., Ви С., Эрреро М., Нейландс Дж. Б. Операторные последовательности оперона аэробактина плазмиды ColV-K30, связывающей репрессор регуляции захвата железа (мех). J Bacteriol. 1987. 169: 2624–2630. pmid: 3294800
40. Corsini G, Baeza M, Monasterio O, Lagos R. Экспрессия генов, участвующих в созревании микроцина, регулирует выработку активного микроцина E492.Биохимия. 2002; 84: 539–544. pmid: 12423798
41. Марколета А., Гутьеррес-Кортез С., Матурана Д., Монастерио О., Лагос Р. Полногеномная последовательность штамма, продуцирующего микроцин E492, Klebsiella pneumoniae RYC492. Объявление о геноме. 2013; 1: pii: e00178-13.
42. Фостер JW, зал HK. Влияние мутаций регулятора захвата железа (мех) Salmonella Typhimurium на синтез белка, регулируемый железом и pH. J Bacteriol. 1992; 174: 4317–4323. pmid: 1624426
43.Родригес Э., Лавинья М. Генетический анализ иммунитета к микроцину h57. Может J Microbiol. 1998. 44: 692–697. pmid: 9783429
44. Шеффер С., Хантке К., Браун В. Нуклеотидная последовательность регуляторного гена железа , мех . Мол Джен Генет 1985; 200: 110–113. pmid: 29
45. Wee S, Neilands JB, Bittner M, Hemming B, Haymore B, Seetharam R. Экспрессия, выделение и свойства белка Fur (регуляция захвата железа) Escherichia coli K12. Биол Металлы 1988; 1: 62–68
46.Ахенбах Л.А., Ян В. Ген fur из Klebsiella pneumoniae : характеристика, геномная организация и филогенетический анализ. Ген. 1997; 185: 201–207. pmid:
16
47. Ахенбах Л.А., Генова Э.Г. Регуляция транскрипции второго гена флаводоксина из Klebsiella pneumoniae . Ген. 1997; 194: 235–240. pmid: 65
48. Цзин-Тинг Л., Цзян-Чен В., Ю-Шэн Ц., И-Чжи Л., Чиа Ц., Цзин-Цяо Л. и др.Меховая регуляция капсульного биосинтеза полисахаридов и систем накопления железа у Klebsiella pneumoniae CG43. Микробиология. 2011; 157: 419–29. pmid: 21071493
49. Lin CT., Wu CC., Chen YS., Lai YC., Chi C., Lin JC., Et al. Меховая регуляция капсульного биосинтеза полисахаридов и систем накопления железа у Klebsiella pneumoniae CG43. Микробиология. 2011; 157 (Pt 2): 419–29. pmid: 21071493
50. Wu CC., Lin CT., Cheng WY., Huang CJ., Wang ZC., Peng HL. Мех-зависимая регуляция MrkHI фимбрий 3-го типа у Klebsiella pneumoniae CG43. Микробиология. 2012; 158 (Pt 4): 1045–56. pmid: 22262101
51. Seo SW, Kim D, Latif H, O’Brien EJ, Szubin R, Palsson BO. Расшифровка сети регуляции транскрипции Fur подчеркивает ее сложную роль помимо метаболизма железа в Escherichia coli . Nat Commun. 2014; 5: 4910. pmid: 25222563
52. Марколета А.Е., Варас М.А., Ортис-Северин Дж., Васкес Л., Берриос-Пастен С., Сабаг А.В. и др. Оценка различных признаков вирулентности Klebsiella pneumoniae с использованием Dictyostelium discoideum и личинок рыбок данио в качестве моделей-хозяев. Front Cell Infect Microbiol. 2018; 8:30. pmid: 29479519
53. Ли И.Р., Молтон Дж.С., Вайрес К.Л., Горри С., Вонг Дж., Хох Ч. и др. Факторы дифференцированной восприимчивости хозяина и бактериальной вирулентности, вызывающие абсцесс печени клебсиеллами в этнически разнообразной популяции. Sci Rep.13 июля 2016; 6: 29316.pmid: 27406977
54. Бахман М.А., Ленио С., Шмидт Л., Ойлер Дж. Э., Вайзер Дж. Н.. Взаимодействие липокалина 2, трансферрина и сидерофоров определяет репликативную нишу Klebsiella pneumoniae при пневмонии. MBio. 2012; 3 (6). pii: e00224-11.
55. Руссо Т.А., Олсон Р., Макдональд У., Бинан Дж., Дэвидсон Б.А. Аэробактин, но не иерсиниабактин, сальмохелин или энтеробактин, способствует росту / выживанию гипервирулентных (гипермуковязких) Klebsiella pneumoniae ex vivo и in vivo.Заражение иммунной. 2015; 83 (8): 3325–33. pmid: 26056379
56. Аспироз М.Ф., Лавинья М. Участие пути синтеза энтеробактина в продукции микроцина h57. Противомикробные агенты Chemother. 2004. 48: 1235–1241. pmid: 15047525
57. Vassiliadis G, Peduzzi J, Zirah S, Thomas X, Rebuffat S, Destoumieux-Garzón D. Понимание биосинтеза сидерофор-несущего пептида: энтеробактин является предшественником посттрансляционной модификации микроцина E492. Противомикробные агенты Chemother.2007; 51: 3546–53. pmid: 17646411
58. Брикман Т.Дж., Озенбергер Б.А., Макинтош М.А. Регуляция дивергентной транскрипции из чувствительных к железу областей-операторов промотора fepB-entC в Escherichia coli . J Mol Biol. 1990; 212: 669–682. pmid: 2139473
59. Chehade H, Braun V. Регулируемый железом синтез и поглощение колицина V. FEMS Microbiol. Lett. 1988; 52: 177–182.
60. Salomón RA, Farías RN. Влияние железа на продукцию микроцина 25.FEMS Microbiol. Lett. 1994; 121: 275–280. pmid: 71
61. Колтер Р., Морено Ф. Генетика пептидных антибиотиков, синтезированных рибосомами. Annu Rev Microbiol. 1992; 46: 141–163. pmid: 1444252
62. Бойер А.Е., Тай ПК. Характеристика промоторов cvaA и cvi экспортной системы колицина V: железозависимая транскрипция cvaA модулируется нижестоящими последовательностями. J Bacteriol. 1998; 180: 1662–1672. pmid: 9537361
63.Casadaban MJ. Транспозиция и слияние генов lac для выбора промоторов в Escherichia coli с использованием бактериофага лямбда и Mu. J Mol Biol. 1976; 104: 541–555. pmid: 781293
64. Хантке К. Регулирование транспорта трехвалентного железа в Escherichia coli K12: выделение конститутивного мутанта. Mol Gen Genet. 1981; 182: 288–292. pmid: 7026976
65. Чанг AC, Коэн С.Н. Конструирование и характеристика амплифицируемых носителей многокопийного клонирования ДНК, полученных из криптической миниплазмиды P15A.J Bacteriol. 1978; 134: 1141–1156. pmid: 149110
66. Kitakawa M, Ara T, Arifuzzaman M, Ioka-Nakamichi T, Inamoto E, Toyonaga H, Mori H. Полный набор клонов ORF Escherichia coli Библиотека ASKA (Полный набор архива ORF E. coli K-12): Уникальные ресурсы для биологических исследований. Исследования ДНК. 2005; 12: 291–299. pmid: 16769691
67. Хон Б., Коллинз Дж. Маленькая космида для эффективного клонирования больших фрагментов ДНК. Ген. 1980; 11: 291–298.pmid: 6260575
68. Гонсалес Б. Влияние экспрессии генов mceD, mceF и orfK на штаммы, продуцирующие микроцин E492. M.Sc. Диссертация, Чилийский университет. 2011.
69. Бароло С., Карвер Л.А., Посаконы Ю.В. Векторы трансформации GFP и бета-галактозидазы для анализа промоторов / энхансеров в Drosophila . Биотехники. 2000. 29: 726–732. pmid: 11056799
Регулятор захвата железа
— обзор
4.2.1 Структура сайта связывания меха (Fur Box) и факторы, влияющие на взаимодействия Fur-ДНК у цианобактерий
Fur (белок-репрессор) образует комплекс с высококонсервативными инвертированными повторами длиной 19 п.н. (Fur box; 5′-GATAATGATAATCATTATC-3 ‘ ), расположенный выше промоторной области железо-чувствительных генов у цианобактерий (рис. 4) (Kaushik et al., 2015). Коробки для меха обычно характеризуются наличием области AT. Гексамерная модель продемонстрировала присутствие тандемных повторов трех прямо-обратных гексамеров (5’-GATAAT-3 ‘) с блоком распознавания Fur (5′-NAT (A / T) AT-3’) в этих консервативных инвертированных повторах (Escolar и другие., 1998). Однако далее было высказано предположение, что сайт связывания Fur представляет собой сердцевину из 15 п.н., образованную мотивом гептамера 7-1-7 (Baichoo and Helmann, 2002). Наполитано и др. (2012) также сообщили, что сайты связывания Fur представляют собой консенсусные последовательности, содержащие 7-1-7 инвертированных повторов в Anabaena sp. PCC 7120. Gonzalez et al. (2011) далее сообщили о специфической последовательности в Fur-связывающем сайте в дополнение к консенсусным последовательностям, содержащим 7-1-7 инвертированных повторов в Anabaena sp. PCC 7120, который необходим для эффективного связывания белков меха.
In Anabaena sp. PCC 7120, Gonzalez et al. (2014) сообщили о боксах FurA в двунаправленном промоторе генов, участвующих в метаболизме железа ( all0396-schT , all2624-alr2625 , all2586-alr2587 , alr2594-alr2595 ), фотосинтезе и дыхании , ccmK-ndhF ) и несколько других метаболизмов ( znuA-oprB , hupL3-xisC , nifD3-xisA ). Сайты связывания Fur, расположенные в двунаправленном промоторе генов-мишеней, управляют одновременной регуляцией генов с перекрывающимися промоторами (Lavrrar et al., 2003). Кластер генов all2641-all2649 , контролирующий продукцию сидерофоров и систему транспорта железо-сидерофор, несет несколько количеств Fur-боксов в разных межгенных областях с разной аффинностью связывания и последовательно модулирует экспрессию гена в зависимости от статуса железа (Gonzalez et al., 2012) . В Anabaena sp. PCC 7120, Fur-боксы также были расположены в вышестоящих промоторных областях генов, участвующих в каскаде передачи сигнала, то есть aphC (кодирует двухкомпонентную сенсорную гистидинкиназу; предполагаемый фоторецептор), cyaC (кодирует аденилатциклазу, несущую двухкомпонентный сенсор). и регуляторный домен), asr (кодирует бактериородопсин) и cyaD (кодирует аденилатциклазу) (Gonzalez et al., 2014). Промотор гена, кодирующего транспозазу ( all4465 ) в Anabaena sp. PCC 7120 также имеет меховую коробку (Gonzalez et al., 2014). Более того, znuA , cyaD , aphC , alr0240 и pbpH также совместно модулировались FurA и другими регуляторами транскрипции при ограничении железа в Anabaena sp. PCC 7120 (Gonzalez et al., 2014). В Anabaena sp. PCC 7120, FurB совместно регулирует оперон znuAB , ответственный за экспрессию компонентов высокоаффинного механизма захвата цинка (Napolitano et al., 2012). Двунаправленный промотор mcyDA (P _{mcy DA}) в M. aeruginosa PCC 7806 также имеет два предполагаемых бокса Fur в области между генами mcyA и mcyD (Martin-Luna et al., 2006 ). Более того, промоторы генов кластера mcy , то есть генов mcyE , mcyH , mcyG и mcyJ , также содержат AT-богатые области, имеющие различные оценки соответствия с ранее определенным консенсусом в других цианобактерии (Hernandez et al., 2006b).
Hernandez et al. (2002) определили термодинамику и конформационную стабильность структуры меха у Anabaena sp. PCC 7119, который, как предполагалось, представляет собой димер, имеющий два домена, где С-конец (участвующий в димеризации белка) состоит из длинной α-спирали и пяти β-цепей, а N-конец (отвечающий за способность связывания ДНК) имеет два спираль поворачивает спиральные мотивы вместе с четырьмя спиральными структурами (Hernandez et al., 2002). У Anabaena sp. FurA сворачивается с помощью двух механизмов состояний и включает 40% α-спирали (Hernandez et al., 2002). В отличие от меха Bacillus subtilis и Pseudomonas aeruginosa , у Anabaena Fur не наблюдалось никаких карманов, связывающих цинк (Pohl et al., 2003). У цианобактерий подобная факторам архитектура Furbox, присутствие ионов двухвалентных металлов, окислительно-восстановительный статус цистеина и гистидина, ионные взаимодействия и участие эффекторов, таких как гем, определяют аффинность, стабильность и качество взаимодействия Fur-ДНК (Hernandez et al. др., 2002; Пеллисер и др., 2012). Escolar et al. (1998) ранее предположили, что основания A и T в положениях 5 и 6 гексамера в Fur-связывающем сайте важны для взаимодействия Fur-ДНК. Однако Gonzalez et al. (2011) далее сообщили, что это не основания A и T, а архитектура сайта связывания Fur, которая играет решающую роль в связывании Fur. Некоторые исследователи также сообщили, что ион Zn ^{2 +} контролирует связывание Fur с ДНК (Xiong et al., 2000; Zheleznova et al., 2000), но позже Zn ^{2 +} -независимая сверхэкспрессия активного рекомбинантного FurA белки обнаружены у Anabaena sp.PCC 7119 (Hernandez et al., 2002).
Hernandez et al. (2006b) продемонстрировали, что ион Mn ^{2 +} и окислительно-восстановительный статус белка Fur также влияют на взаимодействие Fur-ДНК в Anabaena sp. Присутствие иона Mn ^{2 +} усиливает стабильность взаимодействия Fur-ДНК, а также влияет на олигомеризацию мономера Fur (Hernandez et al., 2002). Более того, окислительно-восстановительный статус цистеина в Fur также влияет на взаимодействие Fur-ДНК и олигомеризацию мономера Fur (Hernandez et al., 2002). Anabaena Fur имеет пять остатков цистеина, четыре из них расположены в двух мотивах CXXC, и только один цистеин используется для распознавания ДНК и связывания металлов. Ботелло-Морте и др. (2014) сообщили о мотиве CXXC (C ₁₀₁ XXC ₁₀₄) с новой дисульфидредуктазной активностью в Anabaena sp. PCC 7120, который показал сходство с последовательностями, наблюдаемыми в активных центрах тиоредоксинов и тиоредоксин-подобных белков. Тиоредоксин и тиоредоксиноподобные белки уменьшают структурно важные дисульфидные связи в целевом белке и поддерживают окислительно-восстановительный гомеостаз (Quan et al., 2007). Подобный мотив, действующий как окислительно-восстановительный реостат, также наблюдался в глутаредоксинах (Florencio et al., 2006), пероксиредоксинах (Latifi et al., 2009), белках Dsb (Heras et al., 2007), а также в эукариотическом белке. -дисульфидизомеразы (Sevier, Kaiser, 2002). В отличие от Anabaena sp. PCC 7120, семь окислительно-восстановительных остатков цистеина присутствуют в Fur из M. aeruginosa PCC 7806, которые отличаются по его c-концу по сравнению с другими гомологами меха. Мартин-Луна и др.(2006) продемонстрировали, что из семи остатков цистеина только пять являются высококонсервативными, однако расположение всех остатков цистеина такое же, как у других цианобактерий. Остатки цистеина, идентифицированные в M. aeruginosa PCC 7806 Fur, также участвуют в связывании металлов и олигомеризации белков (de Orue et al., 2000). Редокс-активный цистеин в Fur также регулирует степень олигомеризации белка Fur, влияя на белок-белковые взаимодействия (Hernandez et al., 2002).
In Anabaena sp. PCC 7120, гем (редокс-кофактор) также влияет на взаимодействие Fur-ДНК, образуя комплекс Fur-гем, который ингибирует связывание Fur in vitro с генами-мишенями даже в присутствии иона Mn ^{2 +} (Hernandez et al. , 2004b). Остатки гистидина и цистеина критически влияют на образование комплексов Fur-гем (Paoli et al., 2002). Pellicer et al. (2012) провели сайт-направленный мутагенез и спектральные исследования, предположив, что Cys141, расположенный в мотиве Cys-Pro (дипептид Cys141-Pro142) на С-конце, является аксиальным лигандом гема Fe (III).У прокариот (кроме E. coli ) мотив Cys-Pro участвует в способности чувствовать гем (Ogawa et al., 2001). У цианобактерии Anabaena sp. PCC 7120, образование комплекса Fur-heme вызывает конформационные изменения в сайте связывания металла белка Fur, что ингибирует сродство связывания Mn ^{2 +} с белком Fur in vitro (Hernandez et al., 2004b). Лопес-Гомоллон и др. (2009) также продемонстрировали гем-зависимое нарушение связывающей способности FurB и FurC у Anabaena sp.PCC 7120; однако гомолог FurC не подвергался влиянию гема.
Биохимическая характеристика регулятора поглощения железа (Fur) из Aliivibrio salmonicida. Картирование специфичности последовательности ДНК с помощью исследований связывания и структурного моделирования
AsFur очищали до гомогенности с помощью аффинной и эксклюзионной хроматографии
AsFur состоит из 147 аминокислотных остатков с теоретической pI и молекулярной массой 5,75 и 16,6 кДа соответственно. Методика крупномасштабной очистки AsFur была разработана Pedersen et al.(Педерсен и др., 2010). Вкратце, ген fur из A. salmonicida был клонирован, сверхэкспрессирован в BL21-CodonPlus® (DE3) -RIL и очищен до очевидной гомогенности двумя последовательными стадиями; Аффинная очистка IMAC с использованием HisTrap HP с последующим SEC с использованием HiLoad Superdex 200 мкг. С помощью SEC-хроматографии фракции AsFur были обнаружены в объеме, соответствующем гомодимеру, что согласуется с предыдущими наблюдениями (Pedersen et al. 2010). SDS-PAGE анализ очищенного AsFur показан на фиг.1.
Фиг. 1
SDS-PAGE, окрашенный кумасси синим, показывающий маркер молекулярной массы и фракции, собранные из IMAC и SEC, соответственно. Соответствующие молекулярные массы (Mw; кДа) указаны.
Скрининг термической денатурации по pH и соли показал небольшое влияние на стабилизацию меха
Хотя AsFur был очищен до гомогенности, как показано на фиг.1, исходные партии белка показали склонность к агрегации с полной потерей связывающей активности в течение недели при стандартных условиях хранения.Чтобы избежать агрегации белков и повысить стабильность, был реализован анализ теплового сдвига (Thermofluor) для определения лучших буферных условий. Скрининг диапазона буферных композиций (и pH) с помощью Thermofluor показал лишь незначительное влияние на стабильность AsFur, однако анализы активности показали, что незначительное изменение pH с 8,0 до 7,5 в Tris-буфере уменьшало агрегацию и увеличивало стабильность AsFur при хранении при 4 ° С. Кроме того, небольшое увеличение концентрации NaCl до 200 мМ показало положительный эффект на стабильность AsFur (рис.2) по сравнению с MgCl ₂ и KCl, где наблюдались лишь незначительные улучшения. Хотя стабильность при хранении AsFur была улучшена за счет вышеупомянутых изменений pH и концентраций NaCl, вариации партий по-прежнему были частой проблемой при следующей характеристике.
Рис. 2
Влияние соли на термостабильность. Стандартные буферные условия: Трис-HCl, pH 7,5. (Цветной рисунок онлайн)
Присутствие двухвалентных металлов изменяет связывание ДНК с AsFur
В классической схеме регуляции железо является основным функциональным металлом, который димеризует и активирует Fur in vivo . Способность меха эффективно активироваться широким спектром других ионов двухвалентных металлов in vitro вызвала дискуссии об истинном физиологическом металле, ответственном за активацию меха, хотя оценка сродства меха к металлу с помощью экспериментов по титрованию металлов предполагает, что только Fe ²⁺ демонстрируют достаточное сродство для активации меха в соответствующих диапазонах концентраций in vivo (Mills and Marletta 2005). Однако повышенные внутриклеточные концентрации других металлов могут иметь значение для нормальной регуляции железа, а Fur, связанный с разными металлами, потенциально может действовать на разные ДНК-мишени (Hantke 1987).
Для измерения влияния ряда металлов на связывание AsFur-ДНК использовали анализ in vitro с использованием защиты сайта рестрикции в промоторе аэробактина (D’Autreaux et al. 2002). Функциональное связывание с помощью Fur обеспечивается отсутствием четвертой полосы длиной 251 п.о. на геле и увеличением размера верхней полосы до 1781 п.о. Анализ показал, что AsFur связывает промотор аэробактина металл-зависимым образом с присутствующим Mn ²⁺ (фиг. 3a). Кроме того, результаты на рис.3b показывают, что AsFur также способен связывать меховой бокс в присутствии катионов двухвалентных металлов Mn ²⁺, Zn ²⁺, Cu ²⁺ и Co ²⁺. Fe ²⁺ считается наиболее физиологически значимым ионом металла для активации меха, однако он был исключен из этой панели, поскольку его быстрое окисление не позволяет использовать его в стандартных условиях анализа. Хотя плазмидная защита кажется более слабой для Mn ²⁺ по сравнению с Zn ²⁺, Cu ²⁺ и, в частности, Co ²⁺, Mn ²⁺ по-прежнему был предпочтительным выбором для последующих исследований взаимодействия AsFur-ДНК. , поскольку в структурных исследованиях было показано, что Mn ²⁺ и Fe ²⁺ сохраняют координацию металлов и аналогичное химическое поведение (Perard et al.2018). Поведение AsFur в присутствии Cd ²⁺ не может быть интерпретировано, поскольку характер миграции напоминает таковой для необработанной плазмиды, что позволяет предположить, что HinfI ингибируется в присутствии Cd ²⁺.
Рис. 3
Анализ плазмидной защиты, подтверждающий связывание ДНК AsFur в присутствии двух эквивалентов марганца ( a ) и идентификацию дополнительных металлов, способных активировать AsFur ( b ). Плазмида pDT10 расщеплялась HinfI в отсутствие или в присутствии активного меха, и расщепленный характер миграции анализировали с помощью электрофореза в 1% геле.Активный AsFur связывается со встроенным Fur-боксом в рестрикционном фрагменте длиной 1781 п.о. и защищает его от расщепления на фрагменты длиной 1530 п.о. и 251 п.н. a Lane 1: лестничная диаграмма 1 kb; Дорожка 2: плазмида pDT10; Дорожка 3: pDT10 + HinfI; Дорожка 4: pDT10 + апо AsFur + HinfI; Дорожка 5: pDT10 + AsFur + EDTA + HinfI; Дорожка 6: pDT10 + AsFur + Mn ²⁺ + HinfI; Дорожка 7: pDT10 + EcFur + Mn ²⁺ + HinfI. b Дорожка 1: плазмида pDT10 + апо AsFur + HinfI; Дорожка 2: pDT10 + As-Fur + Mn ²⁺ + HinfI; Дорожка 3: pDT10 + AsFur + Zn ²⁺ + HinfI; Дорожка 4: pDT10 + AsFur + Cu ²⁺ + HinfI; Дорожка 5: pDT10 + AsFur + Co ²⁺ + HinfI; Дорожка 6: pDT10 + AsFur + Cd ²⁺ + HinfI
Олигонуклеотиды разной длины и последовательности влияют на связывание Fur-ДНК
Консенсусная последовательность Vibrio с инвертированным повтором 19 п.н., 5′-AATGATAATAATTATCATT-3 ‘, а также E.coli Меховой бокс, 5′-GATAATGATAATCATTATC-3 ‘, формирует матрицы для анализов EMSA ряда олигонуклеотидов (см. таблицу 1 для олигонуклеотидного состава). Отдельные основания и / или массивы оснований мутировали, чтобы исследовать возможные важные сайты связывания или важные расположения гексамеров. Были исследованы и оценены силы связывания.
Таблица 1 Олигонуклеотиды, отобранные и протестированные на взаимодействие AsFur с помощью EMSA
. Олигонуклеотиды были сгруппированы свободно по консервации и длине.Во-первых, были проведены эксперименты EMSA для проверки взаимодействия AsFur с консенсусными последовательностями обоих видов Vibrio и E. coli с использованием наименее консервативной последовательности Vibrio (Pedersen et al. 2010) в качестве отрицательного контроля (рис. 4). . Сильное взаимодействие наблюдалось с консенсусной последовательностью Vibrio (рис. 4a), а умеренное связывание также наблюдалось с консенсусной последовательностью E. coli (рис. 4b), при этом практически не обнаружено взаимодействия с наименее консервативной последовательностью Vibrio (анти- консенсус) даже при максимальной концентрации AsFur (рис.4в).
Рис. 4
Положительные и отрицательные контроли EMSA. — консенсусная последовательность Vibrio. b Консенсусная последовательность E. coli . c Антиконсенсусная последовательность Vibrio. 5 мкМ ДНК инкубировали с возрастающими концентрациями AsFur (0, 10, 20, 40 и 80 мкМ) для дорожек 1–5 соответственно. Эксперименты проводили в присутствии Mn ²⁺
. Последующие эксперименты EMSA проводились с олигонуклеотидами различного содержания по сравнению с двумя различными консенсусными последовательностями, чтобы исследовать влияние конкретных изменений оснований на силу взаимодействия с AsFur.Основными мишенями для экспериментального дизайна были взаимодействия AsFur-ДНК, предсказанные предыдущими МД-симуляциями и расчетами свободной энергии связывания (Pedersen et al. 2010). Для дальнейшего изучения существующих моделей взаимодействия Fur-ДНК были исследованы олигонуклеотиды различной длины (как короче, так и длиннее, чем Fur-бокс 19 п.н.), а также вариации в концах олигонуклеотидов, которые были либо тупыми, либо включали выступающий конец из 1 нуклеотида, способный образования «липкого» конца с соседними субстратами ДНК (таблица 1).Как и ожидалось, олигонуклеотиды показали разную силу взаимодействия с AsFur (фиг. 5). Для большинства экспериментов EMSA связывание AsFur заставляло субстрат удерживаться в лунках геля, что, скорее всего, отражает тенденцию AsFur к агрегации, возможно, вызванную начальным образованием комплекса ДНК.
Фиг. 5
эксперименты EMSA на вариантах Vibrio и E. coli консенсусных олигонуклеотидов, модифицирующих отдельные положения и / или длину. Для каждого эксперимента 5 мкМ ДНК инкубировали с возрастающими концентрациями AsFur (0, 10, 20, 40 и 80 мкМ) для дорожек 1–5 соответственно.Позиции, отмеченные красным или темно-зеленым, обозначают модификации относительно консенсусных последовательностей видов Vibrio и E. coli соответственно. Эксперименты проводились в присутствии Mn ²⁺. (Цветной рисунок онлайн)
Замена T12G / T13G значительно снижает взаимодействие AsFur с ДНК (рис. 5e) по сравнению с консенсусной последовательностью Vibrio (рис. 4a), предполагая, что это ключевые позиции для взаимодействия. Соответствующие положения нуклеотидов в клетке E.coli Fur box — это T15 и T16, которые, как ранее было показано, взаимодействуют с E. coli Fur в экспериментах по сшиванию (Tiss et al. 2005). Более того, моделирование молекулярной динамики с помощью AsFur показало, что T13 играет важную роль во взаимодействии белков (Pedersen et al. 2010). Таким образом, мы представляем первые эксперименты EMSA, исследующие эти положения непосредственно в сравнении с консенсусной последовательностью Vibrio.
При сравнении замены A14G / C16A (рис. 5f) с консенсусной последовательностью Vibrio (рис.4а) наблюдается значительно меньшая способность к взаимодействию с AsFur. Эти положения нуклеотидов, как было показано ранее, вносят благоприятный вклад в связывание AsFur ДНК посредством моделирования свободной энергии связывания (Pedersen et al. 2010), а результаты EMSA дополнительно указывают на их участие в последовательностных взаимодействиях. Интересно отметить, что замена A17G / C19G (фиг. 5j) в консенсусной последовательности E. coli (фиг. 4b) также имеет пагубный эффект, хотя и несколько менее выраженный, чем для консенсусной последовательности Vibrio.Интересно, что результаты подчеркивают важность обеих цепей ДНК во взаимодействии с Fur, поскольку эти положения нуклеотидов образуют часть первого гексамерного повтора G A T AAT на комплементарной цепи как консенсусной последовательности Vibrio, так и E. coli. Ящик для меха (изменен на T A C AAT и C A C AAT соответственно).
Индивидуальные замены A8C и T9G (рис. 5b, c) также приводят к гораздо более слабым взаимодействиям по сравнению с консенсусной последовательностью Vibrio (рис.4а). Ранее было показано, что богатые AT области важны для взаимодействий Fur-ДНК (Hantke 1981, 2001; Prince et al. 1991; Vasil and Ochsner 1999). В частности, последнее основание T единицы GATAA T (T ₆) в модели гексамерного повтора, описанной на дополнительном рисунке S2b и c, соответствующее замещенному T9 в консенсусной последовательности Vibrio, было выделено из-за его роли. в распознавании ДНК по отпечаткам стоп и тестам на отсутствие Т с помощью E. coli Fur (Escolar et al.1998). Соответствующий T на комплементарной цепи (T ₅) показал сравнимый эффект во взаимодействиях. Однако комбинированные замены A8C / T9G (фиг. 5d) не проявляют аддитивного эффекта и имеют немного более сильное взаимодействие, чем отдельные замены. Интересно, что двойное удаление AT-нуклеотидов в ядре последовательности распознавания Vibrio, по-видимому, не приводит к дальнейшему снижению силы связывания.
Как и ожидалось, аналогично наименее консервативной последовательности Vibrio (рис.4c), который почти не обнаруживал признаков взаимодействия ДНК с AsFur, комбинированное изменение всех нуклеотидов, рассмотренных до сих пор (A8C / T9G / T12G / T13G / A14G / C16A; рис. 5g), приводило к значительно ослабленному взаимодействию с AsFur, хотя для В этом геле EMSA можно увидеть, что некоторые следовые количества AsFur перемещаются в лунки геля повсюду.
Для замен A1G / A2C / T3A (фиг. 5a) по сравнению с консенсусной последовательностью Vibrio (фиг. 4a) может наблюдаться существенно сниженная сила взаимодействия. Этот результат интересен с учетом различий в 5′-областях Vibrio и E.coli , где консенсусная последовательность Vibrio имеет трехнуклеотидную «вставку» (ААТ) по сравнению с классической E. coli Fur box.
Важность минимальной длины консенсусной последовательности Vibrio во взаимодействиях AsFur была продемонстрирована в экспериментах EMSA на укороченных олигонуклеотидах по сравнению с консенсусной последовательностью Vibrio (рис. 5h, i), где и вариант с 16-нуклеотидным липким концом, и 15-нуклеотидные олигонуклеотиды с тупыми концами показали значительно сниженную силу связывания по сравнению с консенсусной последовательностью Vibrio.Это хорошо согласуется с предыдущими исследованиями EMSA на E. coli Fur, показывающими, что только слабое взаимодействие образуется, когда олигонуклеотиды значительно короче трех гексамерных повторов последовательности GATAAT (Lavrrar and McIntosh 2003).
Когда в чем-то похожие эксперименты были выполнены с гексамерными повторами GATAAT из мехового бокса E. coli либо с 19-нуклеотидным вариантом с липким концом (рис. 5k), либо с 24-мерным четырехкратным повтором последовательности GATAAT (рис. . 5l) наблюдалась пониженная сила взаимодействия для обоих по сравнению с E.coli Меховой ящик (рис. 4б). Как указано выше, эти тенденции хорошо согласуются с экспериментами EMSA на EcFur с E. coli Fur box, а также с рядом повторов GATAAT, где сила взаимодействия была оценена как Fur box> 4 × GATAAT> 3 × GATAAT (Lavrrar и Макинтош 2003). Добавление липких концов к тройному повтору GATAAT в нашем исследовании, по-видимому, немного улучшает связывание.
Анализ AsFur по сравнению с функциональными и структурными гомологами
Для обеспечения возможности анализа структурных взаимодействий, вносящих вклад в специфичность связывания между AsFur и вариаций канонических последовательностей Fur-box, последовательность AsFur сравнивали со структурно определенными гомологами.Был идентифицирован ряд структурно охарактеризованных гомологов AsFur с идентичностью последовательностей в диапазоне от 86 до 30% (таблица 2 и фиг. 6). Выравнивание последовательностей между этими гомологами и AsFur выделяет несколько участков консервативных последовательностей как в ДНК-связывающем домене, так и в домене димеризации (DBD и DD, соответственно). Хотя обнаружено, что большинство охарактеризованных белков Fur представляют собой димеры в растворе, некоторые также существуют в форме стабильных тетрамеров, например, Fur из Francisella tularensis и Pseudomonas aeruginosa (Nader et al.2019; Perard et al. 2018). В то время как консервативные позиции в DD в основном объясняются координацией металлов, консервативные участки в DBD участвуют во взаимодействиях с Fur box (Fig. 6).
Таблица 2 Сравнение AsFur с известными структурными гомологами Fur Рис. 6
Выравнивание последовательностей AsFur на основе структуры с известными структурными гомологами Fur. Аббревиатуры определены в таблице 2. EcFur не был включен, поскольку структура представляет только DBD. Идентификаторы PDB указываются между вертикальными линиями.Элементы вторичной структуры показаны над выравниванием спиралями и стрелками, обозначающими α-спирали и β-тяжи, соответственно. Идентичные остатки показаны белым на красном фоне, а консервативные остатки показаны красным. Остатки, относящиеся к координации металла с регуляторным сайтом S2 и структурным сайтом S3, обозначены треугольниками (окрашены в синий и красный цвета для S2 и S3, соответственно), тогда как остатки, образующие основные контакты, обозначены черной звездочкой. (Цветной рисунок онлайн)
На основании идентичности последовательностей между V.cholerae Fur (VcFur) и AsFur при 86%, кристаллическая структура VcFur (Sheikh and Taylor 2009) будет предпочтительным выбором для моделирования гомологии. Однако эта кристаллическая структура представляет собой Fur в несвязанном состоянии, и структурное выравнивание между несвязанным и связанным с ДНК состояниями структур MgFur выявило существенные движения в области DBD при связывании ДНК с VcFur и ДНК-комплексами MgFur, имеющими среднеквадратичные отклонения. 2,6–3,0 Å. Таким образом, для моделирования гомологии опубликованные структуры MgFur (Deng et al.2015) были выбраны в качестве шаблонов, несмотря на относительно низкое сходство последовательностей с AsFur. Выравнивание последовательностей между AsFur и MgFur выявило 37% идентичности для 135 остатков, которые могут быть выровнены по структуре, и позволило надежно моделировать весь белок, включая N-концевой ДНК-связывающий домен (DBD), который очень гибок в несвязанной форме. MgFur (Deng et al. 2015; Sarvan et al. 2018). Для сравнения различных возможных способов связывания AsFur были построены две модели: первая основана на димере MgFur, связанном с оператором feoAB1 в виде инвертированного повтора 9-1-9 (PDB4rb3; дополнительный рисунок S2a), а вторая основана на два димера MgFur, связанные с E.coli Fur box как инвертированный повтор 7-1-7, смещенный на 6 нуклеотидов (PDB4rb1; дополнительный рисунок S2e). Сравнение этих моделей показывает сохранение аминокислот во взаимодействующих областях двух белков (рис. 7).
Рис. 7
Гомологические модели AsFur в двух режимах взаимодействия Fur-ДНК, наблюдаемых для MgFur и сообщенных Deng et al. (2015). a A димер AsFur, взаимодействующий с оператором feoAB1 . b Два димера AsFur, взаимодействующие с E.coli Коробка меховая. Каждый мономер AsFur окрашен индивидуально (мономер A — темно-зеленый; мономер B — бирюзовый; мономер C — фиолетовый; мономер D — красный), а цепи ДНК окрашены в темно-желтый и синий цвета для первичной и дополнительной цепей соответственно. Нуклеотиды, окрашенные в красный цвет, указывают на контакты оснований с AsFur. Смоделированные ионы Mn ²⁺ показаны серыми сферами. (Цветной рисунок онлайн)
Анализ структурных детерминант взаимодействия AsFur-ДНК
Модели гомологии, созданные на основе MgFur, были проанализированы для структурного обоснования вариаций силы взаимодействия из EMSA.
Это убедительно указывает на то, что AsFur Tyr56 формирует специфичные для оснований взаимодействия с большими бороздками посредством гидрофобных взаимодействий с метильными группами как T12, так и T13 (рис. 8b), объясняя наблюдаемое снижение аффинности связывания при замене T12G / T13G. Интересно, что это взаимодействие сохраняется в обеих структурных моделях, т.е. как в форме инвертированного повтора 9-1-9, так и в форме инвертированного повтора 7-1-7, смещенного на 6 нуклеотидов, что подчеркивает роль Tyr56 во взаимодействиях. с ДНК, содержащей меховую коробку.
Рис. 8
Предсказанные взаимодействия AsFur и нуклеотидных оснований из модели гомологии. Взаимодействия нуклеотидных оснований, наблюдаемые в модели гомологии AsFur, основанной на кристаллической структуре двух димеров MgFur в комплексе с E. coli Fur box (PDB4rb1). Нумерация нуклеотидов соответствует схеме нумерации, используемой для консенсусной последовательности E. coli в таблице 1. a Lys14 в мономере A взаимодействует в малой бороздке с T18 на первичной цепи и T3 ‘на комплементарной цепи. b Tyr56 в мономере B образует гидрофобные взаимодействия в большой бороздке с T15 ‘и T16’ на комплементарной цепи (идентичные взаимодействия образуются между Tyr56 в мономере D, созданном посредством операции кристаллографической симметрии, и T15 / T16 на первичной цепи ). c Arg57 в мономере D взаимодействует в большой бороздке с T18 на первичной цепи и G1 ‘на комплементарной цепи. (Цветной рисунок онлайн)
Модель гомологии AsFur, взаимодействующей с E.coli Fur box (рис. 7b) также подчеркивает важность обеих цепей ДНК в этом взаимодействии, обеспечивая объяснение влияния замены A17G / C19G (рис. 5j) на контакты нуклеотидных оснований, образованные на 5′-конце. дополнительной нити. Детальный вид взаимодействий, показанный на рис. 8a, c, показывает, что положения нуклеотидов в первом гексамерном повторе комплементарной цепи (G1 ‘и T3’) образуют взаимодействия нуклеотидных оснований малой и большой бороздок с консервативными остатками Lys14. и Arg57 соответственно.Arg57, по-видимому, формирует бидентатные специфичные для оснований взаимодействия с большой бороздкой, тогда как взаимодействия с малыми бороздками, формируемые Lys14, не специфичны для оснований. Соответствующий остаток Lys в MgFur, как ранее было показано, взаимодействует с ДНК-мишенью посредством механизма считывания формы, где богатая АТ область в каждом гексамерном повторе приводит к узкой малой бороздке с повышенным отрицательным электростатическим потенциалом (Deng et al. . Предыдущие исследования показали, что большинство ДНК-связывающих белков используют взаимодействие между режимами считывания основания и формы для распознавания своих сайтов связывания ДНК (Slattery et al.2014). Это, в свою очередь, допускает изменения в специфической последовательности нуклеотидов и для конкретного случая Fur, таким образом рационализируя степень вырожденности, обнаруживаемую среди последовательностей распознавания Fur.
Хотя обнаружено, что Lys14, Tyr56 и Arg57 также взаимодействуют с нуклеотидными основаниями в модели гомологии AsFur в комплексе с оператором feoAB1 (рис. 7a), эти взаимодействия не могут в той же степени оправдать структурную рационализацию вышеупомянутые эффекты от наших экспериментов EMSA, что снижает вероятность того, что AsFur взаимодействует с консенсусной последовательностью Vibrio и E.coli Меховой бокс в виде одного димера в форме перевернутого повтора 9-1-9.
Модель гомологии AsFur с E. coli Fur box не показывает прямых контактов в 5′-области консенсусной последовательности Vibrio (выше первого повтора GATAAT), что эквивалентно положению замены A1G. / A2C / T3A; однако вполне вероятно, что Lys14 из DBD мономера B может претерпевать конформационные изменения, чтобы участвовать во взаимодействиях с малыми бороздками. Фактически, предыдущие исследования показали, что коробку из меха следует расширить на 5′-конце, где Baichoo et al.(Baichoo and Helmann 2002) предложили дополнительное расширение T в B. subtilis Fur box, а Chen et al. (Chen et al. 2007), что блок E. coli Fur должен включать последовательность AAT, то есть идентичную консенсусной последовательности Vibrio.
Новый набор векторов для Fur-контролируемой экспрессии белка в условиях депривации железа у Escherichia coli | BMC Biotechnology
Реагенты, плазмиды, программное обеспечение и праймеры
Все реагенты были приобретены в Bioshop Canada, Inc.(Берлингтон, Онтарио), если не указано иное. Плазмиды, использованные в этом исследовании, приведены в таблице 1. Все карты плазмид были созданы с использованием SnapGene® Viewer (GSL Biotech; http://www.snapgene.com). Все последовательности праймеров, использованные в этом исследовании, находятся в Дополнительном файле 1: Таблица S1.
Таблица 1 Плазмиды, использованные в этом исследовании
Производство pFCF1 и pFCF2
Фрагмент ДНК длиной 489 пар оснований (gBlock1; Дополнительный файл 2: Рисунок S1) с фланкирующими сайтами NcoI и EcoRI, содержащими: ( i ) E.coli fepB / entC двунаправленная промоторная область, ( ii ) последовательность тега FLAG, ( iii ) последовательность сайта расщепления протеазой TEV и ( iv ) сайт множественного клонирования (MCS) из pUT18C (Euromedex ) был синтезирован как gBlock® (Integrated DNA Technologies, Сан-Диего, Калифорния). Этот фрагмент расщепляли NcoI и EcoRI (NEB) и клонировали в pACYC184, линеаризованную с помощью тех же рестрикционных ферментов. Полученный вектор был назван pFCF1. Для создания pFCF1- entA , pFCF1- entE и pFCF1- T25 , E.coli entA и entE ORF были амплифицированы с помощью ПЦР из конструкций на основе pCA24N, как сообщалось ранее [21]. Фрагмент B. pertussis T25 амплифицировали с помощью ПЦР из pKT25 (Euromedex). Продукты ПЦР субклонировали в сайты KpnI и EcoRI MCS pFCF1.
Фрагмент ДНК длиной 903 п.н. (gBlock2; Дополнительный файл 3: Рисунок S2), содержащий: ( i ) последовательность метки НА и ( ii ) ген устойчивости к канамицину ( KanR ) из pKT25 (Euromedex). синтезирован как gBlock® (Integrated DNA Technologies, Сан-Диего, Калифорния).Концы этого фрагмента содержали ~ 40-нуклеотидные области, которые перекрывались с соответствующими последовательностями выше и ниже сайтов NcoI и ScaI, соответственно, в pFCF1. Синтезированный фрагмент вставляли в pFCF1, расщепленный NcoI и ScaI, используя смесь Gibson Assembly Master Mix (New England Biolabs) в соответствии с протоколом производителя. Полученный вектор был назван pFCF2. ORF E. coli entA субклонировали между сайтами KpnI и EcoRI расщепленного pFCF2 с образованием pFCF2- entA .Конструкции pFCF1 и pFCF2 были проверены секвенированием ДНК (Университет Макгилла и Центр инноваций Génome Québec).
Производство pFBh2
Фрагмент ДНК длиной 522 п.н. (gBlock3; Дополнительный файл 4: Рисунок S3), содержащий: ( i ) область двунаправленного промотора E. coli fepB / entC , ( ii ) последовательность HA-метки, ( iii ) последовательность сайта расщепления протеазой TEV и ( iv ) сайт множественного клонирования (MCS) из pUT18C (Euromedex) были синтезированы как gBlock® (Integrated DNA Technologies, Сан-Диего, Калифорния) .Концы этого фрагмента содержали 25-нуклеотидные области, которые перекрывались с соответствующими последовательностями выше и ниже сайтов EcoRI и SalI, соответственно, в pBR322. Фрагмент вставляли в pBR322, расщепленную EcoRI и SalI, с использованием смеси Gibson Assembly Master Mix (New England Biolabs) в соответствии с протоколом производителя. Полученный вектор был назван pFBh2. ORF E. coli entB субклонировали в сайты KpnI и EcoRI MCS pFBh2. Конструкция pFBh2 была проверена секвенированием ДНК (Университет Макгилла и Центр инноваций Génome Québec).
CAS-анализы
Все плазмидные конструкции и пустые контрольные векторы трансформировали в соответствующие E. coli BW25113 (F ^—, Δ (araD-araB) 567, ΔlacZ4787 (:: rrnB-3), λ ). ^— , rph-1, Δ (rhaD-rhaB) 568, hsdR514 ) штаммы с нокаутом [22], которые были модифицированы для удаления гена устойчивости к канамицину, как сообщалось ранее [21]. Штаммы, трансформированные pFCF1, pFCF1- entA и pFCF1- entE , высевали на агар LB, содержащий 12.5 мкг / мл тетрациклина. Штаммы, трансформированные pFCF2, pFCF2- entA , высевали на агар LB, содержащий 12,5 мкг / мл тетрациклина и 50 мкг / мл канамицина. Штаммы, трансформированные pFBh2 или pFBh2- entB , высевали на агар LB, содержащий 100 мкг / мл ампициллина. Все планшеты инкубировали в течение ночи при 37 ° C. Ночные культуры (бульон LB с соответствующим антибиотиком) из колоний разводили 1: 1000 в 1 × модифицированной среде M9 [21] и 12,5 мкг / мл тетрациклина с 50 мкг / мл канамицина или 100 мкг / мл ампициллина или без них.Минимальные средние культуры выращивали при 37 ° C в течение ночи. Чашки с CAS-агаром с добавлением соответствующих антибиотиков готовили согласно Payne et al. [23]. На планшеты CAS наносили 1 мкл ночных культур и инкубировали при 37 ° C в течение приблизительно 16 часов. Наличие оранжевых ореолов свидетельствовало о биосинтезе энтеробактина [24]. Каждый анализ CAS проводили в трех экземплярах.
Исследования роста
Отдельные колонии трансформантов, использованные для анализов CAS, использовали для инокуляции бульона LB, дополненного соответствующими антибиотиками.Ночные культуры разбавляли 1: 100 в LB плюс антибиотики, а затем выращивали при 30 ° C до тех пор, пока они не достигли значения A ₆₀₀, равного 1,00. Культуры центрифугировали в течение 1 мин при 21000 × g и клеточные осадки ресуспендировали в 1 × модифицированной среде M9 так, чтобы все культуры были разбавлены до эквивалентной плотности клеток (A ₆₀₀ = 1,00). Затем готовили культуры для измерений роста путем разбавления 1: 1000 в 1 × модифицированной среде M9 плюс 50 мкМ 2,2′-дипиридил, содержащего соответствующий антибиотик. Разбавленные культуры инкубировали при 30 ° C в течение 16 ч при перемешивании.Плотность клеток измеряли как значения A ₆₀₀. Эксперименты по выращиванию проводили в трех повторностях.
Дополнительные исследования роста трансформантов pFCF2- entA были выполнены для демонстрации того, что ген устойчивости к канамицину в этой конструкции находится под контролем Fur. Выбранные колонии из E. coli BW25113 entA ^{— Штамм}, трансформированный pFCF2- entA , использовали для инокуляции 3 мл бульона LB, содержащего 12.5 мкг / мл тетрациклина и 50 мкг / мл канамицина. Ночные культуры, инкубированные при 30 ° C, разбавляли 1: 100 в бульоне LB, содержащем 12,5 мкг / мл тетрациклина и 50 мкг / мл канамицина, и затем выращивали при 30 ° C до достижения A ₆₀₀ 1,0. Культуры центрифугировали в течение 1 мин при 21000 × g и клеточные осадки ресуспендировали в 1 × модифицированной среде M9, так что все они были разбавлены до эквивалентной плотности клеток (A ₆₀₀ = 1,00). Затем были приготовлены культуры для измерений роста путем разбавления 1: 1000 одним из следующих: ( i ) 1 × модифицированная среда M9 плюс 50 мкМ 2,2′-дипиридил, содержащий 12.5 мкг / мл тетрациклина, ( ii ) 1 × модифицированная среда M9 плюс 50 мкМ 2,2′-дипиридил, содержащий 12,5 мкг / мл тетрациклина и 50 мкг / мл канамицина, ( iii ) бульон LB, содержащий 40 мкМ FeSO ₄, 12,5 мкг / мл тетрациклина, 0,2% глюкозы и ( iv ) LB бульон, содержащий 40 мкМ FeSO ₄, 12,5 мкг / мл тетрациклина и 50 мкг / мл канамицина, 0,2% глюкозы. Разбавленные культуры инкубировали при 30 ° C в течение 16 ч при перемешивании. Плотность клеток измеряли как значения A ₆₀₀.Эксперименты по выращиванию проводили в трех повторностях.
Вестерн-блоттинг
Экспрессионные конструкции трансформировали в компетентные клетки E. coli BW25113. Выбранные одиночные колонии трансформантов использовали для инокуляции бульона LB, дополненного соответствующими антибиотиками. Ночные культуры разводили 1: 100 в LB плюс антибиотики, а затем выращивали при 30 ° C до достижения A ₆₀₀, равного 1,0. Культуры центрифугировали в течение 1 мин при 21000 × g и клеточные осадки ресуспендировали в 1 × модифицированной среде M9, а затем разбавляли до эквивалентной плотности клеток (A ₆₀₀ = 1.00). Культуры готовили разбавлением 1: 1000 в обедненной железом среде (1 × модифицированная среда M9 плюс 100 мкМ 2,2′-дипиридил и соответствующие антибиотики) и / или богатой железом среде (бульон LB, содержащий 40 мкМ FeSO ₄, 0,2% глюкозы и соответствующие антибиотики) с последующей инкубацией при 30 ° C в течение 16 ч при перемешивании. Клетки (100 мг сырого веса) из ночных культур осаждали центрифугированием при 3000 × g при 4 ° C в течение 30 мин, а затем ресуспендировали в буфере для лизиса (50 мМ Трис (pH 8,0), 1% н-октил-BD-тиоглюкопиранозид, 3 мкг / мл ДНКазы I, 3 мкг / мл РНКазы A, 30 мкг / мл лизоцима, 1 мМ DTT, 1 × коктейль ингибиторов протеазы).Лизаты целых клеток инкубировали на смесителе для нутации в течение 30 мин при комнатной температуре, а затем центрифугировали в течение 5 мин при 21000 × g. Супернатанты собирали для вестерн-блоттинга. Аликвоты лизатов очищенных клеток разделяли на 10% SDS-полиакриламидных гелях. После гель-электрофореза разделенные белки переносили на PVDF-мембрану с использованием электрофорезной переносной ячейки Mini-Trans Blot (Bio-Rad Laboratories). Мембрану блокировали в течение 1 ч при комнатной температуре, используя 5% сухое обезжиренное молоко в PBST (137 мМ NaCl, 2.7 мМ KCl, 10 мМ Na ₂ HPO ₄, 1,8 мМ KH ₂ PO ₄, 0,2% Твин 20). Блокированные мембраны инкубировали с одним из следующих первичных антител в течение 1 ч при комнатной температуре или при 4 ° C в течение ночи: ( i ) мышиное моноклональное антитело против FLAG (разведение 1: 1000; Thermo Fisher Scientific), ( ii ). ) мышиное моноклональное антитело против НА (разведение 1: 1000; Pierce), ( iii ) мышиное моноклональное антитело против GAPDH (1: 10 000; Thermo Fisher Scientific).Козье антимышиное антитело, конъюгированное с пероксидазой хрена (HRP) (разведение 1: 10 000–1: 20 000; Santa Cruz Biotechnology), использовали в качестве вторичных антител. Активность HRP визуализировали с использованием хемилюминесцентного субстрата SuperSignal ™ West Pico (Thermo Fisher Scientific).
Идентификация активируемых железом и репрессированных Fur-зависимых генов с помощью транскриптомного анализа Neisseria meningitidis группы B
Реферат
Железо ограничено в организме человека-хозяина, и бактериальные патогены реагируют на это. окружающей среды, активируя гены, необходимые для бактериальной вирулентности.Регуляция транскрипции в ответ на железо у грамотрицательных бактерий в значительной степени опосредуется белком-регулятором захвата железа Fur, который в наличие железа связывается с определенной последовательностью в промоторных областях генов под его контролем и действует как репрессор. Здесь мы описываем микрочип ДНК, вычислительных и in vitro исследований для определения регулона меха в патоген человека Neisseria meningitidis группа В (штамм MC58). После добавление железа к обедненной железом бактериальной культуре, 153 гена были с повышенным регулированием и 80 с пониженным регулированием.Только 50% генов, регулируемых железом было обнаружено, что в их промоторе содержатся консенсусные последовательности, связывающие Fur. регионы. Было амплифицировано 42 промоторных участка, 32 из которых были показаны. для связывания меха с помощью гель-сдвигового анализа. Среди этих генов многие из которых никогда не ранее описывались как регулируемые по меху, 10 из них имели повышенную регуляцию на железе Кроме того, демонстрируя, что Fur может также действовать как активатор транскрипции. Выравнивание последовательностей Fur-связывающих областей показало, что N. meningitidis Меховая коробка включает в себя высококонсервативные (NATWAT) ₃ мотив.Кластерный анализ оказался эффективным в прогнозировании Гены, регулируемые мехом, даже если компьютерное предсказание не смогло идентифицировать Последовательности, подобные Fur-box в их промоторных областях. Ген, созданный на микрочипах профилирование выражений представляется очень эффективным подходом к определению новых регулоны и регуляторные пути у патогенных бактерий.
Железное голодание используется многими патогенами как сигнал о том, что они находятся в среды хозяина, приводящей к выражению факторов вирулентности, которые транскрипционно регулируется железом через регулятор поглощения железа протеин Мех.Мех образует димер с двухвалентным железом и связывается с консенсусная последовательность (Fur-box), которая перекрывает промоторы регулируемых железом гены, что приводит к подавлению транскрипции. Гомологи меха были идентифицированы у многих грамотрицательных и -положительных бактерий, в том числе важных патогены человека (1–5). Недавние исследования показывают, что Fur функционирует как регулятор генов, участвующих в различные клеточные процессы, такие как реакция на кислотный шок, хемотаксис, метаболические пути, биолюминесценция, производство токсинов и факторы вирулентности (6–11).У некоторых организмов мех может также действовать как положительный регулятор при контроле генов. выражение (12–15), хотя взаимодействия между белком Fur и операторской областью гены, активируемые железом, подробно не изучены.
Патогенные neisseriae, по-видимому, также регулируют экспрессию нескольких гены в ответ на железо, включая специфические факторы вирулентности (16). Однако исследования Нарушена мехзависимая регуляция железа генов Neisseria из-за невозможности сконструировать нулевой мутант fur .Промах мутант Neisseria gonorrhoeae fur был изменен в железная регуляция широкого спектра генов, поддерживающих существование большого набор генов, которые могут находиться под контролем меха (17). Наши последние исследования в N. gonorrhoeae установили, что гонококковый белок Fur связывается с промоторными областями нескольких генов, участвующих в различных метаболических процессах. пути (18). Эти первоначальные отчеты привели нас к постулированию, что патогенные neisseriae обладают широким спектром генов, экспрессия которых находится под контролем транскрипционной регуляторный белок Fur.Для дальнейшего определения репертуара генов, регулируется железом и мехом у neisseriae, в настоящем исследовании мы использовали ДНК технология микрочипов для мониторинга кинетики экспрессии всего гена репертуар из Neisseria meningitidis MC58 (19, 20) в ответ на железо.
Экспериментальные процедуры
Условия роста. Выращивали культур N. meningitidis MC58. в среде определенного химического состава с 12,5 мкМ десфераля (обедненного железом) в течение 3 часов.После этой адаптации к железному голоданию половина культуры пополнилась с 100 мкМ нитрата железа, и рост продолжался в течение 5-часового периода. Аликвоты из двух культур были удалены в разные моменты времени, и бактериальная РНК был подготовлен, как описано ниже.
Процедуры, гибридизация и анализ микрочипов. ДНК-микрочип анализ был выполнен, как описано (19). Зонд гибридизации был составлен смесью по-разному меченых кДНК, полученных из бактериальные культуры, выращенные в условиях с высоким или низким содержанием железа.Для каждого изображения, значение сигнала каждого пятна определялось путем вычитания среднего значения интенсивность пикселей фонового значения и нормализация к медиане всех точечные сигналы. Пятна, дававшие отрицательное значение после фона вычитания, произвольно присвоили значение стандартного отклонения отрицательные контроли. Данные, полученные в результате прямой и обратной маркировки, были усредненные для каждого места. Коэффициенты экспрессии были получены в каждый момент времени с помощью прямое сравнение РНК, полученной из бактериальных культур, выращенных в наличие железа с РНК, полученной из бактериальных культур, выращенных в наличие десферала.Данные для каждой временной точки представляют собой среднее значение на минимум три независимых эксперимента. Точность и статистическая значимость соотношений экспрессии были определены с применением анализа, предоставленного программа КИБЕР-Т (http://visitor.ics.uci.edu/genex/cybert). Чтобы обработать наши данные с помощью CYBER-T, для каждого пятна мы рассчитали коэффициенты log 2 и парное значение выражения для оценки среднего уровня выражения в пределах наборы экспериментальных и контрольных данных. Гены, коэффициенты экспрессии которых изменились > 2 раза и имел значений P <0.01 считались активными или с пониженным регулированием. Гены со значением P > 0,01 не рассматривались как регулируется, независимо от уровня их дифференциальной экспрессии. Модель P значение, полученное расчетами CYBER-T, представляет собой вероятность специфический ген, который будет по-разному экспрессироваться в двух экспериментальных условия.
Кластерный анализ. Наборы данных, полученные с помощью анализа микрочипов в течение 5 часов роста были подвергнуты кластерному анализу с помощью ARRAYSCOUT программное обеспечение (LION bioscience, Гейдельберг).Иерархическая кластеризация использовалась для анализировать паттерны экспрессии генов с повышенной и пониженной регуляцией. В нецентроидный UPGMA (метод невзвешенных парных групп со средним арифметическим; исх. 21) алгоритм был применен к генерировать набор иерархических кластеров на профилях экспрессии 235 регулируемые гены.
ОТ-ПЦР. Тотальная РНК была выделена из N. meningitidis MC58 с помощью с использованием набора RNeasy (Qiagen, Валенсия, Калифорния), а ОТ-ПЦР выполнялась с использованием набор SuperScript RT-PCR (Invitrogen), рекомендованный производителем.Образцы объемом пять микролитров отбирали с интервалом в пять циклов ПЦР и электрофорез в 1% агарозном геле. Плотность полос измерялась с помощью программного обеспечения для количественного анализа Bio-Rad QUANTITY ONE 4.0.
Исследования связывания меха. Способность меха связываться с геном проксимальные области промотора определяли по электрофоретической подвижности-сдвигу анализ (EMSA) на ПЦР-амплифицированных фрагментах, как описано (18).
Результаты
Глобальный анализ N.meningitidis Экспрессия гена во время роста в условиях Состояния, насыщенные железом и обедненные железом. Чтобы изучить одновременное выражение всего репертуара генов N. meningitidis MC58 в ответ на железа, РНК-профили бактерий, выращенных в присутствии и в отсутствие железа, были сравнивали в течение 5-часового периода с использованием микрочипов полного генома. Рост Н. meningitidis MC58 в присутствии железа изменяет экспрессию 235 гены (11% генома N. meningitidis MC58) более чем в 2 раза в трех независимые эксперименты (таблица 1 и рис.4, которые опубликованы как вспомогательные информация на веб-сайте PNAS, www.pnas.org). Высокий процент генов был активирован (153 гена), тогда как 80 были активированы. с пониженной регулировкой и 2 были либо с повышением, либо с понижением в зависимости от времени роста. Функциональная классификация генов с измененной экспрессией профиль показал, что наиболее распространенной группой генов было семейство гипотетических генов (84 гена), из которых 49 были активированы, а 34 — с пониженной регуляцией (рис. 4). Три других хорошо представленных семьи, которые были в первую очередь активируются при добавлении железа, включая гены, участвующие в выработке энергии метаболизм, синтез белка и сборка клеточной оболочки.В добавок к гены, принадлежащие к гипотетическому семейству, наиболее многочисленным семействам гены с пониженной регуляцией — это гены, кодирующие белки, участвующие в клеточных и транспортные процессы, включая гены, которые непосредственно отвечают за железо захват и транспортировка.
Вычислительный анализ последовательности связывания меха в Промоторные / операторные регионы генов, регулируемых железом. В попытке предсказать, какой из железорегулируемых генов N. meningitidis контроль транскрипционного регуляторного белка Fur, мы сначала сгруппировали все регулируемые железом Н.meningitidis в предполагаемые транскрипционные единицы (определяемые как кластер смежных генов, имеющих межгенные области длиной менее 50 п.н.). Исходя из этого анализа, 235 Гены, регулируемые железом, были объединены в 203 предполагаемых транскрипционных единицы. Мы затем выполнили вычислительный анализ проксимальных областей промотора все регулируемые железом транскрипционные единицы в поисках потенциального связывания с Fur последовательности. Метод поиска гомологии был выполнен с использованием FINDPATTERN программа WISCONSIN PACKAGE (Accelrys, San Diego) по умолчанию параметры, допускающие максимальное несовпадение 37%.Вышестоящие области длиной 400 п.н. каждой транскрипционной единицы сканировали на наличие ( и ) Escherichia coli Консенсусная последовательность Fur (не менее 12 из 19 п.н. идентичность) (22), ( ii ) консенсусная последовательность Neisseria Fur (идентичность не менее 13 п.н. из 21 п.н.) (23), ( iii ) (NATWAT) ₃ последовательность (совпадение 12 из 18 п.н.), недавно предложенная в качестве E. coli Меховой ящик (6, 24) и ( iv ) Связывающие с мехом последовательности меха Neisseria gonorrhoeae и генов fbpA (не менее 12 из 19 и 13 из 33 пар пар соответственно) недавно нанесен на карту в результате экспериментов по отпечатку ДНК (23, 25).Этот анализ показал что ≈50% всех железо-регулируемых генов N. meningitidis (включая гены с повышенной и пониженной регуляцией) могут находиться под прямым контролем Fur (Таблица 2, которая опубликована в качестве вспомогательной информации на веб-сайте PNAS). В частности, 104 региона имели гомологию хотя бы с одним из пяти Последовательности связывания меха, используемые для компьютерного анализа. Из этих регионов 70 было обнаружено, что они несут последовательность ДНК с достаточной гомологией Neisseria или E.coli Fur консенсусная связывающая последовательность в пределах Вышестоящие последовательности длиной 250 п.н. Также было обнаружено, что подмножество этих генов содержит последовательности с гомологией консенсусной связывающей последовательности Fur, состоящей из три повтора последовательности NATWAT. В некоторых случаях отдельные меховые коробки были обнаружены более одного раза на одном и том же межгенном участке. Обычно Последовательности, связывающиеся с мехом, располагались в пределах 150 п.н. от начала транскрипции. сайт генов с пониженной регуляцией, тогда как Fur-связывающие последовательности гены, активируемые железом, имели более разбросанное распределение (данные не показаны).
Биохимическое подтверждение активности связывания с мехом. Для поддержки надежность как данных микрочипа, так и компьютерных предсказаний Fur-box, мы отобраны четыре гена, репрессированных железом ( recN , NMB0034, NMB0744 и NMB0866) и четыре гена с усиленной регуляцией ( pan1, kat, nspA и NMB1436) несущие высококонсервированные меховые коробки и подвергали их двум типам анализ. Во-первых, мы измерили их уровни транскрипции при избытке железа и -удаленные условия с помощью ОТ-ПЦР, начиная с тех же образцов РНК, которые использовались в эксперименты с микрочипами.Во-вторых, вышележащие промоторные области этих генов были ПЦР-амплифицированы и использованы в анализе сдвига геля с E. coli и / или Neisseria Мех. Эти два анализа подтвердили микрочип и данные компьютерного прогнозирования, соответственно (Таблица 2, Рисунок 1).
Рис.1.
RT-PCR проверка соотношений экспрессии микрочипов и EMSA промотора области генов с повышенной и пониженной регуляцией. ( A Левый и Центральный ) ОТ-ПЦР и относительное количество мРНК rmp , использованных как отрицательные контроль, полученный из 2-часовой культуры, выращенной в условиях богатого железом (Fe) и -обеденные (Df) условия.Циклы ПЦР, в которых анализировали транскрипты: указано над каждой полосой. M, молекулярная масса. ( A Правый ) Меховой переплет в область промотора rmp с помощью анализа EMSA. Дорожки: 1, без белка; 2, E. coli Мех; 3, Neisseria Мех. ( B ) Анализ ОТ-ПЦР репрезентативных генов с пониженной и повышенной регуляцией, полученных из бактериальных культуры, взятые через 2, 3 и 5 часов роста в богатых железом (Fe) и обедненных железом (Df) условия. ( C ) EMSA-анализ проксимальных областей промотора генов, регулируемых железом, представленных в B .Дорожки: 1, без белка; 2, E. coli Мех; 3, Neisseria Мех.
Кроме того, случайным образом были выбраны 34 регулируемых единицы транскрипции и их расположенные выше промоторные области были амплифицированы и подвергнуты гелевому сдвигу. анализ. В выборку вошли 20 единиц транскрипции с узнаваемыми Последовательности меха-бокса и 14 генов, для которых как компьютерный анализ, так и руководство проверка не смогла идентифицировать достаточно консервативную консенсусную последовательность Fur в их верховьях (табл. 2).Всего 32 из 42 промотор-проксимальных области, подвергнутые гель-сдвиговому анализу, относились к классу подавленные транскрипционные единицы; остальные 10 регионов были из активированные гены (таблица 2). И E. coli , и Neisseria . Было обнаружено, что белки меха связываются с промоторными / операторными областями 24 из 32 с пониженной регуляцией транскрипционных единиц и 8 из 10 транскрипционных единиц с повышенной регуляцией единицы измерения.
Наличие экспериментальных данных по активности связывания меха 42 промотор-проксимальные области дали возможность определить надежность in silico предсказание Neisseria Меховая коробка.Мы нашли что 27 из 28 промоторных областей, несущих узнаваемые Fur-боксы, способны к связывание E. coli и Neisseria Fur (таблица 2). в случай 14 амплифицированных фрагментов без распознаваемых последовательностей Fur-box, 9 не были задержаны Фуром в экспериментах со сдвигом геля; однако оставшиеся 5 фрагментов показали сродство как к E. coli , так и к Neisseria Белки меха (таблица 2).
Анализ консенсусной последовательности связывания меха N. meningitidis. The Гель-сдвиговой анализ, описанный выше, позволил идентифицировать 32 фрагмента ДНК. способен взаимодействовать как с Neisseria , так и с E. coli Fur, 27 из которых имели предсказуемую меховую коробку. Поэтому мы предположили, что последовательность выравнивание этих фрагментов вместе с выравниванием Промотор-проксимальные области ранее охарактеризованного Neisseria Зависимые от меха транскрипционные единицы (17, 18, 26), должен определять достаточно надежный Н.meningitidis Консенсусная последовательность меха. К чтобы облегчить это выравнивание, мы сначала сканировали каждый фрагмент на наличие последовательность Fur E. coli , а затем запустила гомологию поиск по ограниченному участку каждого из этих фрагментов ≈70 нт с E. coli -подобная Fur-связывающая последовательность. В некоторых случаях более одного Меховая шкатулка была предсказана на том же фрагменте, в результате чего общее количество области, выровненные для определения консенсусной последовательности Fur-box.Анализ определил консервативную область из ≈40 нуклеотидов, сосредоточенную вокруг высоко консервативная последовательность, состоящая из 4-кратного повторения гексамера NATWAT недавно предложенный Escolar et al. (24) быть E. coli Fur-связывающая последовательность (рис. 2). Основываясь на нашем настоящем анализе, N. meningitidis Fur-box включает последовательности, гомологичные предлагаемым E. coli и N. gonorrhoeae Меховые ящики (таким образом полностью оправдывая способность E.coli Мех для связывания N. meningitidis , регулируемых железом промотор-проксимальные области), но простирается на более длинный нуклеотидный участок в какие нуклеотиды AT особенно многочисленны.
Рис.2.
Множественное выравнивание последовательностей вышележащих областей EMSA-положительных генов. ( Верхний ) График, показывающий представление каждого нуклеотида полученная консенсусная последовательность выше частоты нуклеотидов генома MC58. ( Нижний ) Попарное согласование производного консенсуса с Предлагаемые ранее меховые коробки.Красным выделен наиболее консервативный регион. полученного консенсуса, совпадающего с ранее предложенным Fur-связывающим консенсусная последовательность (16–18).
Кластерный анализ генов, регулируемых железом Neisseria. The доступность профилей экспрессии РНК в восьми различных временных точках цикл роста позволил нам провести кластерный анализ всех Neisseria гены, регулируемые железом. Когда неконтролируемый иерархический кластеризация, кластер из 39 генов с пониженной регуляцией может быть определена на восьмом уровне иерархии, которая была значительно обогащена экспериментально доказано, что гены связывают мех (Рисунок.3). Этот кластер включал 26 Fur-регулируемых генов, подвергнутых либо гелевому анализу в этом исследовании, или для анализа гелевого сдвига и / или следа в N. gonorrhoeae (17, 18, 26). Наш кластерный анализ указали, что несколько генов, демонстрирующих положительный сдвиг в гелеобразном сдвиге анализ, сгруппированный в кластеры с генами, которые были отрицательными в гель-сдвиге анализ, указывающий на то, что не все гены, как было установлено, связываются с белком Fur имел аналогичный профиль экспрессии РНК. Кроме того, 9 из 11 активируемых генов промоторные области которых, как было показано, связывают Fur, также сгруппированы в общие кластер, характеризующийся постоянно активируемыми генами (Рисунок.3). Взяты вместе, кластерный анализ ясно показывает, что все гены демонстрируют постоянную Понижающее регулирование в условиях повышенного содержания железа регулируется Fur. Гены наличие разных профилей транскрипции не может быть исключено a priori от регулона меха и, вероятно, представляют гены с более сложным регуляторным механизм, в котором Fur не может быть исключительным регуляторным белком.
Рис.3.
Неконтролируемая иерархическая кластеризация N. meningitidis гены, регулируемые железом.Гены сгруппированы по сходству их транскрипционный профиль в течение периода роста. Коэффициенты экспрессии генов: представлены столбиками; зеленый и красный указывают на пониженную и повышенную регуляцию генов, соответственно. Вертикальные линии обозначают кластеры, содержащие гены. проанализированы EMSA, названия которых указаны рядом, вместе с результаты EMSA-анализа и вычислительного поиска Fur-box. В темно-зеленые вертикальные полосы указывают на пониженную регуляцию кластеров генов, а светло-зеленые вертикальные полосы указывают на группу сильно пониженных, Мех-зависимые гены.Названия генов организованы в виде единой транскрипции. единицы отображаются одним цветом.
Обсуждение
Обширные физиологические исследования патогенных neisseriae выявили относительно немного примеров регуляции экспрессии генов путем связывания ДНК белки. Среди них было предложено, чтобы регуляторный белок Fur функция контроля нескольких предполагаемых факторов вирулентности, необходимых для выживание в человеческом хозяине. Однако подробный анализ роли Регуляция гена Fur in Neisseria ранее не проводилась.В этом исследовании мы использовали технологию микрочипов вместе с вычислительной техникой. анализ и in vitro исследований связывания для идентификации мишеней Fur белок, регулирующий транскрипцию, у N. meningitidis . Наши исследования демонстрируют, что железо может регулировать широкий спектр N. meningitidis гены через Fur-зависимые и -независимые пути.
Наш анализ микроматрицы показывает, что в условиях обеднения железом несколько генов, связанных с вирулентностью, сверхэкспрессируются.К ним относятся NMB0393, NMB0977 и NMB1857, которые гомологичны E. coli, вовлеченным генам . в производстве токсинов и множественной лекарственной устойчивости (27), NMB0103, который кодирует предполагаемый белок устойчивости к бактериоцину и гены, кодирующие поверхностные белки потенциально участвует в клеточной адгезии: белок адгезионного комплекса NMB2095, белок NMB2016, связанный с пилином IV типа, липопротеин NMB1898, FrpC белок (NMB1415) и гены, родственные frpA / C , NMB0364, NMB0584, NMB1402, NMB1405, NMB1412 и NMB1414.Наблюдения, которые большинство эти гены группируются в одно и то же семейство кластеров, и проксимальный к промотору области нескольких из этих генов сильно связывают Fur в гелевом сдвиговом анализе. предполагают, что регуляция этих генов напрямую опосредуется Fur. ДНК механизмы рекомбинации и восстановления являются дополнительными важными процессами для Neisseria патогенез и может поддерживать бактериальную адаптацию к хост-среда. Сообщалось, что железное голодание вызывает антигенные действия пилина. вариация за счет увеличения частоты рекомбинационных событий (28).В соответствии с этими исследования, наши результаты показывают, что ген recN находится под контролем меха и предполагают, что в N. meningitidis Fur может быть непосредственно участвует в процессах рекомбинации и репарации ДНК.
Интересным открытием в этом исследовании было наблюдение, что рост N. meningitidis в условиях повышенного содержания железа приводило к повышенная экспрессия широкого спектра генов, значительная часть которые несут потенциальные Fur-связывающие последовательности в проксимальном к промотору регионы.В частности, мы показали, что выражение secY и sodB , ранее продемонстрированные как компоненты гонококкового меха регулон (18), также увеличилось в условиях насыщения железом у N. meningitidis , и что Мех был способен связывать промоторную область этих генов. Другой интересные гены, которые активируются во время роста с железом, были НСПА и АНИА . Известно, что белок NspA вызывает защитный ответ антител против Н.meningitidis серогрупп A, B, и C (29, 30) и недавно был предложен в качестве вакцины-кандидата для профилактики менингококковой инфекции. В ani Ген , кодирующий редуктазу оксида нитрита, является одним из ключевых ферменты, участвующие в анаэробном дыхании нитратов / нитритов и азота ассимиляции, и было показано, что он является основным антигеном у пациентов с гонококковой инфекцией. болезнь (31). Рядом с aniA и транскрибируется в обратном направлении — это norB ген, который кодирует редуктазу оксида азота, второй фермент азота путь ассимиляции.Этот ген также постоянно активируется во время роста. с железом и, по-видимому, имеет в своем вышестоящая промоторная область. Наши результаты показывают, что aniA и norB может пройти как минимум два уровня положительного регулирования; один опосредовано Fur, а другое — положительным регулятором Fnr, геном который, как известно, активируется в строгих анаэробных условиях (32, 33). Точная регулировка из этих двух генов могут иметь важные биологические последствия.Хотя это согласованный механизм регуляции ожидает экспериментальной поддержки, возможная роль для fnr в N. meningitidis может быть предусмотрена вирулентность, посредством чего Fnr, совместно с Fur, регулирует ряд генов, которые становятся имеет значение для оптимального выживания и роста бактерий в организме хозяина.
Некоторые из генов, регулируемых железом, идентифицированных в этом исследовании, относятся к гипотетическое семейство генов, подчеркивая, что еще предстоит понять биология и биохимия регуляции железа в Neisseria .Особенно интересен трехгенный оперон (NMB 1436–38), который повышается при добавлении железа. Вычислительный анализ показывает, что один из эти гены кодируют белок, несущий кластер железо-сера, мотив часто встречается в ферментах, участвующих в детоксикации кислорода радикалы. Недавно мы сконструировали мутант N. meningitidis . несущие полную делецию этого оперона и обнаружили, что мутант очень чувствительны к перекиси водорода (R.G. and G.G., неопубликованные исследования).Таким образом, разумно предположить, что функция этого оперона состоит в том, чтобы улавливать высокотоксичные кислородные радикалы, продуцируемые в клетке реакция Фентона, катализируемая железом.
Принимая во внимание, что репрессивный механизм Меха был тщательно исследован (6) механизм положительного регуляция этим белком не была хорошо выяснена (13, 14). Недавнее исследование (15) предполагает, что часть Активирующие свойства меха могут быть определены на посттранскрипционном уровне. В г.coli , малая РНК (RyhB), которая негативно регулируется Fur было показано, что подавляет набор белков, запасающих железо, когда железо предельное (15). Хотя наши поиск генома N. meningitidis MC58 не выявил ryhB гомолог, нельзя исключить наличие такого механизма у Н. meningitidis . Мех также может использовать различные механизмы ДНК. привязки, которые зависят от оператора, что приводит к дифференциальному регулированию. Delany et al. (12) продемонстрировали, что в Helicobacter pylori белок Fur связывает к активированному железом промотору pfr и что Fe ²⁺ снижает эффективность связывания. Кроме того, эти исследователи сообщили, что структурные различия очевидны между активированным железом pfr промотор и промотор, репрессированный железом.
Представленные здесь данные показывают, что железо также может регулировать ген выражение в независимой от меха манере.Примерно 50% гены с пониженной регуляцией не представляют каноническую консенсусную последовательность Fur в их вышестоящие промоторные области. Точно так же мы не наблюдали привязки Белок меха к промоторным областям некоторых из этих генов. Существование железозависимого, независимого от меха регулирования привлекательно и заслуживает дальнейший экспериментальный анализ. В этом контексте недавно сообщалось что рост Pseudomonas aeruginosa и Pasteurella multocida в присутствии железа также приводит к увеличению экспрессия высокой доли генов (34, 35).Однако шкатулка из меха была наблюдается только в подгруппе регулируемых P. aeruginosa генов, предполагая участие дополнительных регуляторных белков в регуляции гены, регулируемые железом.
Связывающая последовательность белка Fur постоянно пересматривалась несколько исследователей и был предметом бурных дебатов. de Lorenzo et al. (36) предложили 19-бп. консенсус, основанный на анализе ДНКазы. Кроме того, анализ 33 генов промоторы, идентифицированные как железо и мех, регулируемые методом титрования меха выявили аналогичный консенсус из 19 пар оснований (10).А 21-п.н. Консенсус Neisseria , который на ≈80% гомологичен E. coli был получен консенсус и предложен в качестве связывающей последовательности протеина Neisseria Fur (23). Хотя 19- и Консенсусы из 21 п.н. служат хорошими индикаторами для идентификации гена с регуляцией Fur, Fur-связывающая последовательность идентифицирована в промоторах нескольких Fur-регулируемых гены отличались от классической Fur-связывающей последовательности (37–42). В свете этих результатов Fur-связывающая последовательность была переинтерпретирована как быть комбинацией трех повторов 6-bp 5′-NAT (A / T) AT-3 ‘скорее чем палиндром из 19 п.н. (24).Наличие гексамерных повторов с различной степенью гомологии может позволить для связывания меха с различным сродством, что позволяет регуляция Fur-зависимых генов (6, 12, 24). Недавние исследования Гены, регулируемые мехом в B. subtilis , предположили, что перекрывающиеся Мотив гептамера 7-1-7 — минимальная единица распознавания для меха с высоким сродством переплет (43, 44). Наше выравнивание промотор-проксимальные области железа N. meningitidis и Гены, регулируемые мехом, идентифицированные в этом исследовании, предполагают, что гексамерный повтор 5’NATW (A / T) AT 3 ‘представляет собой Fur-связывающую единицу и находится в согласие с предложенным требованием о трех минимальных повторяющихся единицах для эффективный меховой переплет (24).
Хотя компьютерные прогнозы и анализ EMSA позволяют идентификации Fur-связывающих областей, следует соблюдать осторожность при назначении a priori биологическое значение этих результатов. Действительно, ни один анализ не касается сродства меха к конкретному промотору / оператору регионах или, в конечном итоге, соответствующая функция этих взаимодействий в vivo . В этом контексте интересно отметить, что когда вышестоящие области 600 нечувствительных к железу генов были подвергнуты компьютерной анализ с использованием консенсуса Fur-box, определенного в этом исследовании, 31% генов по-видимому, несет предполагаемый сайт связывания меха.Хотя этот процент статистически ниже, чем 51% частота, обнаруженная в генах, регулируемых железом (см. Результаты ), он все еще очень высокий. Высокий процент Меховые ящики вблизи генов, нечувствительных к регуляции железа, могут быть объяснено, если предположить низкое сродство меха к этим регионам.
Используя иерархический кластерный анализ, мы смогли сгруппировать Neisseria железо-регулируемых генов в кластеры генов, имеющие сходные транскрипционная активность на протяжении всего цикла роста.Затем мы проверили, есть ли были кластеры, содержащие только гены со связывающими Fur последовательностями. Действительно, был создан кластер генов, состоящий исключительно из Fur-связывающих генов. Гены этой группы характеризуются профилем экспрессии постоянного подавление регуляции, которое для некоторых генов было всего 10-кратным и никогда <1,5 раза по сравнению с экспрессией в условиях избытка железа. Учитывая, что 32 из 68 транскрипционных единиц с пониженной регуляцией были подвергнуты анализу сдвига геля и что предыдущие исследования продемонстрировали Fur-связывающая активность 5 дополнительных транскрипционных единиц с подавлением регуляции (17, 18), этот анализ, по-видимому, быть мощным инструментом для прогнозирования генов, регулируемых Fur (доступны данные о гелевом сдвиге). 46 генов, что соответствует 58% всех генов с пониженной регуляцией).Учитывая что в промоторной области некоторых из этих генов канонический Fur-бокс последовательность не может быть распознана, кластерный анализ, а не Fur-box прогнозирование, по-видимому, является наиболее надежным подходом к прогнозированию Меховая активность. Наш гель-сдвиг и кластерный анализ также показали, что существуют гены, которые связывают Fur, но принадлежат к разным кластерным семействам. Один Возможная интерпретация этих результатов заключается в том, что при экспериментальном В используемых условиях на транскрипцию этих генов влияют, помимо Мех, другие регулирующие факторы.Если это будет экспериментально продемонстрировано, кластерный анализ станет особенно полезным для выяснения новых механизмов регуляции гена железа с участием более чем одного регуляторного белка.
Благодарности
Мы благодарим Сарику Агарвал, Бориса Шмигельски, Серджио Баллони, Клаудио Донати, В. Масиньяни и М. Скарселли за помощь в компьютерном анализе, Изабель Делани за полезные обсуждения, Филиппо Рандаццо и Джоэля Бергера за определение и конструирование микрочипов, а также A.Майорино для опытных секретарей помощь. Это исследование было поддержано грантами службы общественного здравоохранения U19AI. 38515 и AI48611 (для C.A.G.).
Сноски
↵¶ Кому следует обращаться по адресу: Отделение медицины, секция инфекционных болезней, Медицинский факультет Бостонского университета, 650 Олбани Street, Boston, MA 02118. Электронная почта: caroline.genco {at} bmc.org.
↵ † Р.Г. и С.С. в равной степени внесли свой вклад в эту работу.
Сокращение: EMSA, анализ сдвига электрофоретической подвижности.
Поступило 6 января 2003 г.
Copyright © 2003, Национальная Академия Sciences
Полногеномная характеристика регуляторной сети Fur выявляет связь между деградацией катехолов и метаболизмом бациллибактина в Bacillus subtilis
Abstract
Регулятор захвата железа (Fur) является глобальным биосенсором железа во многих бактериях.Мех функционирует как активируемый железом репрессор транскрипции для большинства регулируемых им генов. Есть несколько примеров, когда holo-Fur прямо или косвенно активирует транскрипцию. Недавние исследования показывают, что апо-Fur может также действовать как положительный регулятор и, помимо метаболизма железа, Fur-регулон может охватывать другие биологические процессы, такие как синтез ДНК, энергетический метаболизм и образование биопленок. Здесь мы получили геномное представление регуляторной сети Fur в Bacillus subtilis с использованием ChIP-seq.Помимо известных сайтов-мишеней Fur, было идентифицировано 70 предполагаемых сайтов связывания ДНК, и подавляющее большинство из них имели более высокую занятость в условиях достаточного количества железа. Среди новых обнаруженных сайтов особый интерес представляет сайт связывания Fur в промоторной области оперона catDE . Этот оперон, кодирующий катехол-2,3-диоксигеназу, имеет решающее значение для деградации катехолов и находится под отрицательной регуляцией CatR и YodB. Эти три репрессора действуют совместно, регулируя транскрипцию catDE , при этом Fur функционирует как датчик ограничения железа, а CatR — как главный датчик катехинового стресса.Генетический анализ предполагает, что CatDE участвует в метаболизме катехолат-сидерофоров бациллибактина, особенно когда бациллибактин постоянно продуцируется и накапливается внутри клетки, потенциально образуя эндогенные токсичные производные катехина. Это исследование документирует роль разложения катехолов в метаболизме бациллибактина и предоставляет доказательства того, что катехол-2,3-диоксигеназа может детоксифицировать эндогенно продуцируемые субстраты катехинов в дополнение к более широко изученной роли в биоразложении ароматических соединений и загрязнителей окружающей среды.
Значение Многие бактерии синтезируют высокоаффинные хелаторы железа (сидерофоры). Получение железа, опосредованное сидерофором, является эффективной и широко используемой стратегией для удовлетворения потребностей бактерий в железе, необходимом для их клеток. Один известный класс сидерофоров использует катехолатные группы для хелатирования железа. B. subtilis бациллибактин, структурно похожий на энтеробактин (производимый кишечными бактериями), представляет собой сидерофор из трискатехолата, который после импорта гидролизуется до мономерных единиц с высвобождением железа.Однако окончательная судьба этих катехоловых соединений и их потенциальная токсичность ранее не были определены. Здесь мы выполнили полногеномную идентификацию сайтов связывания Fur in vivo и обнаружили связь между деградацией катехолов и метаболизмом бациллибактина в B. subtilis. Помимо своей роли в детоксикации катехолов окружающей среды, катехол-2,3-диоксигеназа, кодируемая catDE , также защищает клетки от интоксикации эндогенными метаболитами катехолов, производными бациллибактина, в условиях ограниченного количества железа.Эти данные проливают свет на путь деградации и рециркуляцию предшественников катехолатных сидерофоров.
Введение
Железо является важным микроэлементом для большинства бактерий. Он необходим для многих биологических процессов, но в избытке может быть токсичным. Различные системы стресса, опосредованные железом, реагируют на изменения доступности железа в окружающей среде (1, 2). Ограничение содержания железа побуждает системы накопления извлекать железо из окружающей среды и активирует системы для мобилизации и определения приоритетности использования железа (3).И наоборот, избыток железа вызывает системы накопления и оттока для поддержания нетоксичных уровней внутриклеточного свободного лабильного железа (4, 5). Эти реакции должны тщательно координироваться регуляторами, реагирующими на железо, чтобы обеспечить эффективный баланс железа в клетке. Регулятор захвата железа (Fur) является ключевым регулятором гомеостаза железа у многих бактерий (6, 7). Fur контролирует уровни внутриклеточного железа и регулирует транскрипцию систем поглощения, использования, хранения и оттока железа (7-9).
Реглон мех охарактеризован у многих бактерий.У B. subtilis регулон меха состоит примерно из 29 оперонов, многие из которых участвуют в приобретении железа. Они кодируют механизм биосинтеза эндогенных сидерофоров (бациллибактин, BB) и системы поглощения элементарного железа, цитрата железа, BB и различных ксенозидерофоров, которые секретируются другими микробами (9). В общем, Fur функционирует как активируемый железом репрессор транскрипции для большей части своего регулона. В условиях избытка железа Fur связывается со своим кофактором Fe ²⁺, и образующийся голо-Fur связывается со своими сайтами-мишенями и репрессирует транскрипцию своих генов-мишеней; при ограничении железа Fur теряет свой кофактор, а апо-Fur диссоциирует от ДНК, что приводит к дерепрессии его регулона.Недавние результаты показывают, что Furрегулон дерепрессируется тремя последовательными волнами (3). По мере того как клетки переходят от достаточного количества железа к дефициту, клетки Bacillus (i) увеличивают свою способность импортировать обычные формы хелатного железа, которые уже находятся в их среде, таких как элементарное железо и цитрат трехвалентного железа, (ii) вкладывают свою энергию в синтез своих владеют сидерофором BB и продуцируют высокоаффинные системы импорта, опосредованные сидерофором, для улавливания железа, и (iii) активируют малую РНК FsrA и ее белки-партнеры для приоритетного использования железа (3).
Помимо своей регуляторной роли репрессора транскрипции, holo-Fur также может активировать экспрессию генов, прямо или косвенно (5, 10, 11). Например, у Escherichia coli Fur положительно регулирует экспрессию гена запаса железа ftnA , конкурируя с репрессором H-NS при повышенных уровнях железа (5), а Listeria mononcytogenes Fur активирует отток железа FrvA. для защиты клеток от интоксикации железом (10).Последние исследования предположили, что апо-Fur может также действовать как положительный регулятор (12) и, помимо метаболизма железа, регуляторон Fur может распространяться на другие биологические процессы, такие как синтез ДНК, энергетический метаболизм и образование биопленок (12-15). Эти данные побудили нас получить геномное представление регуляторной сети Fur в ответ на доступность железа в B. subtilis. Помимо известных сайтов-мишеней Fur, 70 предполагаемых сайтов связывания ДНК были идентифицированы с помощью иммунопреципитации хроматина в сочетании с высокопроизводительным секвенированием (ChIP-seq).Обращает на себя внимание сайт связывания, расположенный в промоторной области оперона catDE . Этот оперон кодирует одноядерный фермент железа, катехол-2,3-диоксигеназу, который имеет решающее значение для деградации катехолов (16).
B. subtilis — почвенный микроб. В естественной среде обитания B. subtilis подвергается воздействию многих токсичных ароматических соединений, которые выделяются из разлагающихся растений, грибов, животных и промышленных отходов (17-19). Ароматические соединения являются одними из наиболее распространенных загрязнителей окружающей среды, и большинство из них окисляются до катехолов до того, как бензольные кольца расщепляются (20).Катехины устойчивы в окружающей среде и могут подвергаться широкому спектру химических реакций вне или внутри клетки: (i) комплексообразование с тяжелыми металлами, (ii) окислительно-восстановительный цикл и (iii) образование активных форм кислорода (ROS) в результате реакции. с ионами металлов и кислородом. Эти процессы могут повредить ДНК и белок, а также нарушить мембранный потенциал (21).
Катехолдиоксигеназы широко изучены на предмет их инициирующей роли в биодеградации катехинов, которые сами по себе являются обычными промежуточными продуктами разложения широкого спектра ароматических соединений (19).Наше наблюдение за сайтом связывания Fur, предшествующим оперону catDE , привело нас к гипотезе о том, что, помимо внешнего катехолового стресса, B. subtilis может столкнуться с угрозами со стороны эндогенных катехоловых соединений. В ответ на ограничение железа B. subtilis синтезирует сидерофор BB на основе катехина и экспрессирует системы захвата, опосредованные сидерофором, для преодоления дефицита железа. BB, структурно сходный с энтеробактином, первичным обнаруженным в грамотрицательных бактериях (22), синтезируется с помощью системы сборки нерибосомальной пептидной синтетазы (NRPS) (DhbACEBF) (23).BB секретируется основным транспортером суперсемейства-фасилитатора YmfD (24), который находится под регуляцией транскрипционного активатора Mta (24), регулятора семейства MerR системы переносчиков оттока нескольких лекарств. BB хелатирует трехвалентное железо с чрезвычайно высоким сродством (pFe ^~ 10 ^-33 M в биологических условиях; (7)), и полученный комплекс трехвалентное железо-BB затем импортируется системой FeuABC-YusV (25). Железо-BB впоследствии гидролизуется эстеразой BesA с высвобождением железа, в результате чего образуются три BB-мономера (2,3-дигидроксибензоат-глицин-треонин) (25).Неизвестно, подвергается ли мономер BB дальнейшей обработке, но это и производные катехолсодержащие соединения потенциально токсичны и могут влиять на приспособленность клеток.
В этом исследовании мы демонстрируем, что holo-Fur действует как репрессор и работает совместно с двумя другими регуляторами, CatR и YodB, в регуляции транскрипции оперона catDE . Этот оперон индуцируется при стрессе катехинов или ограничении железа и сильно индуцируется, когда присутствуют оба условия. Кроме того, накопление эндогенных соединений катехинов, производных BB, запускает лизис клеток, и для снижения токсичности требуется CatDE.Эти данные свидетельствуют о том, что CatDE участвует в метаболизме трискатехолатного сидерофора BB и обнаруживает связь между деградацией катехолов и метаболизмом бациллибактина у B. subtilis .
Результаты и обсуждение
Идентификация сайтов связывания Fur по всему геному с помощью ChIP-seq
Недавнее исследование показало, что в анаэробных условиях B. subtilis Fur может регулировать гены за пределами своего ранее определенного регулона (15). Более того, наши предыдущие полногеномные исследования регуляции Fur были сосредоточены на тех генах (при мониторинге с помощью анализа микрочипов), которые были дерепрессированы как у мутанта fur , так и в ответ на истощение запасов железа.Поскольку Fur также может действовать, чтобы активировать экспрессию генов, а некоторые мишени могли не быть представлены в микрочипе (который был сфокусирован на аннотированных ORF), мы здесь выбрали беспристрастный взгляд на определение тех сайтов, связанных с Fur in vivo под состояния как с высоким содержанием железа, так и с дефицитом железа с использованием ChIP-seq. Чтобы модулировать уровни внутриклеточного железа, мы использовали высокоаффинный экспортер FrvA Fe ²⁺ из L. monocytogenes , чтобы вызвать голодание по железу, как описано ранее (3, 10).Клетки Bacillus дикого типа (с C-концевым FLAG-тегированным мехом в его нативном локусе и индуцируемой IPTG эктопической копией frvA , интегрированной в локус amyE ) собирали для исследования через 0 и 30 минут после индукции IPTG. Мех-зависимая регуляция в условиях достаточного и дефицитного железа соответственно (см. Подробности в разделе «Материалы и методы»).
Fur-зависимое связывание в условиях дефицита железа
Анализ ChIP-seq выявил 89 и 27 воспроизводимых сайтов связывания Fur (отношение сигнал / шум, S / N ≥1.5) в условиях достаточного и недостаточного железа соответственно (рис. 1 и таблицы S3-S4). Большинство сайтов связывания (22 из 27), занятых в условиях дефицита железа, перекрываются с сайтами в условиях достаточного количества железа, поэтому общее количество сайтов связывания составляет 94 (рис. 1B). Эти сайты могут представлять сайты, связанные с holo-Fur, которые обладают особенно высоким сродством и низкой скоростью диссоциации, или, возможно, сайты, которые могут быть заняты in vivo апо-Fur.
Рис. 1. Обзор профилей для крепления меха на B.subtilis в различных условиях железа.
Данные ChIP-seq для B. subtilis Fur-зависимое связывание в условиях достаточного и недостаточного железа. Два биологических повтора были включены для каждого условия роста (Опыт 1 и Опыт 2). Показания показаны синим цветом с максимальным значением 1500 для всех пиков ChIP. Слева указаны общие показания для каждого образца. S / N обозначает отношение сигнал / шум для пикового вызова, как показано коричневым цветом.
Большинство пиков ChIP (22 из 27), идентифицированных в условиях дефицита железа, перекрываются с пиками, обнаруженными в условиях достаточного количества железа.Большинство пиков (61 из 94) расположены в регуляторных регионах.
Большинство известных сайтов связывания Fur из литературы (24 из 27) идентифицированы ChIP-seq за тремя исключениями. Среди всех новых идентифицированных сайтов связывания Fur 33 сайта расположены во внутригенных областях, а 37 сайтов расположены в регуляторных областях.
Распределение пиков ChIP в зависимости от отношения сигнал / шум. Для этого анализа использовалось самое высокое отношение сигнал / шум каждого пика ChIP среди всех четырех образцов.
Пять пиков ChIP специфичны для Fur в условиях дефицита железа и могут представлять аутентичные сайты, специфичные для апо-Fur (фиг. S1 и таблица S4). Один из этих сайтов расположен в промоторе оперона S477 — ykoP (таблица S3), который кодирует возможную регуляторную РНК S477 и белок YkoP с неизвестной функцией. Предполагается, что этот оперон находится под негативной регуляцией множества регуляторов, включая Fur (9), ResD (15), NsrR (15) и Kre (26).Однако статистически значимый пик ChIP (значение P ≥ 0,05) был обнаружен только в одном из биологических повторений (таблица S3), что указывает на то, что регуляторная роль Fur в этом месте является неопределенной. Четыре других апо-Fur-специфических сайта расположены во внутригенных регионах, и занятость Fur на этих сайтах довольно низка (Fig. S1 и Table S4). Физиологическое значение связывания Fur на этих сайтах неясно. Однако пик ChIP, расположенный внутри ylpC (также известный как fapR ), очень близок к 5’-концу гена (рис.S1D). FapR функционирует как глобальный регулятор биосинтеза жирных кислот и хорошо сохраняется у грамположительных бактерий (27). Ген fapR находится под двойной регуляцией: негативной регуляцией самим FapR (28) и позитивной регуляцией регулятора чувствительности кворума ComA (29). Интересно, что данные транскриптома показывают, что экспрессия fapR в ^~ 4-кратно повышена в нулевом мутанте fur по сравнению с WT (9), предполагая, что fapR может находиться под отрицательной регуляцией Fur в условиях дефицита железа.В целом, наши результаты показывают, что апо-Fur играет ограниченную роль, если вообще играет, в регуляции генов у B. subtilis. Однако связь между биосинтезом жирных кислот и гомеостазом железа заслуживает дальнейшего изучения.
Известные сайты-мишени Fur, идентифицированные с помощью ChIP-seq
Большинство ранее определенных сайтов-мишеней Fur (24 из 27) были обнаружены in vivo с помощью анализа ChIP-seq (рис. 1 и таблица S3), который подтвердил достоверность модифицированный метод ChIP-seq в B.subtilis (см. подробности в разделе «Материалы и методы») и дополнительно подтвердил сайты связывания Fur, охарактеризованные in vitro с помощью анализа отпечатков ДНКазы 1 и транскриптома (9). Однако заполнение меха на промоторных сайтах pfeT , yfkM и ydhU / 2 — ydhU / 1 не было обнаружено. Ген pfeT кодирует переносчик потока Fe ²⁺, и его экспрессия активируется Fur только в условиях избытка железа (30), что, вероятно, является причиной того, что мы не смогли обнаружить связывание Fur на этом сайте в тестируемых условиях.Ген yfkM кодирует общий стрессовый белок, который находится под регуляцией SigB, а ярдов и ярдов / 1 являются двумя неактивными псевдогенами. Предыдущее исследование обнаружило только очень слабое связывание Fur на промоторных сайтах yfkM и ydhU / 2 — ydhU / 1 in vitro , и бокс Fur, идентифицированный на этих двух сайтах, соответствует только 10 из 15 оснований минимальная консенсусная последовательность 7-1-7 (9, 31). Эти результаты, вместе с отсутствием измеримой занятости Fur in vivo , предполагают, что Fur может не играть существенной роли в регуляции этих генов.
Пики ChIP, расположенные во внутригенной области
Многие из предполагаемых сайтов связывания Fur, идентифицированных с помощью ChIP-seq (29 из 70 сайтов), расположены во внутригенных областях (Таблица S4). Экспрессия большинства этих генов не регулируется Fur (сравнивая уровни мРНК между мутантом fur и диким животным), что отслеживается с помощью анализа микроматриц (9) и кПЦР (таблица S4 и таблица S5), что указывает на очевидное отсутствие физиологической значимости для эти сайты. Затем мы оценили возможное участие некоторых предполагаемых целей в гомеостазе железа, будь то интоксикация железом или ограничение.Среди пяти протестированных целей (те, которые связаны с высокой степенью занятости меха, т.е. ppsB , gidA , tufA , ybaC и yycE ), ни одна из них не показала чувствительность к высокому содержанию железа; только нуль-мутант gidA показал умеренную чувствительность к дипиридилу по сравнению с WT. Ген gidA кодирует фермент модификации тРНК уридин-5-карбоксиметиламинометил, и его роль в гомеостазе железа в настоящее время изучается.
Другой известный кандидат на функциональный внутригенный Fur-связывающий сайт находится в пределах ppsB , второго гена в длинном опероне, кодирующем нерибосомную пептидную синтетазу (NRPS), которая синтезирует антибактериальное соединение плипастатин (липопептид, близкий к фенгицинам). (32).У этого пика самая высокая занятость Fur среди всех вновь идентифицированных участков (Таблица S4). Промотор и два сайта начала транскрипции в противоположных направлениях были назначены перекрывающими этот пик ChIP (33), предполагая, что транскрипция инициируется изнутри в ppsB . Кроме того, предполагаемый ящик Fur был идентифицирован в пределах этой области пика (11 из 15 оснований, совпадающих с согласованной последовательностью) (таблица S5). Данные транскриптома показали, что экспрессия ppsB в нуль-мутанте fur в 3 раза подавлена в ^~ по сравнению с WT, хотя этот результат не был подтвержден кПЦР (таблица S5).Нулевой мутант ppsB не показал значительной чувствительности ни к интоксикации железом, ни к ограничению по сравнению с диким животным (таблица S5). Однако многочисленные исследования подтверждают важную стимулирующую роль железа в производстве липопептидов в Bacilli (34, 35), а липопептиды могут хелатировать ионы металлов (36) и, вероятно, железа. Вместе эти результаты приводят нас к предположению, что транскрипты, кодируемые в пределах ppsB , могут регулироваться с помощью Fur и, возможно, функционировать, чтобы координировать синтез плипастина со статусом железа.
Пики ChIP, расположенные в регуляторных областях
Среди 70 предполагаемых сайтов-мишеней Fur, идентифицированных с помощью анализа ChIP-seq, 37 расположены в регуляторных областях (фиг. 1C-D, таблица S4). Большинство этих сайтов связывают Fur в условиях достаточного количества железа, хотя Fur также связывается на некоторых сайтах по крайней мере в одной из биологических реплик в условиях дефицита железа (Таблица S4). По крайней мере, двенадцать из них имеют хорошие коробки меха, соответствующие минимальной консенсусной последовательности 7-1-7 (таблица S5). Интересно, что Fur связывается с промоторной областью gntR железо-независимым образом: занятость Fur в этом сайте остается примерно на том же уровне либо в условиях дефицита железа, либо в достаточных условиях (Таблица S4).
Чтобы оценить участие этих предполагаемых мишеней Fur в гомеостазе железа, мы сконструировали делеционные мутанты из двенадцати лучших кандидатов и провели анализы для проверки их чувствительности к высоким уровням железа и дипиридила (Таблица S5). Ни один из них не проявил значительной чувствительности к высокому содержанию железа. Пять из них показали умеренную чувствительность к дипиридилу, в том числе cspB , yhcJ , catD , narJ и yybN (таблица S5). Данные транскриптома предполагают, что экспрессия cspB , catD и narJ может регулироваться Fur (3).Экспрессия catD повышается (3.3), тогда как экспрессия cspB (0.3) и narJ (0.2) подавляется в нулевом мутанте fur по сравнению со штаммом WT (Таблица S5). Регуляторная роль Fur в catD и narJ была дополнительно подтверждена количественной оценкой мРНК с использованием qPCR (Таблица S5). Здесь бицистронный оперон catDE подвергся дальнейшему исследованию, чтобы понять его физиологическую роль в гомеостазе железа.
Мех связывается с регуляторным сайтом оперона
catDE в достаточных условиях железа.
Воспроизводимый пик ChIP был идентифицирован в области промотора оперона catDE при достаточных условиях железа. Отношение сигнал / шум для вызова пика относительно высокое как в независимых повторах (10,1 для Exp.1 и 14,1 для Exp. 2; рис. 2 и таблица S4), так и в обогащении ChIP ДНК на этом участке по сравнению с входящей ДНК. контроль, является статистически значимым (P-значение 3.5 × 10 ⁻²⁴ для Exp. 1 и 1,2 × 10 ⁻⁴⁴ для Exp.2; Таблица S4). Оперон catDE кодирует предполагаемую катехол-2,3-диоксигеназу, которой в качестве кофактора требуется Fe ²⁺ (16). CatE продемонстрировал активность 2,3-диоксигеназы in vitro и необходим для жизнеспособности в присутствии катехола (16, 37).
Рис. 2. Мех связывается с промоторной областью оперона catDE в условиях избытка железа.
Увеличенный пример связывания меха на рабочем месте catDE , идентифицированном ChIP-seq.Две биологические повторы были включены как Exp.1 и Exp.2 для каждого условия. В этой области был аннотирован единственный пик для обоих повторов в условиях достаточного количества железа. Длина пика для Exp. 1 и 355 п.н. для Exp. 2. Никакие пики не были аннотированы в этой области ни для одной из реплик в условиях дефицита железа. S / N обозначает отношение сигнал / шум для пикового вызова.
Мы проверили чувствительность одиночных ( catD или catE ) или двойных мутантных ( catDE ) штаммов к токсичности катехинов, используя как дисковый диффузионный, так и биоскринный анализ роста.Наши результаты подтвердили, что они оба участвуют в детоксикации катехинов (рис. S2). Оба анализа были выполнены в минимальной среде Белицкого, потому что мы заметили, что токсичность катехинов значительно снижена в среде LB (рис. S3), вероятно, по крайней мере частично, из-за комплексов металл-катехол, образованных с Fe, Cu, Mn и другими. ионы двухвалентных металлов, которые присутствуют в среде LB (рис. S4).
Регулирование оперона
catDE тремя регуляторами
Оперон catDE находится под отрицательной регуляцией CatR, регулятора транскрипции семейства MarR / DUF24, который распознает катехины, и YodB, регулятора генов, важных для детоксикации хинона и диамида (16).Кроме того, Fur-бокс (13 из 15 оснований соответствуют минимальной консенсусной последовательности 7-1-7; (31)) расположен ниже сайта начала транскрипции (рис. 3A), что позволяет предположить, что Fur может действовать как репрессор. Действительно, измерения кПЦР показывают, что экспрессия catD была повышена в ^~ в 4 раза в нулевом мутанте fur по сравнению с клетками дикого типа (рис. 3C), что согласуется с предыдущим анализом транскриптома (9).
Рис. 3. Регулирование оперона catDE тремя факторами транскрипции
Промоторная последовательность оперона catDE : –10, –35 и сайт начала транскрипции (+1) выделены синим цветом; два блока CatR обозначены оранжевыми стрелками; поле YodB обозначено голубой стрелкой; Коробка «Мех» подчеркнута.
Анализ сдвига электрофоретической подвижности (EMSA) проводили для определения аффинности связывания Fur-ДНК с промоторной областью оперона catDE . Эксперименты были повторены трижды, и показано репрезентативное изображение.
Уровни мРНК catD сравнивали среди различных штаммов, выращенных в среде LB без или со 100 мкМ дипиридила, используя кПЦР.
Уровни мРНК catD сравнивали среди различных штаммов, выращенных в минимальной среде Белицкого без или с 2 мМ катехола, с помощью кПЦР.Ген 23S рРНК использовали в качестве внутреннего контроля как для C, так и для D.
Мы использовали анализ сдвига электрофоретической подвижности (EMSA) для определения сродства Fur к catDE операторского сайта in vitro. Удивительно, но в отличие от очень высокого сродства (K _d ^~ 0,5-5,6 нМ), наблюдаемого для связывания Fur с большинством его известных сайтов-мишеней (3), сродство Fur к промотору catDE довольно низкое ( К _d ^~ 0.7 мкМ). Однако это сродство сопоставимо со сродством связывания CatR или YodB с одной и той же промоторной областью (16), и все они, по-видимому, связываются довольно слабо при индивидуальном тестировании. Это предполагает, что, возможно, эти три регулятора взаимодействуют друг с другом и совместно связываются с промоторным сайтом.
Чтобы проанализировать кооперативность между тремя регуляторами in vivo , было проведено генетическое исследование с использованием мутантов с одиночной, двойной и тройной делецией этих трех регуляторов, и уровни мРНК catD были количественно определены в различных стрессовых условиях: железо, железо ограничение и катехоловый стресс.В соответствии с предыдущим исследованием (16) CatR функционирует как главный регулятор, а YodB играет второстепенную роль в регуляции оперона catDE (рис. 3C-D). Когда присутствует только один регулятор (у двойных мутантов), репрессия YodB (у двойного мутанта fur catR ) приводила к ^~ 4-кратному снижению мРНК по сравнению с полной дерепрессией, наблюдаемой у тройного мутанта ( fur catR yodB ). CatR является основным репрессором и отвечает за ^~ 38-кратное снижение экспрессии catD (сравнение двойного мутанта fur yodB с тройным мутантом fur catR yodB ).Интересно, что уровень мРНК catD в двойном мутанте catR yodB сравним с таковым в тройном мутанте, что указывает на то, что Fur играет незначительную регуляторную роль, когда оба CatR и YodB отсутствуют, и связывание Fur на этом сайте in vivo может потребоваться или при содействии двух других регулирующих органов.
Либо CatR, либо YodB облегчают связывание меха на промоторном сайте
catDE
Для дальнейшего изучения того, способствуют ли CatR и / или YodB связывание меха in vivo , заполняемость меха на промоторном сайте catDE оценивали с помощью ChIP -qPCR.Не наблюдалось заметного изменения занятости Fur у одиночного мутанта catR по сравнению с клетками дикого типа, в то время как занятость Fur значительно увеличилась у одиночного мутанта yodB (рис. 4A), что указывает на то, что Fur взаимодействует с CatR более эффективно, когда YodB является отсутствующий. Это согласуется с данными экспрессии, которые показали, что catD был индуцирован дипиридилом в одиночном мутанте catR до уровня, сравнимого с уровнем, наблюдаемым у двойного мутанта fur catR , тогда как дипиридил только частично дерепрессировал одиночный мутант yodB по сравнению с двойным мутантом fur yodB (рис.3С). Интересно, что занятость Fur значительно снижается, когда оба регулятора отсутствуют у двойного мутанта catR yodB (фиг. 4A). Как и ожидалось, ни CatR, ни YodB не влияли на занятость Fur на промоторе dhbA (фиг. 4B). Эти результаты предполагают, что CatR и, в меньшей степени, YodB, способствуют связыванию Fur в промоторной области catDE. Сходным образом, NsrR и ResD, как сообщается, способствуют связыванию Fur в меньшинстве совместно регулируемых сайтов в анаэробных условиях; в большинстве случаев связывание сайтов было конкурентным (15).На очевидно совместных сайтах ( ykuN , fbpC и exlX / yoaJ ), Fur, по-видимому, облегчает связывание NsrR и / или ResD.
Рис. 4. Либо CatR, либо YodB облегчают связывание меха на промоторном сайте catDE.
Заселенность меха оценивали методом иммунопреципитации хроматина (ChIP) с использованием антител против FLAG. Коиммунопреципитированная ДНК количественно определялась с помощью КПЦР. Обогащение ДНК рассчитывали на основе введенной ДНК (1% от общей ДНК использовался для каждого эксперимента с ChIP).Данные представлены как кратное увеличение занятости Fur на промоторных сайтах catDE (A) и dhbA (B) (среднее ± стандартное отклонение; n = 3). Указаны достоверные различия между штаммами дикого типа и мутантными штаммами: ^∗∗ P <0,01. Не наблюдалось значительного обогащения ДНК для gyrA , который служит отрицательным контролем.
CatDE участвует в метаболизме бациллибактина
Штамм B. subtilis дикого типа (168) и его производные обычно не синтезируют BB из-за нулевой мутации в гене sfp ( sfp ⁰ ), кодирующем фосфопантетеинилтрансфераза, необходимая для активации комплекса Dhb NRPS.Штаммы, лишенные функционального Sfp, секретируют смесь 2,3-дигидроксибензоата (DHBA) и его конъюгата с глицином (DHBG), вместе известного как DHB (G). Мы используем штамм sfp ⁰ и изогенный штамм с исправленным геном sfp ( sfp ⁺), который продуцирует BB для наших исследований гомеостаза железа.
Экспрессия catDE индуцируется ^~ в 3 раза в штаммах sfp ⁰ и sfp ⁺ при истощении запасов железа под действием дипиридила (рис.3 и фиг. 6A-B), предполагая, что CatD и / или CatE могут участвовать в гомеостазе железа. Чтобы проверить эту идею, была оценена чувствительность к дипиридилу одинарных ( catD и catE ) и двойных ( catDE ) мутантных штаммов в sfp ⁰ и sfp ⁺ фонов с использованием диско-диффузионного анализа. . Действительно, как CatD, так и CatE играют важную роль во времена ограничения железа, поскольку рост мутантов сильнее подавлялся в присутствии дипиридила, хелатора железа (рис.5C-D). Поэтому мы предположили, что ферментативная активность CatDE может потребоваться для детоксикации производных BB катехоловых соединений, образующихся при ограничении содержания железа. Когда железо ограничено, BB секретируется в окружающую среду для приобретения железа, и комплекс Fe ³⁺ -BB импортируется обратно в клетку через систему FeuABC-YusV. Высвобождается железо, и BB расщепляется на мономеры BB (2,3-дигидроксибензоат-gly-thr) и, возможно, в дальнейшем перерабатывается в производные катехина, что может потребовать CatDE для детоксикации.
Рис. 5. catDE индуцируется при истощении запасов железа и играет важную роль в гомеостазе железа.
(A, B) Экспрессию catD контролировали в клетках дикого типа (A, sfp ⁰; B, sfp ⁺), выращенных в среде LB до (0 мин) и после обработки 100 мкМ дипиридил. Существенная разница между обработанными и необработанными группами обозначена как ^∗∗ P <0,01.
(C, D) Чувствительность к дипиридилу WT, одиночных ( catD и catE ) и двойных ( catDE ) мутантных штаммов в обоих sfp ⁰ (C) и sfp ⁺ (D) фон оценивали с помощью диско-диффузионного анализа.Данные выражены как диаметр (среднее значение ± стандартная ошибка среднего; n = 3) зоны ингибирования (мм). Указаны достоверные различия между штаммами дикого типа и мутантными штаммами: ^∗ P <0,05 и ^∗∗ P <0,01.
Мы использовали генетический подход для оценки участия CatDE в метаболизме BB. Мы использовали двойной мутант fur ymfD , в котором BB постоянно продуцируется и накапливается внутриклеточно из-за потери экспортера YmfD BB. Затем мы спросили, важен ли оперон catDE для роста в этих условиях.У четверного мутанта fur ymfD catDE по сравнению с двойным мутантом fur ymfD в первые 6 часов не было заметно дефектов роста, однако после этого у четверного мутанта наблюдался резкий лизис клеток, в то время как двойной мутант продолжал расти (рис. 6А). Мы пришли к выводу, что оперон catDE имеет решающее значение для поддержания жизнеспособности клеток, когда производные BB катехоловые соединения накапливаются внутриклеточно. Действительно, введение нулевой мутации dhbA в четверной мутант значительно спасло фенотип лизиса клеток (рис.6А).
Рис. 6. CatDE участвует в метаболизме ББ.
(A, B) Типичные кривые роста показаны для штаммов, которые постоянно продуцируют BB (мутация fur ) и накапливают BB внутриклеточно (из-за потери экспортера BB YmfD). Чтобы проверить, требуется ли CatDE для роста метаболизма BB дикого типа ( sfp ⁺) и его производных мутантных штаммов, наблюдали в среде LB в течение 25 часов. Эксперименты проводили трижды с тремя биологическими повторами каждый раз.
Рис. 7. Накопление внутриклеточного катехина, производного от ВВ, индуцирует экспрессию catD .
Уровни экспрессии мРНК catD оценивали в WT ( sfp ⁺) и его производных мутантах, выращенных в среде LB до OD ₆₀₀ ^~ 0,4. 23S рРНК использовали в качестве внутреннего контроля. Значимые различия обозначены как ^∗ P <0,05 и ^∗∗ P <0,01. NS обозначает не имеет значения.
Как только BB попадает обратно в цитозоль, он гидролизуется эстеразой BesA с высвобождением хелатированного железа, и сидерофор расщепляется на три мономера BB.Чтобы понять, вызван ли дефект лизиса клеток накоплением мономера BB или BB, мы ввели нулевую мутацию besA в четверной мутант ( fur ymfD catDE ). В отсутствие BesA дефект клеточного лизиса больше не наблюдался, и клетки росли почти так же хорошо, как двойной мутант fur ymfD (фиг. 6B). Неизвестно, перерабатываются ли мономеры BB и каким образом. Тем не менее, мономер BB и, возможно, производные катехиновые соединения явно требуют CatDE для детоксикации.
Накопление внутриклеточного катехола, производного от ВВ, индуцирует экспрессию
catD
Поскольку внутриклеточные катехиновые соединения, производные от ВВ, могут нарушать приспособленность клеток, мы хотели определить, могут ли они также служить индукторами оперона catDE . Чтобы проверить это, мы сравнили уровни мРНК catD у двойного мутанта fur ymfD и одиночного мутанта fur . Действительно, экспрессия catD повышена у двойного мутанта (дефектного по оттоку BB) по сравнению с одиночным мутантом fur .Эта индукция обусловлена, в частности, накоплением внутриклеточных катехинов, производных BB, поскольку делеция dhbA или besA отменяет индукцию. Чтобы понять, какой регулятор отвечает за эту индукцию, мы отслеживали уровни мРНК catD в двойных мутантах fur catR и fur yodB . Когда отсутствовали и Fur, и CatR, индукция больше не была очевидной, что свидетельствует о том, что YodB не реагирует на накапливающиеся катехолы. Напротив, когда отсутствовали и Fur, и YodB, наблюдался аналогичный уровень индукции.Эти результаты предполагают, что внутриклеточное накопление метаболитов катехолов, производных BB, может приводить по крайней мере к частичной инактивации репрессора CatR, тем самым приводя к индукции оперона catDE . Поскольку Fur и CatR совместно связывают in vivo , эта система настроена так, чтобы чутко реагировать на накопление катехоловых соединений (воспринимаемое CatR) во время голодания по железу (ощущаемое Fur).
Занятость Fur на сайте оператора
catDE
Гены-мишени Fur дерепрессируются в трех последовательных волнах при истощении запасов железа (3), что позволяет понять различные роли мишеней Fur в метаболизме железа.Чтобы понять временную экспрессию гена catDE , мы отслеживали занятость Fur на этом сайте оператора с помощью хромосомного FLAG-тегированного Fur как в WT, так и в P _spac — frvA . Используя ChIP-qPCR, мы обнаружили, что Fur быстро диссоциировал от сайта связывания ДНК и ^~ 50% снижение занятости Fur наблюдалось в течение 3 минут после индукции FrvA (фиг. 8). Затем мы сравнили занятость Fur на этом сайте с таковой на трех целевых сайтах Fur, которые являются представителями трех наборов ранних, средних и поздних генов, определенных ранее (3).Результаты продемонстрировали, что занятость Fur на сайте оператора catDE следовала той же схеме, что и на сайте оператора позднего гена fsrA (рис. 8), предполагая, что экспрессия catDE индуцируется после дерепрессии биосинтеза BB. и BB-опосредованные системы захвата. Мы пришли к выводу, что дерепрессия catDE в Fur, вероятно, происходит вскоре после начала синтеза BB, и это приведет к начальному умеренному увеличению экспрессии catDE , что превентивно защитит клетки от последующего импорта BB или других катехолатных сидерофоров.Кроме того, из-за кооперативного взаимодействия Fur и CatR in vivo потеря репрессии Fur также сделает репрессор CatR более чувствительным к накоплению катехолов. Вместе потеря репрессии Fur и CatR сделает возможной эффективную детоксикацию производных сидерофоров катехоловых соединений.
Рис. 8. Занятость меха на площадках разных операторов.
Заполненность меха оценивалась с помощью ChIP-qPCR. Обогащение ДНК рассчитывали на основе введенной ДНК (1% от общей ДНК использовался для каждого эксперимента с ChIP).Заполненность мехом на разных участках в нулевой момент времени была установлена на уровне 100%. Даты представлены как относительный процент (%) занятости в различные моменты времени после индукции FrvA 1 мМ IPTG (среднее значение ± стандартная ошибка среднего; n = 3). Не наблюдалось значительного обогащения ДНК для gyrA , который использовали в качестве неспецифического отрицательного контроля.
Заключительные замечания
Здесь мы предоставили глобальный обзор потенциальных мишеней Fur-опосредованной регуляции генов путем картирования сайтов связывания Fur в условиях избытка железа и после начала депривации железа.Наша работа подтверждает основной мех регулон, как определено ранее (9), и дополнительно предлагает несколько новых целей, заслуживающих дальнейшего изучения. К ним относятся потенциальные роли Fur в регуляции оперонов S477 — ykoP и pps (синтез плипастина), а также в экспрессии FapR (регулятор синтеза жирных кислот), GidA (фермент, модифицирующий тРНК), CspB (белок холодового шока) и NarJ (нитратредуктаза). Здесь мы сосредоточили наше внимание на роли меха в регуляции catDE , кодирующего катехол-2,3-диоксигеназу.
Катехол-2,3-диоксигеназа — исключительно хорошо изученный фермент, известный своей центральной ролью в биоразложении широкого спектра ароматических соединений, образующих промежуточные катехоловые соединения. Здесь мы представляем новый пример эндогенно продуцируемого интоксиканта, разложение которого зависит от CatDE (рис. 9). После импорта бациллибактина железа в цитозоль эстераза BesA расщепляет трискатехолат сидерофор с высвобождением железа с образованием трех молекул мономера BB, 2,3-дигидроксибензоат-Gly-Thr.В отсутствие CatDE эта молекула или продукты ее дальнейшего разложения могут быть токсичными и запускать лизис клеток (рис. 9). Экспрессия CatDE находится под сложным контролем с участием трех совместно действующих репрессоров. Связывание Fur с регуляторной областью catDE , по-видимому, требует кооперативного взаимодействия (в основном с CatR). В начале депривации железа происходит начальная умеренная индукция catDE (как следует из эффекта мутации fur ), которая будет превентивно синтезировать CatDE.Поскольку катехоловые соединения накапливаются в клетке из-за импорта и обработки бациллибактина железа или импорта других катехолатных ксенозидерофоров, инактивация репрессора CatR приведет к полной индукции. Поскольку Fur и CatR связываются совместно, как только Fur высвобождается, репрессор CatR будет более легко инактивирован, что позволяет предположить, что система будет готова к быстрому ответу. Насколько нам известно, это первый пример эндогенного интоксиканта, который катаболизируется CatDE. Мы также представляем пример мишени Fur, которая зависит от кооперативного действия нескольких репрессорных белков.Это напоминает кооперативные взаимодействия, описанные ранее для Fur, NsrR и ResD, о которых сообщалось для клеток, растущих в анаэробных условиях (15).
Рис. 9. Корреляция между метаболизмом BB и детоксикацией катехолов
Эндогенный сидерофор BB синтезируется системой сборки NRPS (нерибосомальная пептидная синтетаза) (DhbACEBF) (23) и секретируется главным фасилитатором-переносчиком суперсемейства YmfD, который находится под регуляция транскрипционного активатора Mta, регулятора семейства MerR системы переносчиков множественного лекарственного оттока (24).BB хелатирует железо с очень высоким сродством, и полученный комплекс трехвалентное железо-BB затем импортируется обратно в цитозоль через систему FeuABC-YusV и гидролизуется эстеразой BesA с высвобождением железа (25), что дает три BB-мономера (2,3 -дигидроксибензоат-Gly-Thr). До сих пор неизвестно, подвергается ли мономер ВВ дальнейшей переработке и каким образом. Тем не менее очевидно, что мономер BB и, возможно, производные катехина BB требуют CatDE для детоксикации во время метаболизма.
Текст S1.Материалы и методы
Таблица S1. Штаммы и плазмиды, использованные в этом исследовании
Таблица S2. Праймерные олигонуклеотиды
Таблица S3. Известные меха-мишени, связанные с ChIP-пиками.
Таблица S4. Предполагаемые регулируемые Fur гены, связанные с ChIP-пиками
Таблица S5. Предполагаемые гены-мишени Fur, оцениваемые в этом исследовании
Рис. S1. предполагаемые участки связывания меха, особенно в условиях дефицита железа.
Предполагаемые сайты связывания апо-Fur, идентифицированные во внутригенных областях: (A) spo0B , (B) flhB , (C) xynP и (D) ylpC (также известный как fapR ). Две биологические повторы были включены как Exp.1 и Exp.2 для каждого условия. S / N обозначает отношение сигнал / шум для пикового вызова.
Рис. S2. CatDE имеет решающее значение для разложения катехолов.
Чувствительность штаммов sfp ⁰ (A) и sfp ⁺ (B) к катехолу оценивали в минимальной среде Белицкого с использованием диско-диффузионного анализа.На каждый диск наносили 10 мкл 1 М катехола. Данные выражены как диаметр (среднее значение ± стандартная ошибка среднего; n = 3) зоны ингибирования (мм). Указаны достоверные различия между штаммами дикого типа и мутантными штаммами: ^∗∗ P <0,01.
Типичные кривые роста в минимальной среде Белицкого для штаммов sfp ⁰ (C) и sfp ⁺ (D).